Unofficial Reactome MCP Server 🧬

非公式 Reactome MCP サーバー 🧬

Reactome のパスウェイおよびシステム生物学データにアクセスするための Model Context Protocol サーバーです。

Augmented Nature が開発 - 科学的発見のための AI を推進

✅ 検証済みの機能

Reactome API のライブデータを使用して、8 つすべてのツールが動作します：

• 🔍 パスウェイ検索 - 名前、プロセス、キーワードで生物学的パスウェイを検索
• 📊 パスウェイの詳細 - パスウェイと構成要素に関する包括的な情報
• 🧬 遺伝子からパスウェイを検索 - 特定の遺伝子／タンパク質を含むパスウェイを検索
• 🦠 疾患パスウェイ - 疾患に関連する生物学的メカニズム
• 🌲 パスウェイ階層 - 親子関係とパスウェイの構造
• 🧪 パスウェイ参加分子 - パスウェイに参加するすべての分子
• ⚗️ 生化学反応 - 反応の詳細情報
• 🔗 タンパク質間相互作用 - パスウェイ内の分子間相互作用

🚀 クイックスタート

# Install and build
npm install
npm run build

# Run the server
node build/index.js

📋 MCP クライアントの設定

Claude Desktop

{
  "mcpServers": {
    "reactome-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/reactome-server/build/index.js"]
    }
  }
}

その他の MCP クライアント

node /path/to/reactome-server/build/index.js

🛠️ 利用可能なツール

🔍 search_pathways

名前、説明、キーワードで生物学的パスウェイを検索します

{
  "name": "search_pathways",
  "arguments": {
    "query": "cell cycle", // Pathway name, process, or keywords
    "type": "pathway", // Optional: pathway, reaction, protein, complex, disease
    "size": 20 // Optional: 1-100 results (default: 20)
  }
}

結果の例：

• 細胞周期 (R-HSA-1640170) - 細胞周期の進行と調節
• 細胞周期チェックポイント (R-HSA-69620) - 品質管理のメカニズム
• 有糸分裂 G1-G1/S 期 (R-HSA-453279) - G1 期の進行

📊 get_pathway_details

特定のパスウェイに関する包括的な情報を取得します

{
  "name": "get_pathway_details",
  "arguments": {
    "id": "R-HSA-1640170" // Reactome pathway stable identifier
  }
}

🧬 find_pathways_by_gene

特定の遺伝子またはタンパク質を含むすべてのパスウェイを検索します

{
  "name": "find_pathways_by_gene",
  "arguments": {
    "gene": "BRCA1", // Gene symbol or UniProt ID
    "species": "Homo sapiens" // Optional: species (default: Homo sapiens)
  }
}

🦠 find_pathways_by_disease

疾患に関連するパスウェイとメカニズムを検索します

{
  "name": "find_pathways_by_disease",
  "arguments": {
    "disease": "cancer", // Disease name or DOID identifier
    "size": 25 // Optional: 1-100 pathways (default: 25)
  }
}

🌲 get_pathway_hierarchy

階層構造と親子関係を取得します

{
  "name": "get_pathway_hierarchy",
  "arguments": {
    "id": "R-HSA-1640170" // Reactome pathway stable identifier
  }
}

🧪 get_pathway_participants

パスウェイ内のすべての分子（タンパク質、遺伝子、化合物）を取得します

{
  "name": "get_pathway_participants",
  "arguments": {
    "id": "R-HSA-1640170" // Reactome pathway stable identifier
  }
}

⚗️ get_pathway_reactions

パスウェイ内のすべての生化学反応を取得します

{
  "name": "get_pathway_reactions",
  "arguments": {
    "id": "R-HSA-1640170" // Reactome pathway stable identifier
  }
}

🔗 get_protein_interactions

パスウェイ内のタンパク質間相互作用を取得します

{
  "name": "get_protein_interactions",
  "arguments": {
    "pathwayId": "R-HSA-1640170", // Reactome pathway stable identifier
    "interactionType": "all" // Optional: protein-protein, regulatory, catalysis, all
  }
}

📚 リソーステンプレート

標準化された URI を使って Reactome データにアクセスします：

• reactome://pathway/{id} - パスウェイの完全な情報
• reactome://reaction/{id} - 反応の詳細情報
• reactome://protein/{id} - タンパク質の詳細と関連情報
• reactome://disease/{id} - 疾患に関連するパスウェイ
• reactome://search/{query} - 検索結果

🧪 実際の使用例

システム生物学のワークフロー

# 1. Search for DNA repair pathways
{"name": "search_pathways", "arguments": {"query": "DNA repair", "size": 10}}

# 2. Get detailed pathway information
{"name": "get_pathway_details", "arguments": {"id": "R-HSA-5696394"}}

# 3. Find all pathways containing BRCA1
{"name": "find_pathways_by_gene", "arguments": {"gene": "BRCA1"}}

# 4. Get pathway participants
{"name": "get_pathway_participants", "arguments": {"id": "R-HSA-5696394"}}

疾患メカニズムの研究

# 1. Search for cancer-related pathways
{"name": "find_pathways_by_disease", "arguments": {"disease": "cancer", "size": 15}}

# 2. Get pathway hierarchy for oncogenic signaling
{"name": "get_pathway_hierarchy", "arguments": {"id": "R-HSA-5637815"}}

# 3. Analyze biochemical reactions
{"name": "get_pathway_reactions", "arguments": {"id": "R-HSA-5637815"}}

創薬パイプライン

# 1. Find pathways for drug target
{"name": "find_pathways_by_gene", "arguments": {"gene": "EGFR"}}

# 2. Get protein interactions in pathway
{"name": "get_protein_interactions", "arguments": {"pathwayId": "R-HSA-177929"}}

# 3. Analyze pathway participants
{"name": "get_pathway_participants", "arguments": {"id": "R-HSA-177929"}}

🔬 データ範囲

Reactome は、以下のキュレーション済みデータを提供します：

• 主要なすべての生物学的プロセスにわたる25,000 件以上の反応
• 詳細な機能注釈を備えた14,000 件以上のタンパク質
• 細胞および分子のプロセスを網羅する2,500 件以上のパスウェイ
• ヒト、マウス、ラット、モデル生物を含む20 種以上
• UniProt、ChEMBL、Ensembl などのデータベースへの相互参照

主な生物学的領域：

• シグナル伝達パスウェイ
• 代謝プロセスとネットワーク
• 遺伝子の調節と発現
• 細胞周期と DNA 修復
• 免疫系の応答
• 疾患メカニズムと薬剤作用
• 発生生物学のプロセス

🏗️ アーキテクチャ

• 堅牢な型安全性を備えた TypeScript 実装
• 効率的なデータ取得のための Reactome Content Service API
• MCP Protocol に準拠した JSON-RPC 通信
• 包括的な検証を備えたエラー処理
• 30 秒のタイムアウトと適切なログ記録を備えた本番環境対応

📊 API 情報

• ベース URL：https://reactome.org/ContentService
• バージョン：Reactome v79（最新版）
• レート制限：研究利用に十分な範囲
• 認証：不要
• 形式：JSON レスポンスを返す REST API

🤝 貢献

1. リポジトリをフォークします
2. 変更を加えます
3. プルリクエストを送信します

引用

このプロジェクトを研究や出版物で使用する場合は、以下のように引用してください。

author = {Moudather Chelbi},
title = {Reactome MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/Reactome-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}