tooluniverse

ToolUniverse：AI サイエンティストを誰もが利用できるように

インストール

重要

Claude Desktop の拡張機能に「Failed — Server disconnected」と表示されますか？ Claude Desktop に組み込まれた Extensions ディレクトリ内の ToolUniverse は古いビルドで、起動できません。これを削除し、以下のいずれかの方法を使ってください。どちらも動作するバージョンをインストールします。 詳細と状況：#585

AI エージェント（推奨） — AI エージェントを開いて、次を実行します。

Read https://aiscientist.tools/setup.md and set up ToolUniverse for me.

エージェントが MCP の設定、API キー、スキルのインストール、検証を順に案内します。

{
  "mcpServers": {
    "tooluniverse": {
      "command": "uvx",
      "args": ["--refresh", "tooluniverse"],
      "env": {"PYTHONIOENCODING": "utf-8"}
    }
  }
}

npx skills add mims-harvard/ToolUniverse

Claude Code ユーザー — 設定ファイル不要で、1 行で設定できます。

claude plugin marketplace add mims-harvard/ToolUniverse
claude plugin install tooluniverse@tooluniverse

Python 開発者 — SDK をインストールします。最初に uv をインストールし、システムの pip は使用しないでください。最近の Mac では、pip install tooluniverse は externally-managed-environment（PEP 668）エラーで失敗し、python3 -m venv も ensurepip で失敗することがあります。uv は独自の Python を管理するため、どちらの問題も回避できます。

curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh   # if you don't have uv
uv venv --python 3.12 && source .venv/bin/activate
uv pip install tooluniverse

Python 3.10 以降が必要です。Apple Silicon 搭載 Mac では macOS 14 以降も必要です。ベクトル検索ツールが依存する faiss-cpu は、macosx_14_0 より古い arm64 ホイールを提供していないため、macOS 13 以前ではコンパイルが必要になります。Intel Mac、Windows、Linux にはこの制限はありません。

基本インストールには API ツールとデータベースツールが含まれます。ローカルの機械学習、ケモインフォマティクス、プロットツールには追加パッケージが必要です。uv pip install 'tooluniverse[all]' を実行するか、[ml]、[visualization]、[bioinformatics] などのグループを 1 つ指定してください。[all] には pdf、singlecell、smolagents、client、build は含まれず、これらは個別に指定してインストールします。tooluniverse-doctor を実行すると、不足しているグループを確認できます。

tu CLI — ターミナルからツールを検索、確認、実行、テストできます。 Python SDK — AI サイエンティストシステムを構築するためのプログラムからのアクセスを提供します。

ToolUniverse で AI 科学者を構築する

クリックしてデモを視聴 (YouTube) (Bilibili)

ToolUniverse とは？

ToolUniverse は、あらゆる大規模言語モデルから AI 科学者システムを構築するためのエコシステムです。AI-Tool Interaction Protocol を基盤とし、LLM がツールを識別して呼び出す方法を標準化します。データ分析、知識検索、実験計画のために、1000 を超える機械学習モデル、データセット、API、科学パッケージを統合しています。

主な機能：

• AI-Tool Interaction Protocol：AI 科学者がツールへのリクエストを送信し、結果を受け取る方法を定める標準化されたインターフェース
• ユニバーサル AI モデルサポート：Claude、GPT、Gemini、Qwen、Deepseek、オープンモデルに対応
• MCP 統合：トランスポートとツールの選択を設定できる、ネイティブな Model Context Protocol サーバー
• 非同期操作：進捗の追跡と並列実行に対応した、長時間実行タスク（タンパク質ドッキング、分子シミュレーション）
• ツールの構成：ツールを連結し、セルフディレクテッドなワークフローで順次または並列に実行
• コンパクトモード：1000 以上のツールを中核となる探索ツール 4～5 個に絞り、コンテキストウィンドウを約 99% 節約
• CLI (tu)：ターミナルからツールの探索、確認、実行、テストが可能。対話型とスクリプト型のワークフローに対応する 9 つのサブコマンドを提供
• エージェントスキル：創薬、精密腫瘍学、希少疾患の診断、ファーマコビジランスなどに対応する、事前構築済みの研究ワークフローを 68 種類提供
• 文献検索：PubMed、Semantic Scholar、ArXiv、BioRxiv、Europe PMC などを横断する統合検索
• 2 層の結果キャッシュ：ツールごとのフィンガープリント機能を備えた、メモリ内 LRU と SQLite 永続化。速度を 10 倍に向上させ、オフライン対応と再現性を実現
• 継続的な拡張：追加の設定なしで、新しいツールをローカルまたはリモートに登録

ToolUniverse を使ってプロジェクトを構築していますか？GitHub Pull Request から投稿するか、お問い合わせください。

TxAgent：治療推論のための AI エージェント [プロジェクト] [論文] [PyPI] [GitHub] [HuggingFace]

TxAgent は、ToolUniverse の科学ツールエコシステムを活用し、複雑な治療推論タスクを解決します。

Medea：治療法発見のためのオミクス AI エージェント [プロジェクト] [論文] [GitHub]

Medea は、ToolUniverse のツールを統合してマルチオミクス解析を行い、がん、自己免疫疾患、その他の疾患における治療標的を特定し、薬剤反応を予測します。

ワークショップと教育

ToolUniverse で AI 共同科学者を構築する

Harvard Medical School の Core for Computational Biomedicine（CCB）AI Seminar & Workshop Series で、2026 年 10 月 8 日に開催されたワークショップの資料です。ToolUniverse のワークショップスライド、CCB の紹介スライド、臨床および遺伝学の例を使って ToolUniverse をその場で利用するための、手順を追って進める Markdown ガイドが含まれています。

ドキュメント

ドキュメント全文：zitniklab.hms.harvard.edu/ToolUniverse

• CLI リファレンス（tu）
• Python 開発者ガイド
• AI エージェントのセットアップ
• エージェントスキル
• ToolUniverse の拡張
• API リファレンス

コミュニティ

このプロジェクトの主な創設者である**Shanghua Gao**は、現在、就職活動中です。

Slack · GitHub Issues · Shanghua Gao · Marinka Zitnik

リーダー： Shanghua Gao · Marinka Zitnik

コントリビューター： Shanghua Gao · Richard Zhu · Pengwei Sui · Zhenglun Kong · Sufian Aldogom · Yepeng Huang · Ayush Noori · Reza Shamji · Krishna Parvataneni · Theodoros Tsiligkaridis · Marinka Zitnik

プライバシーポリシー

ToolUniverse はローカルで動作し、情報を一切収集しません。テレメトリー、分析データ、会話データも収集しません。ツールを実行すると、そのツールの引数がツールのデータプロバイダー（UniProt、openFDA、Open Targets など）に送信され、応答を得るために使われます。それ以外の情報がデバイスの外部に送信されることはありません。API キーはローカルに保管され、該当するサービスにのみ送信されます。ポリシー全文： https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/blob/main/PRIVACY.md

引用

@article{gao2025democratizingaiscientistsusing,
      title={Democratizing AI scientists using ToolUniverse}, 
      author={Shanghua Gao and Richard Zhu and Pengwei Sui and Zhenglun Kong and Sufian Aldogom and Yepeng Huang and Ayush Noori and Reza Shamji and Krishna Parvataneni and Theodoros Tsiligkaridis and Marinka Zitnik},
      year={2025},
      eprint={2509.23426},
      archivePrefix={arXiv},
      primaryClass={cs.AI},
      url={https://arxiv.org/abs/2509.23426}, 
}