Chatspatial

ChatSpatial は、その場しのぎの LLM コード生成を、スキーマに基づくオーケストレーションに置き換えます。任意のスクリプトを生成する代わりに、LLM は厳選されたレジストリからツールとパラメーターを選択します。これにより、セッションやクライアントをまたいで、空間トランスクリプトームのワークフローの再現性が高まります。

ChatSpatial は、20 個のスキーマ検証済み MCP ツールを公開し、13 の解析カテゴリにわたる67 種類の空間トランスクリプトーム手法をオーケストレーションします。ツールは安定した自然言語インターフェースであり、手法はツールパラメーターを通じて選択される解析バックエンドです。

このサーバーは、公式 Python SDK v2 を通じて MCP 2026-07-28 を実装しており、SDK が管理するプロトコルネゴシエーションにより 2025-11-25 のクライアントにも引き続き対応します。 STDIO は安全なローカル環境でのデフォルトとして維持され、Streamable HTTP は明示的に設定した HTTP デプロイで利用できます。

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まずはこちら

uv を一度インストールすれば、Python 環境を作成・管理せずに ChatSpatial を登録できます。

Codex：

codex mcp add chatspatial -- uvx --from chatspatial chatspatial server

Claude Code：

claude mcp add --scope user chatspatial -- \
  uvx --from chatspatial chatspatial server

初回起動時に uvx が分離環境を作成し、以降の起動ではキャッシュを再利用します。 サーバーを追加した後、MCP クライアントを再起動してください。

上記のコマンドでは、標準ランタイムがインストールされます。15 種類の組み合わせ可能な Python メソッドファミリーすべてを同じ分離 MCP 環境で利用するには、次を使用してください。

uvx --from 'chatspatial[full]' chatspatial server

full には、CellRank、FastCCC、メンテナンスされている空間ドメインおよび レジストレーションのバックエンド、アノテーション、エンリッチメント、その他の移植可能な Python ファミリーが含まれます。R ブリッジ、AESTETIK、rctd-py は、システム、プラットフォーム、 または大規模ランタイムに関する要件があるため、別扱いです。これらのファミリーを有効にする前に、 インストールガイドを確認してください。

続いて、次の手順に進んでください。

1. 最初の解析を実行する — クイックスタート
2. オプションのメソッドファミリーまたは永続環境を選択する — インストールガイド
3. 別の MCP クライアントを設定する — 設定ガイド
4. LLM を使わずに論文の主要な結果を再現する — 再現用イメージ

Docker クイックスタート：

docker pull cafferyyang777/chatspatial:latest

最小限のプロンプト例：

Load /absolute/path/to/spatial_data.h5ad and plot gene expression at the spatial coordinates

クイックスタートでは、ダウンロード可能なサンプルと、 標準インストールで実行できる Leiden ワークフローを紹介しています。サンプルには空間座標が 含まれていますが、H&E 画像は含まれていません。SpaGCN にはオプションの spatial-domains extra が必要です。

Docker を使用する場合は、ホストのデータを /data にマウントし、たとえば /data/spatial_data.h5ad のように コンテナ内のパスを指定してプロンプトしてください。

ChatSpatial は、Claude Code、Claude Desktop、Codex、OpenCode、その他の MCP 対応ツールなど、あらゆる MCP 互換クライアントで動作します。

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機能

現在、13 の分析カテゴリーにわたる 67 のメソッドをカバーしており、20 の MCP ツールを通じて利用できます。10x Visium、Xenium、Slide-seq v2、MERFISH、seqFISH に対応しています。

カテゴリー	メソッドの例
データ読み込みと前処理	Scanpy I/O、QC、正規化、HVG、PCA、近傍探索
可視化	空間プロット、埋め込みプロット、遺伝子発現のオーバーレイ
空間ドメインの識別	SpaGCN、STAGATE、GraphST、BANKSY、AESTETIK、Leiden、Louvain
デコンボリューション	FlashDeconv、Cell2location、RCTD（spacexr または rctd-py）、DestVI、Stereoscope、SPOTlight、Tangram、CARD
細胞間コミュニケーション	LIANA+、CellPhoneDB、CellChat（cellchat_r）、FastCCC
細胞タイプのアノテーション	Tangram、scANVI、CellAssign、mLLMCelltype、scType、SingleR、マーカースコアおよび閾値ルール
差次的発現	Wilcoxon、t 検定、ロジスティック回帰、pyDESeq2
軌跡推定	CellRank、Palantir、DPT
RNA ベロシティ	scVelo、VeloVI
空間統計	Moran's I、Local Moran、Geary's C、Getis-Ord Gi*、Ripley's K、共起、近傍エンリッチメント、中心性スコア、Local Join Count、ネットワーク特性
エンリッチメント解析	GSEA、ORA、Enrichr、ssGSEA、Spatial EnrichMap
空間可変遺伝子	SpatialDE、SPARK-X、FlashS
複数サンプルの統合	Harmony、BBKNN、Scanorama、scVI
CNV 解析	InferCNVPy、Numbat
空間レジストレーション	PASTE、STalign

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ドキュメント

ガイド	次の場合にご覧ください…
インストール	オプションのインストール方法や永続的な Python 環境が必要な場合
Docker	再現可能なコンテナーランタイムが必要な場合、またはローカルで依存関係を解決できない場合
設定	MCP クライアントの正確な構文やランタイムのパスモデルが必要な場合
クイックスタート	ChatSpatial のインストールが完了しており、最初の分析を成功させたい場合
コンセプト	生物学的な問いに基づいて分析戦略を選ぶ必要がある場合
例	コピーしてすぐに使える自然言語のワークフロープロンプトが必要な場合
メソッドリファレンス	正式なツール名、メソッド名、パラメーター、デフォルト値が必要な場合
トラブルシューティング	セットアップ、データの読み込み、または分析の動作に問題がある場合
ドキュメント全文	ドキュメントサイト全体をご覧になりたい場合

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再現性

各リリースでは、-repro タグで再現用イメージを公開しています。このイメージは、論文の実験で記録された DLPFC 空間ドメインおよび OSCC CARD デコンボリューションのツール呼び出しを、LLM を呼び出さずに再実行し、結果を報告値と比較します。

docker run --rm -v "$PWD/out:/outputs" \
  cafferyyang777/chatspatial@sha256:ac3ba1ed8235c3d53ca72005d8ad2556cac007f5ddb932ae3e1d1241fa2cf9d8 \
  chatspatial-reproduce

reproducibility/ にはイメージの定義と、検証内容の説明があります。論文の実験および分析スクリプトは、ChatSpatial-Reproducibility にあります。

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引用

研究で ChatSpatial を使用する場合は、以下を引用してください。

@article{Yang2026.02.26.708361,
  author = {Yang, Chen and Zhang, Xianyang and Chen, Jun},
  title = {ChatSpatial: Schema-Enforced Agentic Orchestration for Reproducible and Cross-Platform Spatial Transcriptomics},
  elocation-id = {2026.02.26.708361},
  year = {2026},
  doi = {10.64898/2026.02.26.708361},
  publisher = {Cold Spring Harbor Laboratory},
  URL = {https://www.biorxiv.org/content/early/2026/03/01/2026.02.26.708361},
  journal = {bioRxiv}
}

ChatSpatial は、多くの優れたサードパーティ製メソッドを連携させます。分析で使用した元のツールも必ず引用してください。

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コントリビューション

ドキュメントの改善、バグ報告、新しい分析メソッドの提案を歓迎します。CONTRIBUTING.md をご覧ください。