molecular-mcp

scicomp-molecular-mcp

mcp-name: io.github.andylbrummer/molecular-mcp

古典分子動力学シミュレーション用の MCP サーバーです。

概要

このサーバーは、さまざまなアンサンブルと相互作用ポテンシャルに対応した分子動力学シミュレーション用のツールを提供します。

• 粒子系 - 相互作用する粒子の系を作成および管理します
• 相互作用ポテンシャル - レナード・ジョーンズ相互作用とクーロン相互作用
• アンサンブル - NVE（ミクロカノニカル）、NVT（カノニカル）、NPT（等温等圧）
• 解析ツール - 動径分布関数、平均二乗変位、相転移
• 可視化 - 軌跡の描画と密度場の可視化
• GPU アクセラレーション - 大規模な系向けのオプションの CUDA アクセラレーション

インストールと使用方法

# Run directly with uvx (no installation required)
uvx scicomp-molecular-mcp

# Or install with pip
pip install scicomp-molecular-mcp

# With GPU support
pip install scicomp-molecular-mcp[gpu]

# Run as command
scicomp-molecular-mcp

利用可能なツール

系の設定

• create_particles - 温度を指定して粒子系を初期化します
• add_potential - レナード・ジョーンズ相互作用またはクーロン相互作用を追加します

シミュレーション

• run_md - NVE アンサンブル（エネルギーと体積が一定）
• run_nvt - NVT アンサンブル（温度と体積が一定）
• run_npt - NPT アンサンブル（温度と圧力が一定）
• get_trajectory - シミュレーションの軌跡データを取得します

解析

• compute_rdf - 動径分布関数の解析
• compute_msd - 平均二乗変位
• analyze_temperature - 熱力学的特性
• detect_phase_transition - 相転移を特定します
• density_field - 密度場の可視化を計算します

可視化

• render_trajectory - 粒子の軌跡をアニメーション表示します

設定

環境変数を使って GPU アクセラレーションを有効にします。

MCP_USE_GPU=1 scicomp-molecular-mcp

例

🎬 ビジュアルデモ

見応えのあるアニメーションデモ：

• 銀河の衝突 - N 体重力ダイナミクス

Claude でデモを実行します。

claude -p "Simulate two galaxies colliding" \
  --allowedTools "mcp__molecular-mcp__*"

📖 コード例

EXAMPLES.md に実践的なチュートリアルがあります。

• レナード・ジョーンズポテンシャルを使った単純な液体シミュレーション
• 温度と圧力の制御
• 拡散係数の計算
• クーロン相互作用を持つイオン系

📚 完全なドキュメント

詳細なリファレンスについては、API ドキュメントを参照してください。

Math-Physics-ML MCP System の一部

科学計算のための包括的なシステムの一部です。エコシステム全体については、ドキュメントを参照してください。