ChEMBL-MCP-Server

ChEMBL-MCP-Server

chembl_webresource_client パッケージを基盤とした FastMCP ラッパーサーバーで、ChEMBL データベースへの API アクセスを提供します。

特長

• ChEMBL データベースへの完全な API アクセス
• FastMCP フレームワークを使用して実装された非同期 API 呼び出し
• エラー処理とタイムアウト機能を内蔵
• HTTP と stdio の両方のトランスポート方式に対応
• 完全な型注釈と docstring

インストール

# Clone repository
git clone https://github.com/yourusername/ChEMBL-MCP-Server.git
cd ChEMBL-MCP-Server

# Install dependencies
pip install -r requirements.txt

使用方法

サーバーの起動

# Start HTTP server with default configuration
python chembl_searver.py

# Specify host and port
python chembl_searver.py --host 0.0.0.0 --port 8080

# Use stdio transport
python chembl_searver.py --transport stdio

# Set log level
python chembl_searver.py --log-level DEBUG

利用可能なパラメーター

• --host：サーバーのホストアドレス。既定値は 127.0.0.1 です
• --port：サーバーのポート。既定値は 8000 です
• --transport：トランスポート方式。http または stdio から選択します。既定値は http です
• --log-level：ログレベル。DEBUG、INFO、WARNING、ERROR、CRITICAL から選択します。既定値は INFO です

API 関数

サーバーは次の API 関数を提供します。

データエンティティ API

• example_activity：活性データを取得します
• example_assay：アッセイデータを取得します
• example_target：ターゲットデータを取得します
• example_molecule：分子データを取得します
• example_drug：医薬品データを取得します
• その他のデータエンティティ API…

化学ツール API

• example_canonicalizeSmiles：SMILES 文字列を正規化します
• example_smiles2inchi：SMILES を InChI に変換します
• example_smiles2svg：SMILES を SVG 画像に変換します
• example_structuralAlerts：構造アラートを取得します
• その他の化学ツール API…

例

各種 API の使用例については、chembl_search.py ファイルを確認してください。

依存関係

• chembl_webresource_client：ChEMBL Web Service Client
• mcp：MCP フレームワーク
• fastapi：FastAPI フレームワーク
• uvicorn：ASGI サーバー
• asyncio：非同期 I/O ライブラリ

ライセンス

MIT