write-paper

Write-Paper 技能

8 阶段流水线

阶段 0：初始化

开始写作前，先向用户收集必要信息。

必填信息：

1. 标题（暂定标题即可）
2. 论文类型：原创文章、AI 验证、病例报告、病例系列、荟萃分析、技术说明、动物研究、NHIS 队列、跨国研究
3. 目标期刊：从 ${CLAUDE_SKILL_DIR}/references/journal_profiles/ 加载期刊档案
4. 研究问题／假设
5. 现有数据：已有的数据集、表格和分析

可选标志：

• --no-llm-disclosure：跳过 LLM 写作辅助披露。默认开启。
• --autonomous：在没有用户确认关卡的情况下运行阶段 0–7（跳过大纲审批、T&F 计划、讨论规划和各章节审阅）。默认关闭。

操作：

1. 加载期刊档案。如果不存在，询问字数限制、摘要格式、引用格式、图表数量限制和特殊要求。

2. 从 ${CLAUDE_SKILL_DIR}/references/paper_types/ 加载论文类型模板。

3. 选择报告指南：诊断准确性 → STARD / STARD-AI · 预测模型 → TRIPOD+AI · 放射学 AI → CLAIM 2024 · RCT → CONSORT / CONSORT-AI · 系统综述 → PRISMA 2020 · 观察性研究 → STROBE · 教育类研究 → 如适用则使用 SQUIRE。

4. AI/LLM 设计阶段报告映射（AI 验证、LLM/MLLM、NLP 提取、报告生成）：在起草前，将每项必需的 AI 报告内容映射到手稿章节——模型／版本／访问日期、输入字段、提示词或微调方案、如提出适配性主张则采用相同主干模型的零样本／少样本基线、测试数据的独立性／污染情况、可重复性，以及每项内容将归入的方法部分小节。如果有任何项目无法安排到相应章节，应暂停并澄清设计，而不是将其埋在阶段 7 的局限性中。

5. 创建或确认项目脚手架目录。

6. 记录 --no-llm-disclosure 和 --autonomous 标志的状态，以供阶段 1–7 的关卡逻辑使用。

7. 确定一篇主干文章——先扫描 manuscript/_src/refs.bib 并主动提出建议（排序依据：下文的主干文章排序）；仅在无法确定时再询问。将选定的 citekey 记录到 project.yaml::backbone_article。然后检查是否已获取其全文——未提取全文的主干文章只是名义上的主干；草稿将会依据摘要撰写：

   python3 ${CLAUDE_SKILL_DIR}/scripts/gate_backbone_fulltext.py \
     --project project.yaml --refs manuscript/_src/refs.bib \
     --fulltext-dir pdfs/ --strict
   

   当 --fulltext-dir 中的文件名为 <citekey>.md，或在其 References 标题之前写明主干文章的 DOI/citekey 时，该文件才视为主干文章全文；仅在参考文献列表中引用主干文章的论文不符合要求。已知限制：如果另一篇论文在正文中提及该 DOI，也会被识别为主干文章；为消除疑虑，请将文件命名为 <citekey>.md，或传入 --fulltext。

   BACKBONE_FULLTEXT_MISSING / BACKBONE_FULLTEXT_THIN → 停止并获取全文（运行 /lit-sync 阶段 2.7，然后运行 /fulltext-retrieval pdf_to_md.py）。完成此项前不得开始撰写方法部分。如果确实无法获取文章全文，请记录这一限制，并在仅依据摘要继续之前征得用户确认。

8. 总结设置——期刊要求、论文类型、报告指南、主干文章、目录路径、LLM 披露状态——并在继续前确认。

阶段 0 门槛：仅使用 Citekey 引用

Citekey 规范能将伪造引文变成提交门槛可以拦截的可见占位符。

1. 每个文内引用都必须使用 [@citekey]，且 citekey 必须存在于 manuscript/_src/refs.bib 中。仅使用 Pandoc/Quarto 格式——不得使用“（Smith 等，2024）”这类自由文本。

2. 对于计划引用但尚未导入的文献，请使用 [@NEW:short-topic]（kebab-case，≤30 个字符， 在稿件中唯一）。

3. 绝不要在条目不在 refs.bib 中时伪造看似真实的 citekey（[@Smith_2024_AI]）。[@NEW:...] 是唯一允许的占位符。

4. 所有 [@NEW:...] 占位符都必须在阶段 7 之前解决（/search-lit → /lit-sync 导入已核实的条目；Better BibTeX 刷新 refs.bib）。仅引用 DOI 或 PMID 已由 /search-lit 确认的文献；其他文献标记为 [UNVERIFIED - NEEDS MANUAL CHECK]。

5. 提交前检查——在 /sync-submission 冻结稿件包之前，必须确保匹配结果为零：

   grep -E '\[@NEW:[^]]+\]|\[N\]|\[N–N\]' manuscript/index.qmd
   

   裸 [N] / [N–N] 标记表示稿件是在此流程之外起草的（没有 refs.bib），且影响方法论的引文尚未解决。必须像拦截 [@NEW:...] 一样拦截这些标记。

如果 refs.bib 不存在，请创建空文件，并添加注释 % refs.bib managed by /lit-sync via Zotero Better BibTeX. Do not hand-edit.，在 SSOT.yaml 中记录 reference_manager.required_for: project_owner，然后继续——在首次运行 /lit-sync 之前，早期引用都会使用 [@NEW:...]。

按需阅读——确定论文类型后（步骤 2），且只阅读匹配的那一行：

文件	阅读时机
references/phase0_init_detail.md → 病例报告模式	论文类型为 case report——字数／摘要／参考文献数量限制的覆盖规则、CARE 8 节提纲、默认图表
references/phase0_init_detail.md → 病例系列模式	论文类型为 case series——方法简化的小型队列提纲、病例汇总表、使用计数而非比率的规范
references/phase0_init_detail.md → 主干排序	refs.bib 已存在，且你正在提出主干

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阶段 1：提纲

根据论文类型模板的章节结构构建提纲。先写一个标题区——暂定标题、目标期刊、论文类型、总字数限制（不包括摘要、参考文献和图注）——然后为每个章节设定字数预算，并制定段落或小节层面的计划，确保预算总和不超出期刊限制。最后列出计划中的表格、图和补充材料，每项占一行。

**门槛：**向用户展示提纲。在用户批准或要求修改之前，不得继续。 **自主模式：**跳过此门槛；将提纲记录到 qc/_pipeline_log.md，然后继续阶段 2。

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Phase 2：表格与图

在撰写正文之前，先设计所有表格和图，让叙述围绕数据展开。

1. 与用户一同审查可用数据。规划表 1（人口统计学特征／基线特征——必需）、表 2 及后续表格（主要和次要结局）及补充表；图 1 为研究流程图（根据情况采用 CONSORT／STARD／PRISMA），后续可包括性能曲线、森林图、校准图等。
2. 如果需要进行统计分析，调用 /analyze-stats。
3. 调用 /make-figures，生成研究类型所需的完整图集——不要要求用户逐一指定图。传入 --study-type，并根据 Phase 0 的论文类型／报告指南映射：诊断准确性 → diagnostic-accuracy，预测模型 → ai-validation，系统综述 → meta-analysis，DTA 系统综述 → dta-meta-analysis，观察性研究 → observational-cohort，RCT → rct，病例报告 → case-report。
4. **视觉摘要。**如果期刊资料中的“视觉摘要”部分要求或建议提供视觉摘要，则调用 /make-figures，并提交视觉摘要请求：标题、要点 1 和 3、方法摘要，以及作为视觉元素的最佳研究图。
5. **嵌入图表。**扫描 analysis/figures/ 中的所有 PNG 和 PDF 文件。对于每个文件，在结果部分的适当位置插入 ![Figure N. Caption](analysis/figures/filename.png){width=80%}，并根据图表类型和分析背景撰写图注。
6. 清单核验（HALT 闸门）。analysis/figures/_figure_manifest.md 必须存在，且至少包含一个图表条目——Phase 7 的 DOCX 构建会从中嵌入图表；如果缺少清单，所有图表都会被静默丢弃。如果清单缺失或为空：在自主模式下，使用错误代码 MANIFEST_MISSING 停止执行，将日志写入 qc/_pipeline_log.md，并在 manuscript/<id>/REPORT.md 的 Tier-3 部分写入恢复说明（“重新运行 /make-figures 或手动创建 _figure_manifest.md”）；在交互模式下，报告错误并询问用户如何继续。

**闸门：**向用户展示表格与图计划。未经用户批准，不得继续。 **自主模式：**跳过此闸门；将表格与图计划记录到 qc/_pipeline_log.md，然后继续 Phase 3。

阶段 3：方法

先写方法——这是最客观的部分，也是论文其余内容的基础。

**写作前：**加载 ${CLAUDE_SKILL_DIR}/references/section_guides/methods.md，并浏览 ${CLAUDE_SKILL_DIR}/references/exemplar_methods/ 中与研究类型匹配的示例（诊断准确性/STARD、AI 验证/TRIPOD+AI·CLAIM、观察性队列/STROBE、荟萃分析/PRISMA 2020、RCT/CONSORT 2010）：明确每段必须说明什么，以及该类型最常遗漏的要素。阶段 3–6 中使用的所有示例均为合成内容，具体信息均为占位内容——请参考其结构，不要照抄其文字。

写作顺序：（1）研究设计与地点；（2）参与者 / 数据集（纳入 / 排除标准、招募时间段）；（3）流程 / 干预 / AI 模型描述；（4）结局指标（主要和次要终点）；（5）统计分析（${CLAUDE_SKILL_DIR}/references/section_templates/methods_statistical.md）；（6）伦理声明；（7）AI/LLM 披露（除非指定 --no-llm-disclosure）：如果目标期刊要求在方法部分披露，请添加LLM 写作披露中的方法段落。

AI/LLM 抽取补充要求（适用时）：

• 在数据集 / 输入部分，准确说明模型接收了哪些文本字段，以及临床病史、 检查指征、诊断印象、既往诊断或转诊文本是否经过屏蔽。如果提供的字段可能包含 目标标签，方法部分必须将其排除，或描述一项不含标签泄漏字段的敏感性分析。
• 如果声称微调、LoRA、提示词工程或多 Agent 封装可提升性能，则须在 AI 模型或统计分析部分 加入同一骨干模型的零样本 / 少样本对照。

**流程：**运行批评—修正循环（批评审查标准），然后向用户呈现最终方法部分。

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阶段 4：结果

根据已批准的表格和图形撰写结果。结果 =“我们发现了什么？” ——除此之外别无其他。 每句话都必须是有数字支持的事实陈述。

**写作前：**加载 ${CLAUDE_SKILL_DIR}/references/section_guides/results.md（镜像方法部分的结构、流程图、缺失数据、避免解读的自检），并浏览 ${CLAUDE_SKILL_DIR}/references/exemplar_results/ 中与研究类型匹配的示例（同样是上述五种类型，每种均按其方法示例中的顺序组织）。

规则：

• 顺序：研究人群（入组、排除、人口统计学特征 → 表 1）；主要终点结果（每个主要结局单独一段）；次要终点；亚组 / 敏感性分析。
• 对每句话应用 results.md 自检：不得解释“原因”，不得引用既往文献，不得使用因果性措辞（“导致”“引起”“由于”——请改用“与……相关”），不得使用带解读意味的模糊措辞（“提示”“意味着”“与……一致”“符合预期”），不得在没有数字支撑的情况下使用评价性形容词。
• 增量价值必须有证据支持，不能仅凭声称。 如果论文声称该模型 / 标记在现有工具（临床评分、常规检测、基线模型）之上或之外增加了价值，结果部分必须报告嵌套模型比较——将仅包含常规使用预测因子的基线模型与增强模型进行比较——并提供增量指标：ΔC-index / ΔAUC（配对 CI，例如 DeLong）、NRI、IDI 或决策曲线净获益。单独的区分度数值不足以支持“优于 X”的说法。如果研究设计未纳入基线对照（参见 /design-study 阶段 3），请将表述弱化为单独的性能表现，不要暗示其增加了价值。

**流程：**运行批评—修正循环。**关卡：**向用户呈现最终结果。继续撰写讨论部分前须获得确认。

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第 5 阶段：讨论

**开始撰写前：**加载 ${CLAUDE_SKILL_DIR}/references/section_guides/discussion.md，并浏览 ${CLAUDE_SKILL_DIR}/references/exemplar_discussion/ 中与研究类型匹配的范例（共五种类型，每种都指出该类型最常遗漏的要素）。对于病例报告，请改用 ${CLAUDE_SKILL_DIR}/references/exemplar_case_report.md（涉及文献边界的措辞、n=1 因果关系谨慎表述、床旁教学要点）。

步骤 5a：讨论规划（交互式）

向用户提出以下问题。等待用户回答后再起草。

Q1. List the 3-5 key findings of this study in order of importance.
Q2. Name 3-5 key prior studies (anchor papers) you want to compare against in the
    Discussion — titles or DOIs.
    - Studies consistent with your results: ?
    - Studies inconsistent with your results: ?
Q3. Are there methodological or population differences that could explain any disagreement?
Q4. State up to 3 limitations of this study.
    (For each, include how it was mitigated and the direction in which it could affect the results.)
Q5. Are there clinical implications you want to emphasize?

如果用户只提供部分答案，请根据现有信息继续，并指出尚缺少的内容。 如果用户说“跳过”，请使用 /search-lit 从参考文献列表中找出锚点论文，并尽力采用合理的默认方案继续。

**关卡：**在用户回复（或明确选择跳过）之前，不要开始撰写讨论。 **自主模式：**跳过交互式规划，按“跳过”路径处理。

步骤 5b：撰写讨论初稿

采用倒漏斗结构：

1. 总结（1 段）：重述关键发现，不要逐字重复具体数值，并与结果部分衔接。
2. 锚点论文比较（2–3 段，每段围绕一个主题或发现）：对于每篇锚点论文，说明既往发现及其引文，指出本研究结果是否一致，并从方法学或人群差异的角度解释任何差异。
3. 临床意义（1 段）：说明这对实践或未来研究意味着什么。
4. 局限性（1 段，按严重程度排序）：对于每项局限性，说明：(a) 局限是什么；(b) 如何减轻其影响；(c) 残余偏倚的方向。不要以“我们的研究存在若干局限性”开篇。
5. 优势（可选，1–2 句）：仅在确有新颖贡献时撰写。
6. 结论（1–2 句）：用可供引用的陈述概括最重要的一项发现及其意义。最后一句不要写“还需要进一步研究”。

规则：

• 不要引入结果部分未报告的数据；措辞应与证据等级相符；承认关键发现可能存在其他解释。
• 终点↔结论范围。 临床意义和结论部分的表述不得超出研究设计和终点所支持的范围。横断面研究／单次就诊研究／患病率研究不能支持预后或监测方面的主张（如筛查间隔、疾病进展、预测未来风险）——这需要纵向随访。二元替代终点（有／无、>0、二分化）用于风险分层，而非指导患者护理（推迟／拒绝／开始治疗）。/self-review §D（check_scope_coherence.py）会标记 CROSS_SECTIONAL_PROGNOSTIC / SURROGATE_CARE_DIRECTIVE；结论所用动词应限定在研究设计所能支持的范围内。

完成初稿后，询问用户是否缺少锚点论文或比较、是否要调整解读，以及希望强调或弱化哪些临床意义。根据反馈修改，然后运行评论者—修订者循环。

阶段 6：引言 + 摘要

最后撰写这两部分，因为它们为论文定下基调，并且要以实际发现为依据。

开始撰写前： 加载 ${CLAUDE_SKILL_DIR}/references/section_guides/introduction.md 和 ${CLAUDE_SKILL_DIR}/references/section_guides/title_abstract.md，并浏览结构范例 ${CLAUDE_SKILL_DIR}/references/exemplar_introduction.md 和 ${CLAUDE_SKILL_DIR}/references/exemplar_abstract.md。对于病例报告，请使用 ${CLAUDE_SKILL_DIR}/references/exemplar_case_report.md 中 150 词的引言 / 病例介绍 / 结论摘要结构，而不是 IMRAD 摘要模型。

引言（3-4 段）： 介绍临床背景，说明其重要性（患病率、负担、当前实践）→ 指出本研究要解决的知识缺口 → 精确陈述研究目标，并在适用时说明假设。对于 AI/LLM 提取研究，应说明其对决策的影响路径：如果模型有效，哪些临床或研究工作流步骤会发生变化，而不只是指出提取出的标签很有意思。

摘要： 内容完整、独立成篇；所有数字均须与正文和表格一致；最后一句应说明临床意义，而不是“仍需进一步研究”。 以预先指定的主要估计目标为重点，而非最大效应——即使批评者或同行模拟审查建议突出最强的数字也不例外。收紧效应量表述没有问题；但将次要、探索性或事后估计提升为标题重点，就是估计目标筛选。摘要中的主要结果必须是注册方案 / 研究方案中预先指定的主要对比——与步骤 7.3b 检查的内容一致。如果主要结果为零效应或统计效能不足，应如实报告（参见 /self-review 类别 C，考虑统计效能的零结果），而不是用更有利的次要估计取而代之。

流程： 批评者-修订者循环。

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阶段 7：润色

进行最终质量检查。**严格按顺序执行——每一步必须完成后才能开始下一步。**任何 HALT 都会停止整个流程；没有例外。

7.1 — AI 模式扫描。 删除 AI 写作模式（见下文“避免 AI 模式”），并在原处编辑 manuscript/manuscript.md。然后运行确定性的传统风格检查： python3 "${CLAUDE_SKILL_DIR}/../self-review/scripts/check_classical_style.py" --manuscript manuscript/manuscript.md --strict。 对于 MA / 系统综述，或预计会有资深合著者审阅的情况，还要完成 references/section_guides/step7_1_classical_qc.md 中的 7 项 grep 检查清单。正文中模式 19–21 的改写（§、自我指涉、AI 披露套话）交由 /humanize 处理。

HALT — AI 披露的元适用性。 AI/LLM 使用披露本身必须满足稿件所批评的条目（FLAIR F1.6、TRIPOD-LLM、MI-CLEAR-LLM）：版本、访问渠道、日期范围、责任方，且不得含有 [version] / TODO 占位符。论文不能违反自己所批评框架中的条目。（传统格式要求：放在标题页，而非正文。）

7.2 — 报告规范检查。 调用 /check-reporting。仅自动插入缺失且 fixable_by_ai 为 true 的条目；绝不编造需要外部事实的条目（IRB / 注册编号）。将每次插入记录到 qc/_pipeline_log.md。

7.3 — 引文核验。 首先检查占位符——只要 grep -nE '\[@NEW:[^]]+\]' manuscript/index.qmd manuscript/manuscript.md 有任何命中，就必须立即停止，并返回 /search-lit → /lit-sync。然后运行 /verify-refs：解析 qc/reference_audit.json，如果 submission_safe: false，则停止整个流程，列出所有 FABRICATED / MISMATCH 和任何 duplicate_findings[]。 7.3a / 7.3b / 7.3c — 完整性审计。 在 7.3 和 7.4 之间运行全部三项；每项都可能触发 HALT 并转至 7.4a。7.3a 数值主张（文本 ↔ 表格 ↔ 提取 CSV + 一手来源核查；方向逆转或 p<0.05↔p≥0.05 跨越均为 P0 阻断项）。7.3b 估计目标溯源（委派给 /self-review 2.5f；PRIMARY_REASSIGNED、EVALUE_ARITHMETIC、EVALUE_NON_PRIMARY = P0）。7.3c 参考文献充分性（每种提及的方法都必须有引用 — 通过 /search-lit → /lit-sync → /verify-refs --strict 解决，绝不捏造）。参见 phase7_integrity_audits.md。

7.4 — 自我审查 + 修复循环。 调用 /self-review --json --fix：它会进行审查、应用 fixable_by_ai 编辑，并重新审查（≤2 轮），若达到 PASS 则提前停止。记录得分、判定、迭代次数和遗留问题。任何仍存在的 severity: "fatal" 问题都必须转至 7.4a — 不要继续到 7.5。

7.4a — 审计恢复分支。 如果发现的问题属于结构性问题 — 数据、方案或分析脚本有误 — 那么润色只会让一篇建立在错误基础上的稿件看起来无懈可击。 禁止直接修改正文 — 恢复意味着重新提取、重新分析或重新注册。暂停 7.5–7.6，记录分支，调用指定技能，从 7.3 重新进入。 循环预算：一个周期。路由：references/section_guides/step7_4a_audit_recovery.md。

7.5 — 生成交付文件。 manuscript/manuscript.md、manuscript/title_page.md、qc/reporting_checklist.md、qc/self_review.md、qc/_pipeline_log.md。不要手动为作者单位编号 — 使用 scripts/build_title_page_affiliations.py --check title_page.md --strict 构建并验证（Nature Portfolio / npj 技术检查项）。

7.6 — DOCX 构建。 从 analysis/figures/_figure_manifest.md 嵌入图，然后渲染。对于参考文献超过 5 条的投稿，优先使用 /manage-refs（pandoc + citeproc + 期刊 CSL），并且绝不要手动输入参考文献列表。

7.6a — 交叉引用质检。 构建后、最终门控前：

python3 "${CLAUDE_SKILL_DIR}/../manage-refs/scripts/check_xref.py" \
  --md manuscript/manuscript.md --docx manuscript/manuscript_final.docx \
  --out qc/xref_audit.json --strict

它会捕获文内引用解析到错误的渲染图注的情况。任何 MISSING_DOCX/MISSING_BODY/MISMATCH → submission_safe: false，退出代码 1，HALT。正文图注是 SSOT — 修复构建流水线，绝不要反过来修改正文图注。

7.7 — 最终门控。 自主模式：记录完成情况；报告字数、图数、自我审查得分、报告规范符合率 %、FATAL 标记。交互模式：呈现摘要并等待确认。

文件	阅读时机
references/phase7_polish_detail.md	到达构建步骤（7.5–7.6a）、触发 HALT，或稿件中包含 AI 披露段落时
references/phase7_integrity_audits.md	运行 7.3a / 7.3b / 7.3c 时
references/section_guides/step7_4a_audit_recovery.md	7.4 留下致命问题时

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Phase 8+（可选）：生成投稿附信

仅在用户明确要求投稿附信时（例如 /find-journal 选定目标期刊后）生成 — 绝不自动生成。阅读 ${CLAUDE_SKILL_DIR}/references/phase8_cover_letter.md，了解必须询问的输入信息、信件结构、审稿人利益冲突交叉核查（荟萃分析必做）以及过度主张防范机制。

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Critic Review Criteria

第 3–6 阶段均按“作者 → 评论者 → 修订者”的流程进行：起草章节，让评论者逐行审阅并提供反馈，进行修订，然后重复此过程，最多 3 轮。若 3 轮后仍未通过，则向用户提交最佳版本，并列出尚存问题，征求指导意见。

评论者会从六个维度进行审阅，并提供逐行反馈：准确性（每项陈述均与数据／表格相符；效应方向正确）、完整性（包含所有报告指南要求的要素和小节）、清晰度（初读即可理解；没有指代不明）、简洁性（没有填充内容或多余的保留措辞；不超出字数限制）、报告规范（已处理本节涉及的 STARD/TRIPOD/CLAIM 等条目）、人性化（没有触发 AI 模式规避检查的问题）。若没有任何维度存在期刊审稿人会提出的问题，则该章节通过；否则进入修订者轮次。

**章节边界（通过／不通过，第 4 和第 5 阶段）：**结果部分不得包含解释、不得回答“为什么”、不得引用既有文献，也不得在没有数据支持的情况下使用评价性形容词；讨论部分不得包含结果中没有的数据，也不得超出证据等级夸大结论。评论者 MUST 标记每个违规句子；修订者完成移动或改写后，该章节方可通过。

每轮报告格式为 ## Critic Report: {Section} -- Round {N}，按优先级列出问题，格式为 [Dimension] location: issue -> suggested fix，并注明 Verdict: PASS | REVISE。

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Manuscript Writing Rules

• **仅使用完整散文。**手稿章节（方法、结果、讨论、引言）中绝 NEVER 使用项目符号或编号列表。只有当期刊格式要求时，结构式摘要中才可以使用项目符号。
• **语态和时态。**优先使用主动语态（“我们分析了”，而非“进行了分析”）；只有当 Agent 确实无关紧要时才使用被动语态。方法和结果：过去时。讨论和引言：公认事实使用现在时，研究特定发现使用过去时。摘要：与其所描述的章节时态一致。
• **数字。**正文中的所有数字必须与相应表格单元格完全一致，不得采用不同的舍入方式。百分比必须匹配：若为 150 人中的 23 人，应写作“23（15.3%）”——请核实计算结果。所有主要终点均须报告效应量及其 95% 置信区间。使用精确 p 值（p = 0.032），而非阈值（p < 0.05）；p < 0.001 时除外。
• **不得编造临床定义、诊断标准或指南建议。**如有疑问，请标记 [VERIFY] 并询问用户。
• **遵循期刊要求。**遵守已加载期刊档案中的字数限制（若章节草稿超出限制，请报告超出字数并提出具体删减建议）和结构式摘要格式，并包含期刊特定的必需元素（例如，AJR 的“要点”，以及 RYAI AI 研究的 CLAIM 核对清单）。

AI 模式规避

稿件不得包含以下常被标记为 AI 生成的模式：

禁用短语：“In conclusion”（改用“In summary”或重新表述）·“It is worth noting that”· “It is important to note that”·“Notably,”·“Interestingly,”·“Importantly,”·在句首使用“Furthermore,” 或“Moreover,”（改用“In addition,”或调整句式）·“plays a crucial role”· “a comprehensive analysis”·“delve into”·“leverage”（改用“use”或“apply”）·“utilize”（改用 “use”）·“in the realm of”·“underscores the importance of”·“sheds light on”·“paves the way for”·“a nuanced understanding”·“the landscape of”·“a paradigm shift”·“robust”（描述统计方法时除外）。

**禁用的结构模式：**三段式列举句（在多个段落中反复使用“X, Y, and Z”）；过度使用保留措辞的链式表达（例如“may potentially be associated with possible”）；镜像式段落（用相同模板表达不同内容）；夸张的开篇句（例如“In the rapidly evolving landscape of...”）。

**应采用的做法：**变换句式和长度，优先使用具体表述，让数据本身说话：“AUC 为 0.92”，而不是“该模型展现了卓越的性能”。

恢复工作

如果用户返回时稿件尚未完成，请检查工作区中是否有现存草稿，确定最近完成的阶段，总结进度，并询问用户要从哪里继续。

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LLM 写作披露

启用时（默认），此技能会生成符合 ICMJE Recommendations 和 COPE 要求的透明度声明。默认开启是因为 ICMJE 和主要期刊要求披露 AI 写作辅助；省略披露可能导致拒稿或撤稿； --no-llm-disclosure 可针对没有此类政策的期刊，或 LLM 辅助作用很小的情况关闭该选项。

披露位置

披露位置取决于目标期刊的要求，而各期刊对此并不一致：有些要求放在 Methods，有些要求放在 Acknowledgments，还有些只要求放在投稿信、标题页或投稿表格中。请依据已加载的期刊配置文件（下文 Journal-Specific Overrides），并仅使用该期刊要求位置的模板。如果没有记录目标期刊，则依照 ICMJE 处理——写作辅助放在 Acknowledgments，数据收集、分析或制图中使用 AI 的情况放在 Methods；两种情况均可在投稿信中披露——并将披露位置视为尚未确认：Phase 7.1 检查（check_classical_style.py、INBODY_AI_DISCLOSURE）会将其报告为次要项，直到设置目标期刊；如果目标期刊不接受正文披露，则报告为主要项。

关于作者所做事项（审阅、核实、批准，以及工具未用于哪些工作）的陈述应由作者确认。请将这些内容写在 [TODO authors confirm: …] 标记内，并保留该标记，待作者处理——只要仍存在 TODO、这些模板中尚未填写的占位符（[tool]、[version]、[developer]、 [Claude/tool name]、[Journal Name]、[statistician/author]、{version} 等），或任何 [VERIFY…] / [UNVERIFIED - NEEDS MANUAL CHECK] 标记，check_placeholders.py 就会阻止提交。

1. Methods 部分——最后一段

如果目标期刊要求在 Methods 中披露，请将其放在 Methods 部分末尾、伦理声明之后：

模板（根据具体情况调整）：

[AI-Assisted Writing Disclosure]
An artificial intelligence language model ([tool] [version], [developer]) was used to assist
with [tasks actually performed, e.g. structuring sections, refining prose, checking the
internal consistency of reported statistics]. [TODO authors confirm: All content was
critically reviewed, verified against source data, and approved by all authors. The tool was
not involved in study design, data collection, data analysis, or interpretation of results.]

定制规则：

• 将 [tool] [version], [developer] 替换为实际使用的工具。
• 列出 LLM 执行的具体任务（起草、编辑、文献检索、统计代码）。
• 如果 LLM 也用于数据分析（例如通过 /analyze-stats 生成统计代码），请明确说明：“was also used to generate statistical analysis code, which was reviewed and validated by [statistician/author].”
• 限制在 2-3 句话。不要过度解释。

2. Acknowledgments 部分

模板：

The authors acknowledge the use of [Claude/tool name] ([Anthropic/developer]) for
writing assistance in preparing this manuscript. The authors retain full responsibility
for the content.

3. 投稿信——AI 披露段落（Phase 8+）

模板：

In accordance with [Journal Name]'s policy on AI-assisted writing, we disclose that
[tool] [version] was used to assist with manuscript preparation, specifically
[list tasks: drafting, language editing, statistical code review]. [TODO authors confirm:
All authors have reviewed and take responsibility for the final content. The AI tool was
not listed as an author and did not contribute to study conception, design, or data
interpretation.]

不应披露的内容

• 不要披露日常使用语法检查工具（Grammarly、Word 拼写检查）的情况——根据 ICMJE 当前指南，这些不属于生成式 AI。
• 除非大模型生成了分析代码，否则不要披露使用文献管理工具（Zotero、EndNote）或统计软件（R、Python）的情况。

期刊特定覆盖规则

在第 0 阶段加载期刊配置文件时，检查其中是否包含 ## AI Writing Disclosure Policy 部分。其结构化字段——要求级别（Required / Recommended / Not specified）、允许范围（All tasks / Language editing only / Not permitted）、披露位置（Methods / Acknowledgments / Cover letter / Submission form）、AI 生成图像（Allowed / Banned / Not specified）、政策 URL——会自动设定披露措辞。已知的主要政策：

• Radiology/RSNA：Required；仅限语言编辑；Methods + Acknowledgments；禁止 AI 图像。
• RYAI/RSNA：Required；仅限语言编辑；Methods + Acknowledgments；禁止 AI 图像。
• JAMA/AMA：Required；仅限语言编辑；Methods + Cover letter。
• Lancet：Required；仅限语言编辑（“可读性和语言”）；在 Acknowledgments 中披露，并披露提示词。
• BMJ：Required；允许所有任务，但必须披露；Methods + Acknowledgments；适用于文本、图像、数据和图表。
• Nature/Springer Nature：Required；仅限语言编辑；Methods；禁止 AI 图像。
• Science/AAAS：限制最严格。大模型的使用受到限制；未披露可能被视为潜在的不当行为。

如果加载的期刊配置文件中没有 AI Writing Disclosure Policy 部分，则回退到 Disclosure Locations 中 ICMJE 规定的位置。ICMJE 要求披露，但不限制 AI 的用途，因此范围限制应以期刊规定为准。

门禁

严重级别：ENFORCED = 失败时流水线停止（无法进入下一阶段）。ADVISORY = 记录警告，用户可覆盖。OPT-IN = 仅在明确调用时运行。

阶段	门禁	严重级别	触发条件	失败时的操作
0	主干文章自动提议（阶段 0“识别主干文章”操作）	ADVISORY	refs.bib 中存在方法学上相似的候选项	提示用户；由用户接受或拒绝
7.0	引用键解析（委派给 /manage-refs scripts/check_citation_keys.py）	ENFORCED	存在 UNDEFINED 键	停止；通过 /lit-sync 解析后重新运行
7.0	清理 [@NEW:topic]（委派给 /manage-refs；check_citation_keys.py 会将其报告为 UNDEFINED，退出码为 1）	进入 7.6 时为 ENFORCED	仍有 [@NEW:topic] 标记	DOCX 渲染前逐一解析
7.1	古典风格 QC（check_classical_style.py）	ENFORCED	存在 § 节交叉引用。仅当目标位置已知（--profile 或 --disclosure-placement）时，正文中的 AI 披露才会导致停止；上方的 7.1 调用未传入这两个参数，因此会报告为 Minor，不会导致停止。正文中的 em-dash 超过 25 个时会报告为 Minor，不会导致停止	自动修复；或停止以供资深 MA 审阅者准备
7.2	报告指南合规性（/check-reporting）	投稿时为 ENFORCED	必需项未全部提供（低于 100%）	自动修复缺失项；部分符合时为 ADVISORY
7.3	参考文献审计（/verify-refs --strict）	ENFORCED	submission_safe: false（存在任何 FABRICATED 或 MISMATCH 行，或 duplicate_findings[] 非空），或存在任何 UNVERIFIED 行（--strict 遇到这些情况也会以 1 退出）	停止；在 Zotero 中修复，然后通过 /lit-sync 重新生成 refs.bib
7.4	自审修复循环（/self-review --json --fix）	ENFORCED	迭代 2 次后得分仍低于阈值	转至步骤 7.4a 审计恢复
7.4a	审计恢复分支（对于 MA 手稿，转至 /meta-analysis 阶段 10）	在 --e2e 中为 ENFORCED	自审发现结构性数据问题	若恢复验证连续失败 2 次，则停止并返回 RECOVERY_HALT_HUMAN_DECISION
7.5	弱化 AI 特征密度（/humanize）	ADVISORY	AI 特征超过每 1000 词 2.0 个	全面处理并标记剩余项；由用户审阅
7.5a	AIO 检查清单（/academic-aio --aio）——在 /humanize 后运行；准备与投稿同时提交的预印本 / GitHub README / CITATION.cff / HF 卡片时也运行。切勿静默运行：academic-aio 的 Communication Rules 禁止这样做。	OPT-IN	用户提供 --aio 标志	输出 PASS/PARTIAL/FAIL 报告；绝不自动应用
7.6	DOCX 构建（委派给 /manage-refs scripts/render_pandoc.sh）	ENFORCED	渲染以非零状态码退出	停止；向用户报告 stderr
7.6a	交叉引用 QC（委派给 /manage-refs scripts/check_xref.py --strict）	ENFORCED — 投稿门禁	MISSING_DOCX / MISSING_BODY / MISMATCH > 0（使用 --allow-separate-attachments 时：存在 MISMATCH，或其浮动对象位于 DOCX 中的 MISSING_BODY）	停止；根据 references/phase7_polish_detail.md 转交修复
7.7	最终投稿门禁	ENFORCED	上述 7.0–7.6a 中任一项失败	拒绝将 submission_safe 标记为 true
8+	投稿信生成	OPT-IN	用户调用 --cover-letter	按期刊配置文件生成