Bio-Agents MCP

Bio-Agents MCP

生物学データベースと自然言語でやり取りするためのマイクロサービスとクライアントのコレクションです。

コンポーネント

• LLM クライアント：Web UI とターミナルモードを備えた自然言語インターフェース
• PDB MCP サーバー：Protein Data Bank API サービス
• ChEMBL MCP サーバー：化学データベース API サービス

アーキテクチャ

┌─────────────┐     ┌──────────────┐
│   LLM UI    │     │  Ollama LLM  │
│  (Chainlit) │     │              │
└─────┬───────┘     └───────┬──────┘
      │                     │
┌─────┴─────────────────────┴──────┐
│           LLM Client             │
└─────┬─────────────────────┬──────┘
      │                     │
┌─────┴───────┐     ┌──────┴───────┐
│  PDB MCP    │     │  ChEMBL MCP  │
│   Server    │     │    Server    │
└─────────────┘     └──────────────┘

クイックスタート

1. 環境を設定します。

cp .env.example .env

2. サービスを起動します。

make build
make up

3. Web インターフェースを起動します。

make run-chainlit

http://localhost:8000 にアクセスして、生物学データのクエリを開始してください。

開発

• make help を使用すると、利用可能なコマンドを確認できます。
• 各サービスには、詳細なドキュメントを記載した独自の README があります。
• 設定ファイルは conf/ ディレクトリにあります。

説明

このプロジェクトには、FastMCP フレームワークを使用してさまざまなサービスや API と連携する複数のモジュールが含まれています。各モジュールは特定のタスクを実行するように設計されており、単独で実行することも、Docker Compose を使用してまとめて実行することもできます。このプロジェクトは主にバイオエージェントに重点を置き、Protein Data Bank（PDB）などの生物学データソースとやり取りするためのツールとサービスを提供します。

モジュール

LLM クライアント

llm-client モジュールは、クエリを処理し、利用可能なツールを活用するために、言語モデル（LLM）サーバーと連携するクライアントを提供します。FastMCP フレームワークを使用して構築されており、aiohttp による非同期処理をサポートしています。

詳細については、LLM クライアント README を参照してください。

Protein Data Bank

protein_data_bank_mcp モジュールは、Protein Data Bank（PDB）API と連携して、構造アセンブリの説明、化学成分、drugbank アノテーション、分岐エンティティ、非ポリマーエンティティ、ポリマーエンティティ、uniprot アノテーション、構造、pubmed アノテーション、pdb クラスターデータの集約、集約グループの来歴、pdb クラスターデータの集約方法、およびペアワイズポリマー界面の説明を取得するサーバーを提供します。FastMCP フレームワークを使用して構築されており、aiohttp による非同期処理をサポートしています。

詳細については、Protein Data Bank README を参照してください。

Docker

各モジュールの Docker イメージをビルドするための Dockerfile が用意されています。

• Docker イメージをビルドする：

  docker build -t <module-name> .
  

• Docker コンテナを実行する：

  docker run --env-file .env <module-name>
  

Docker Compose

すべてのサービスをまとめて実行するための docker-compose.yml ファイルが用意されています。

• すべてのサービスを起動する：

  docker-compose up -d
  

• すべてのサービスを停止する：

  docker-compose down
  

Makefile

一般的なタスクを簡単に実行するための Makefile が用意されています。

• 利用可能なターゲット：
  • setup-env：初期環境をセットアップします。
  • build：すべての Docker イメージをビルドします。
  • up：docker-compose を使用してすべてのサービスを起動します。
  • down：docker-compose を使用してすべてのサービスを停止します。
  • restart：docker-compose を使用してすべてのサービスを再起動します。