AIND Metadata access MCP server

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AIND Metadata MCP Server

AIND（Allen Institute for Neural Dynamics）のメタデータとデータアセットに、包括的なツールとリソースを通じてアクセスできるMCP（Model Context Protocol）サーバーです。

警告

このMCPサーバーは非推奨です。引き続き使用してV1メタデータにアクセスできます。
V2メタデータについては、aind-data-mcpをご覧ください。

機能

このMCPサーバーでは、次のツールを利用できます。

• データ取得：フィルターとプロジェクションを使用してMongoDBコレクションをクエリします
• 集計：複雑なMongoDB集計パイプラインを実行します
• スキーマの確認：スキーマの詳細な例とドキュメントにアクセスします
• NWBファイルへのアクセス：NWB（Neurodata Without Borders）ファイルを読み込み、内容を確認します
• データの要約：データアセットのAI生成サマリーを作成します

インストール

まだインストールしていない場合は、こちらのドキュメントに従ってuvをインストールしてください。

uvを使用してMCPサーバーをインストールします。

uv tool install aind-metadata-mcp

または、pipを使用します。

pip install aind-metadata-mcp

設定

Cline（VSCode拡張機能）の場合

お好みのクライアントでMCPサーバーを実行するには、コンソールにaind-metadata-mcpパッケージをダウンロードする必要があります。容量に制限がある場合は、次の手順に進む前に、容量に余裕のある場所をUV_CACHE_DIRとUV_TOOL_DIRに設定してください。

1. 簡単なインストール方法 ターミナルでuv tool install aind-metadata-mcpを実行してから、以下の手順に進み、MCPクライアントを設定してください。

2. 上記の手順がうまくいかなかった場合：

IDEでpython 3.11の仮想環境を作成します

# Instructions for Conda
conda create -n <my_env> python=3.11
conda activate <my_env>

# Instructions for virtual environment
py -3.11 -m venv .venv
# Windows startup
.venv\Scripts\Activate.ps1 
# Mac/ Linux startup
source .venv/bin/activate 

IDEのターミナルで以下のコマンドを実行します。

pip install uv
uvx aind-metadata-mcp

問題なく進み、次の通知が表示されれば、選択したクライアントでのセットアップは完了です。Starting MCP server 'aind_data_access' with transport 'stdio'

Cursor IDE

1. MCPサーバーをインストールします。

   uv tool install aind-metadata-mcp
   

2. MCP設定ファイルを作成します。

   mkdir -p ~/.cursor
   

3. 次の内容で~/.cursor/mcp.jsonを作成します。

   {
     "mcpServers": {
       "aind-data-access": {
         "command": "aind-metadata-mcp",
         "args": [],
         "env": {}
       }
     }
   }
   

4. 重要：必要に応じて、aind-metadata-mcpをフルパスに置き換えてください。

   which aind-metadata-mcp
   

   commandフィールドにはフルパス（例：/Users/username/.local/bin/aind-metadata-mcp）を使用してください。

5. Cursorを完全に終了して、再起動します（Cmd+Qを押してから再度開きます）。

注：CursorではVSCodeとは異なるMCP設定システムを使用します。設定はメインのsettings.jsonファイルではなく、~/.cursor/mcp.jsonに記述する必要があります。

MCPクライアントでの使用方法

クライアントにMCPサーバーを追加するJSON設定ファイルは、次のような構成にしてください。

{
    "mcpServers": {

    }
}

次の行をmcpServersディクショナリに挿入します。

"aind_data_access": {
      "disabled": false,
      "timeout": 300,
      "type": "stdio",
      "command": "aind-metadata-mcp"
}

JSONファイルの設定後、クライアントにサーバーが表示されるまで数分かかることがあります。

Claude Desktop App

• 画面左上の三本線をクリックします。
• File > Settings > Developer > Edit config

VSCodeのCline

• ClineがVScodeにダウンロードされていることを確認します
• Clineウィンドウ右上にある縦に並んだ3つの四角形をクリックします
• Installed > Configure MCP Servers
• VSCodeを閉じて、再度開きます

VSCode の Github Copilot

• コマンドパレットを開きます（ctr shift p）。
• MCP: Add server を検索します。
• Manual Install / stdio を選択します。
• コマンドを入力するよう求められたら、uvx aind-data-access と入力します。
• サーバーに名前を付けます。
• VSCode を閉じて、再度開きます。
• Copilot チャットでエージェントモードを選択し、ツールを設定するために、重なった3つの四角形をクリックします。
• エージェントが AIND API のコンテキストを使って応答できるようにするには、このリポジトリ内の resources にある .txt ファイルを手動で追加する必要があります。

Code Ocean で使用する場合

• 次のカプセルを見つけて、aind-metadata-mcp が事前にインストールされた Cline と Co-pilot を起動します。
• 追加のサポートについては、code ocean MCP serverを参照してください。
• バージョン 4.2 または 4.5 をピン留めします。