genefoundry

genefoundry-router

GeneFoundry の *-link MCP フリートを単一の Streamable-HTTP エンドポイントの背後に集約する、薄型の FastMCP 3.x アグリゲーターです。ホストは 1 つのサーバー — genefoundry — を追加するだけで、名前の衝突を避ける <namespace>_<tool> 形式の命名と検索ベースの検出機能を備えた、すべてのバイオメディカルバックエンドを利用できます。

重要

研究目的でのみ使用してください。臨床上の意思決定支援には使用できません。診断、 治療、トリアージ、患者管理には使用しないでください。

開発の背景

21 個すべてのバックエンドを直接マウントする MCP ホストには、数百ものツールが並ぶことになり、モデルが推論できる範囲を超えるうえ、名前の衝突も避けられません。このルーターはそれらを単一のエンドポイントに集約し、フラットなカタログを検索インターフェースに置き換えるため、モデルは一覧をスクロールするのではなく、意図に基づいて適切なツールを見つけられます。

このルーターは各バックエンドに対してはクライアント、ホストに対してはサーバーとして機能します。インターフェースに名前空間を付与し、使いやすい形に整えますが、バックエンドのデータを書き換えることはありません。呼び出し元のトークンが上流に転送されることはありません。

クイックスタート

フリートはホスト済みのため、インストールは不要です。

claude mcp add --transport http genefoundry https://genefoundry.org/mcp

ヘルスチェック： genefoundry.org/health。

稼働中のフリートに対して自分で実行する場合（Python 3.14+、uv）：

uv sync --group dev
cp .env.example .env                    # set GF_*_URL backend URLs and GF_AUTH_MODE
uv run genefoundry-router run --host 127.0.0.1 --port 8000
curl -s localhost:8000/health | python -m json.tool

オフラインの偽装フリート（make dev-fleet と make run-dev、または一括実行の make test-e2e）では、Docker もネットワークも使わず、実際の Streamable-HTTP 上で偽装バックエンドに対して本物のルーターを実行できます。

ツール

このルーターは、連携するカタログをフラットな形では公開しません。モデルに表示されるのは次の 3 つです。

ツール	目的
search_tools	連携するカタログ全体を対象にした関連度検索
call_tool	<namespace>_<tool> 名で検索結果のツールを呼び出す
固定エントリーポイント	各バックエンドの入口となるツールを常時表示 — servers.yaml の各バックエンドの entrypoints: で宣言

search_tools(query="splicing prediction")   # → spliceai_predict_splicing (+ schema)
call_tool(name="spliceai_predict_splicing", arguments={...})

固定することで、関連度検索の偶然に頼らず、各ドメインの標準ツールに確実にアクセスできます。MCP クライアントが陥りやすい 2 つの落とし穴を含め、検出の仕組みをご覧ください。

Federated backends

22 backends, 285 tools, each surfaced namespaced — e.g. gnomad_search_genes.

Namespace	Domain	Data source	Tools	Repo
pubtator	Literature & entity annotation	PubTator3	35	pubtator-link
gnomad	Variant / gene / population frequency	gnomAD	22	gnomad-link
orphanet	Rare disease ontology & associations	Orphadata	19	orphanet-link
clingen	Gene–disease curation	ClinGen	17	clingen-link
hpo	Phenotype ontology & associations	Human Phenotype Ontology	17	hpo-link
mavedb	Variant-effect assay scores	MaveDB	15	mavedb-link
uniprot	Protein function	UniProt	15	uniprot-link
clinpgx	Pharmacogenomics / gene-drug guidelines	ClinPGx	13	clinpgx-link
genereviews	Gene–disease literature	GeneReviews	13	genereviews-link
mgi	Mouse phenotype & models	MGI	13	mgi-link
mondo	Disease ontology / cross-references	Mondo	13	mondo-link
gencc	Gene–disease curation	GenCC	12	gencc-link
metadome	Protein tolerance landscapes	MetaDome	11	metadome-link
stringdb	Protein–protein interaction networks	STRING	10	stringdb-link
gtex	Tissue expression	GTEx Portal	9	gtex-link
hgnc	Gene nomenclature	HGNC	9	hgnc-link
panelapp	Diagnostic gene panels & curation	PanelApp	9	panelapp-link
autopvs1	Variant ACMG PVS1	AutoPVS1	7	autopvs1-link
spliceai	Splicing prediction	SpliceAI Lookup	7	spliceailookup-link
vep	Variant annotation / consequence	Ensembl VEP	7	vep-link
clinvar	Variant clinical significance	ClinVar	6	clinvar-link
litvar	Variant literature	LitVar2	6	litvar-link

データと出典

ルーターは独自のデータを提供しません。各バックエンドがデータソース、ライセンス、引用に関するガイダンスを管理し、ルーターはそれらの免責事項を反映します。

ルーターが管理するのは、ツールサーフェスの完全性です。レビュー時には問題のないツールをバックエンドが提供していても、その後に定義を変更する可能性があり、これがラグプルの経路となります。ルーターは正規化されたすべてのツール定義のフィンガープリントを作成し、稼働中のフリートとレビュー済みのパッケージ化されたベースライン（genefoundry_router/data/fleet-baseline.json）との差分を、起動時および定期的に検出します。デプロイ → ドリフト検出を参照してください。

ドキュメント

• 設定と認証 — すべてのGF_*変数、OAuth/JWTリソースサーバーモード、起動時のガードについて説明します。
• デプロイ — コンテナーのリリース、ダイジェストの固定、ロールバック、ドリフト検出について説明します。
• ディスカバリーの仕組み — 検索サーフェス、エントリーポイントの固定、発見可能性の測定方法について説明します。
• 設計仕様 — アーキテクチャと、この設計を採用した理由について説明します。
• フリート標準 — Tool-Naming · Response-Envelope · MCP-Behaviour · Tool-Surface-Budget · Tool-Schema-Documentation · Container-Hardening · Versioning · README。

コントリビューション

エンジニアリング規約についてはAGENTS.mdを参照してください。make ci-localは完了条件のゲートです。フォーマット、リント、行数の上限、README標準、mypy、テストを確認します。

ライセンス

MIT © Bernt Popp。各フェデレーションバックエンドには、上流のデータソースのライセンスと引用条件が適用されます。各バックエンドのリポジトリを参照してください。