BioOntology MCP Server

非公式 BioOntology MCP サーバー

1,200 を超える生物学オントロジーの検索、注釈付け、探索のため、BioOntology API への包括的なアクセスを提供する、本番環境対応の Model Context Protocol（MCP）サーバーです。

機能

検索と探索

• search_terms - 高度なフィルタリングオプションを使用して、オントロジー用語を横断的に検索します
• search_properties - ラベルと ID を使ってオントロジーのプロパティを検索します
• search_ontologies - 名前、説明、または分野からオントロジーを検索します
• get_ontology_info - 特定のオントロジーに関する詳細情報を取得します

テキスト分析

• annotate_text - テキストを分析し、関連するオントロジー用語を特定します
• recommend_ontologies - テキストまたはキーワードに基づいてオントロジーを推薦します
• batch_annotate - 複数のテキストに効率よく注釈を付けます

オントロジーのナビゲーション

• get_class_info - オントロジークラスに関する詳細情報を取得します

分析とメタデータ

• get_ontology_metrics - 使用統計と品質指標を取得します
• get_analytics_data - 訪問者統計と人気の傾向を取得します

インストール

1. このサーバーをクローンまたはダウンロードします
2. 依存関係をインストールします：

   npm install
   

3. サーバーをビルドします：

   npm run build
   

設定

このサーバーを使用するには、BioOntology API キーが必要です。BioPortal から取得してください：

1. https://bioportal.bioontology.org/ でアカウントを作成します
2. アカウント設定から API キーを生成します
3. 環境変数を設定します：

   export BIOONTOLOGY_API_KEY=your_api_key_here
   

使用方法

サーバーの実行

node build/index.js

サーバーは stdio で動作し、MCP 対応クライアントとの通信に MCP プロトコルを実装しています。

リソーステンプレート

サーバーは、データに直接アクセスするための複数のリソーステンプレートを提供します：

• bioontology://ontology/{acronym} - オントロジーの完全な情報
• bioontology://class/{ontology}/{class_id} - オントロジークラスの詳細
• bioontology://search/{query} - 用語の検索結果
• bioontology://annotations/{text} - テキストの注釈結果
• bioontology://recommendations/{input} - オントロジーの推薦
• bioontology://analytics/{ontology} - 分析データ

ツール呼び出しの例

用語を検索する：

{
  "tool": "search_terms",
  "arguments": {
    "query": "diabetes",
    "ontologies": "NCIT,DOID",
    "require_definitions": true,
    "pagesize": 10
  }
}

テキストに注釈を付ける：

{
  "tool": "annotate_text",
  "arguments": {
    "text": "The patient has diabetes mellitus and hypertension",
    "ontologies": "NCIT,DOID,HP",
    "longest_only": true
  }
}

オントロジーの推薦を取得する：

{
  "tool": "recommend_ontologies",
  "arguments": {
    "input": "cancer treatment protocols",
    "input_type": 1,
    "output_type": 1
  }
}

複数のテキストに一括で注釈を付ける：

{
  "tool": "batch_annotate",
  "arguments": {
    "texts": ["diabetes mellitus", "cardiac arrest", "lung cancer"],
    "ontologies": "NCIT",
    "longest_only": true
  }
}

対応オントロジー

このサーバーは、BioPortal で利用可能なすべてのオントロジー（1,200 以上）に対応しています。以下を含みます：

医療／臨床：

• NCIT - NCI シソーラス（がん用語）
• DOID - 疾患オントロジー
• HP - ヒト表現型オントロジー
• MESH - 医学件名標目

生物学／化学：

• GO - 遺伝子オントロジー
• UBERON - 解剖学オントロジー
• CHEBI - 生物学的関心のある化学物質

その他、1,190 以上の専門オントロジー

MCP クライアントとの統合

このサーバーは、MCP 対応のあらゆるクライアントと互換性があります。主な選択肢は次のとおりです：

• Claude Desktop - MCP 設定に追加します
• VSCode Extensions - MCP 対応の拡張機能で使用します
• Custom Applications - MCP プロトコルを介して統合します

MCP 設定例

MCP クライアントの設定に追加します：

{
  "servers": {
    "bioontology": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/bioontology-server/build/index.js"],
      "env": {
        "BIOONTOLOGY_API_KEY": "your_api_key_here"
      }
    }
  }
}

高度な機能

入力検証

• 適切なエラーメッセージを伴う包括的なパラメーター検証
• すべての入力の型チェック
• 数値パラメーターの範囲検証
• 制限値に対する列挙型の検証

エラー処理

• API エラーへの適切な対処
• 構造化されたエラーレスポンス
• ネットワークタイムアウトの管理
• 認証エラーの報告

パフォーマンス

• 効率的な API リクエスト処理
• 適切なタイムアウト管理
• メモリ使用量の最適化
• 同時リクエストへの対応

API ドキュメント

BioOntology API の詳細なドキュメントについては、https://data.bioontology.org/documentation を参照してください。

本番環境での使用

このサーバーは徹底的にテストされており、本番環境ですぐに使用できます。以下の機能を提供します。

• 信頼性の高い API 統合と堅牢なエラー処理
• すべてのツールに対する包括的な入力検証
• シームレスな統合を実現する完全な MCP プロトコル準拠
• すべての生物学分野にわたる 1,200 以上のオントロジーのサポート
• 応答時間を最適化した高いパフォーマンス

ライセンス

MIT ライセンス — 詳細については LICENSE ファイルをご覧ください。

引用

このプロジェクトを研究や出版物で使用する場合は、以下の形式で引用してください。

@misc{yourproject2025,
  author       = {Moudather Chelbi},
  title        = {Augmented Nature BioOntology MCP Server},
  year         = {2025},
  howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/BioOntology-MCP-Server},
}