Bio-OS MCP Server

Bio-OS MCP サーバー

ワークフロー管理と Docker イメージのビルド機能を提供する、Bio-OS 向けの Model Context Protocol（MCP）ベースのツールおよびプロンプトサーバーです。

使用方法

この MCP ツールを利用するには、VSCode の CLINE 拡張機能を使用することをおすすめします。デプロイ方法は、ローカルマシンへのスタンドアロンインストールと、Miracle Cloud IES インスタンスで Code Server を使用する方法の 2 つです。ニーズに最も合った方法を選択してください。

ローカルインストール（ローカルの VSCode から MCP を使用）

前提条件

Bio-OS MCP サーバーには、以下の依存関係が必要です。

1. uv（Python パッケージマネージャー）をインストールします：

pip install uv

2. Cromwell（ワークフロー実行エンジン）をインストールします：

brew install cromwell

インストール

Bio-OS MCP サーバーのリポジトリをクローンします：

git clone https://github.com/GBA-BI/bioos-mcp-server.git

設定

CLINE の MCP 設定で Bio-OS MCP サーバーのスクリプトパスを設定します。プレースホルダーをインストール先の絶対パスに置き換えてください：

{
  "mcpServers": {
    "bioos": {
      "command": "path/to/uv",
      "args": [
        "--directory",
        "path/to/bioos-mcp-server",
        "run",
        "path/to/bioos-mcp-server/src/bioos_mcp/bioos_mcp_server.py"
      ],
      "env": {
        "PYTHONPATH": "path/to/bioos-mcp-server/src",
        "MIRACLE_ACCESS_KEY": "xxxxxxxxxxxx",
        "MIRACLE_SECRET_KEY": "xxxxxxxxxxxx"
      }
    }
  }
} 

以下に示す手順に従って設定します。ステータスが緑色になれば、Bio-OS MCP サーバーを使用できます。接続が不安定な場合は、「Retry Connection」をクリックしてください：

CLINE はまだ MCP プロンプトに対応していないため、最適な使用体験を得るには、bioos-mcp-prompt.md の内容を CLINE のカスタム指示にコピーしてください：

設定が完了したら、Bio-OS MCP サーバーを使用した開発を開始できます。

クラウドインストール（Miracle Cloud の Code Server から MCP を使用）

Miracle Cloud のユーザー向けに、Bio-OS MCP サーバーのすべての依存関係が含まれた設定済み Docker イメージを用意しています。以下の手順に従ってください。

1. 次のイメージを使用して IES インスタンスを起動します：registry-vpc.miracle.ac.cn/infcprelease/iespro:250217
2. 「Open with VSCode」を選択し、開発環境にアクセスします：

Code Server での設定

1. 左側のサイドバーにある CLINE アイコンをクリックし、LLM モデルの認証情報を設定します：

2. CLINE の MCP 設定ページに移動し、Bio-OS MCP サーバーが正しく接続されていることを確認します。必要に応じて「Retry Connection」を使用してください：

設定が完了すると、Bio-OS MCP サーバーを使用した開発を開始できます。

機能

1. ワークフロー管理

• ワークフローの送信と監視
• WDL ワークフローのアップロード
• WDL スクリプトの検証
• 入力ファイルのテンプレート生成

2. Docker イメージ管理

• Docker イメージのビルド
• ビルドステータスの確認
• ビルドの進行状況の監視
• ビルドログの取得

API リファレンス

ツール

1. submit_workflow

   • 機能：Bio-OS ワークフローを送信します
   • パラメーター：
     • ak：アクセスキー
     • sk：シークレットキー
     • workspace_name：ワークスペース名
     • workflow_name：ワークフロー名
     • input_json：入力 JSON ファイルのパス

2. import_workflow

   • 機能：WDL ワークフローを Bio-OS システムにアップロードします
   • パラメーター：
     • ak：アクセスキー
     • sk：シークレットキー
     • workspace_name：ワークスペース名
     • workflow_name：ワークフロー名
     • workflow_source：WDL ファイルのパス
     • workflow_desc：ワークフローの説明

3. validate_wdl

   • 機能：WDL ワークフロースクリプトを検証します
   • パラメーター：
     • wdl_path：WDL ファイルのパス

4. generate_inputs

   • 機能：WDL 入力ファイルのテンプレートを生成します
   • パラメーター：
     • wdl_path：WDL ファイルのパス

5. build_docker_image

   • 機能：Docker イメージをビルドします
   • パラメーター：
     • registry：イメージレジストリのアドレス
     • namespace_name：名前空間
     • repo_name：リポジトリ名
     • tag：バージョンタグ
     • source_path：Dockerfile またはアーカイブのパス

6. check_build_status

   • 機能：Docker イメージのビルドステータスを確認します
   • パラメーター：
     • task_id：ビルドタスク ID

プロンプト（Cline ではまだサポートされていません）

1. wdl_development_workflow_prompt

   • 機能：WDL ワークフロー開発の完全なガイダンスを生成します
   • 内容：
     • WDL スクリプトの開発手順
     • タスク構造のガイドライン
     • ランタイム構成の要件
     • Docker イメージの準備ガイド

2. wdl_runtime_prompt

   • 機能：WDL ランタイム構成のテンプレートを生成します
   • 内容：
     • 必須の Docker イメージ構成
     • メモリ設定（デフォルト：8 GB）
     • ディスク設定（デフォルト：20 GB）
     • CPU 設定（デフォルト：4）

3. workflow_input_prompt

   • 機能：ワークフロー入力の準備ガイドを生成します
   • 内容：
     • 入力ファイルの準備手順
     • パラメーター検証のガイドライン
     • ファイルパスの要件

4. workflow_submission_prompt

   • 機能：ワークフロー送信のテンプレートを生成します
   • 内容：
     • 必要な認証情報（ak/sk）
     • ワークスペースの構成
     • 入力ファイルの要件

5. docker_build_prompt

   • 機能：Docker ビルドプロセスのガイドを生成します
   • 内容：
     • Dockerfile の生成手順
     • ビルド構成の要件
     • イメージレジストリの設定
     • ビルドステータスの監視ガイド

注：現在、Cline 環境ではプロンプトはサポートされていません。これらのプロンプトは、MCP サーバーを直接使用する場合、または Claude Desktop 経由で使用する場合にのみ利用できます。

✅ MCPHub 認定済み

このサーバーは MCPHub によって正式に認定されています。MCPHub のプロフィールページで認定状況をご確認ください。

コントリビューション

Issue とプルリクエストを歓迎します。

ライセンス

MIT ライセンス