MDEngine

MDEngine

ForceField Silicon 提供

Claude やその他のエージェント向けに、LAMMPS MCP サーバーを備えた分子動力学ワークベンチです。ネイティブの macOS Metal トラジェクトリービューアー、コマンドラインツール、トラジェクトリーを検査し、LAMMPS シミュレーションを 切り離されたバックグラウンドジョブとして実行する MCP サーバーを提供します。ホスト型プランでは同じジョブを GPU 上で実行します。Claude がデッキを api.forcefieldsilicon.com の分子動力学 MCP サーバーに送信すると、 インストール不要で結果が返ってきます。

まずはこちら

• Claude Code：claude mcp add --transport http mdengine-cloud https://api.forcefieldsilicon.com/mcp
• claude.ai：URL https://api.forcefieldsilicon.com/mcp を使ってカスタムコネクターを追加します
• Claude Desktop：GitHub リリースから .mcpb バンドルをインストールします
• キーには https://forcefieldsilicon.com/mdengine でクレジットパックが付属します
• 鉱物処理とタンパク質作業向けのキャンペーンガイド：https://github.com/forcefieldsilicon/mdengine-plugins

ステータス：0.7.1 をリリースしました。 署名・公証済みの macOS アプリ、コマンドライン ツール、Claude Desktop バンドル、ホスト型 GPU プランを提供しています。リリースノート：https://github.com/forcefieldsilicon/mdengine/releases

構成

製品	内容
MDEngine.app	Metal ビューアー — カメラの回転／パン／ズーム、20%／5%の目盛り付きトラジェクトリータイムライン、CPK 元素カラー、XYZ／extended-XYZ、ライブ設定
mdengine-cli	トラジェクトリーとデッキに対する info／export／decimate／run
mdengine-mcp	MCP stdio サーバー — トラジェクトリーツールと、切り離して実行する LAMMPS ジョブランナー（submit_lammps／job_status／job_log／list_jobs／cancel_job）

ビルド

macOS 14 以降と Xcode コマンドラインツールが必要です。LAMMPS（brew install lammps） が必要なのは run／submit_lammps の実行時のみです。

swift build -c release            # all three products
./scripts/make_app.sh             # assemble + install /Applications/MDEngine.app

同梱の例

例	内容
lj_melt.xyz／lj_melt.in	レナード・ジョーンズ・アルゴンの融解 — 最小限のスモークテスト
fe_oxidation.xyz／fe_oxidation.in	ReaxFF による鉄の酸化：bcc Fe スラブと O₂ ガスの接触。LAMMPS 配布物の ffield.reax.Fe_O_C_H を使用します

トラジェクトリーリーダーは書き込み中のダンプファイルも安全に読み取れます。実行中の シミュレーションが書き込みを続けているファイルも、完成したフレームまで解析されるため、 実行途中でも確認できます。有限でない（NaN／inf）座標を含む行は破棄されます。

どちらのデッキも mdengine run および submit_lammps にそのまま入力できます。 力場名のみを指定した場合は自動的に解決されます。$LAMMPS_POTENTIALS が設定されていない場合、 MDEngine が LAMMPS のインストール先からその値を導き出します。

MCP サーバー

mdengine-mcp は依存関係のない MCP stdio サーバーで、MCP Registry に com.forcefieldsilicon/mdengine（このリポジトリ内の server.json）として登録されています。各リリースには署名済みの macOS MCP Bundle （mdengine-mcp-<version>-macos-arm64.mcpb）が含まれています。ダブルクリックすると Claude Desktop にインストールできます。または、展開（mcpb unpack）すれば、ほかのクライアントでも使用できます。ソースからビルドした場合は、Claude Code に登録します。

claude mcp add mdengine /path/to/.build/release/mdengine-mcp

または、Claude Desktop の claude_desktop_config.json に登録します。

{ "mcpServers": { "mdengine": { "command": "/path/to/.build/release/mdengine-mcp" } } }

ツール	機能
trajectory_info	フレーム数、原子数、原子ごとのフィールド、元素、バウンディングボックス、電荷範囲
z_profile	堆積／酸化の深さ分析：基板表面の平面、プローブの侵入深度（最小／平均／最大）、表面上および飛行中の数、結合したプローブの電荷、z ヒストグラム
render_video	Trajectory → MP4（H.264）または Metal レンダラーによるアニメーション GIF：カメラアングル、ストライド、シネマティックなオービット、焼き込み済みのスケールバー／フレーム注釈、元素ごとの colors／sizes、自動可視化する style: "contrast"
render_image	1 フレーム → 同じカメラ／スタイルオプションによる PNG。エージェントがシミュレーションの状態を視覚的に確認できます
export_frame	1 フレーム → XYZ。charges: true を指定すると、q 列を含む extended-XYZ になります
decimate	N フレームごとに保持します（最終フレームは常に保持されます）
submit_lammps	デタッチされた LAMMPS ジョブ：サーバーの終了後やマシンのディスプレイがスリープ状態になった後（caffeinate）も実行を継続し、終了コードは無人で記録されます
job_status / job_log	状態と、ライブの thermo テール／ログの生テール
job_files	完了したジョブの出力（実行ディレクトリと管理ディレクトリ）を特定します
list_jobs / cancel_job	~/.mdengine/jobs/ 内のレジストリ／実行中のジョブに SIGTERM を送信（状態は cancelled になります）
list_hosts	~/.mdengine/hosts.json の実行ホストと、デフォルトのホスト
fetch_job	リモートジョブの実行ディレクトリ（ダンプ、データ）とログを、ローカルのジョブディレクトリ内の results/ に取得します
run_lammps	短いテスト専用の同期実行
buy_credits	ホスト型 GPU キーにクレジットを追加するためのページを開きます

MCP 経由のホスト型 GPU ティア（インストール不要）

同じジョブを、Claude Code、Claude.ai のカスタムコネクタ、Cursor、Goose など、HTTP に対応したあらゆる MCP クライアントから、ホスト型エンドポイントの Streamable HTTP サーバーを介して実行できます。

claude mcp add --transport http mdengine-cloud https://api.forcefieldsilicon.com/mcp

クライアントから求められたらサインインします（OAuth 2.1：API キーを一度貼り付ける同意ページが表示されます。クライアントはトークンを保持し、キーはユーザー自身が管理します）。スクリプトで使用するクライアントでは、代わりに --header "Authorization: Bearer mde_YOUR_KEY" としてキーを直接送信することもできます。キーにはプリペイドのクレジットパックが付属します（forcefieldsilicon.com/mdengine）。initialize と tools/list はサインインしなくても動作します。認証情報なしでツールを呼び出すと、OAuth Windows と Linux。 どちらの環境でも、サポート対象の方法はホスト型ティアで、すべての機能を備えた有料製品です。以下のすべてのツールは、Mac と同じように Windows 上の Claude Code から利用できます。PowerShell では、サーバーをどのフォルダーでも使えるように、ユーザースコープで登録してから一度サインインします。

claude mcp add --scope user --transport http mdengine-cloud https://api.forcefieldsilicon.com/mcp

claude を起動し、/mcp と入力して mdengine-cloud を選び、Authenticate を選択します。その後、ブラウザーの同意ページにキーを貼り付けます（チャットには絶対に貼り付けないでください）。Windows で作成したデッキ（CRLF 改行）は、そのまま受け付けられます。現時点では、ローカルビューアー、レンダラー、CPU ジョブランナーは macOS 専用です。Windows／Linux のローカルビルドは計画中で、需要に応じて優先順位を決めます。必要な場合はお知らせください。 クライアントにサインインを促すためのディスカバリーポインターです。ツール：account、capabilities、preflight_deck、submit_job（デッキをインラインで送信、最大 8 MB）、 create_job + start_job（署名付き PUT を使って大きなデッキを送信）、job_status、job_log、 job_results、list_jobs、delete_results、cancel_job（12 個のツール）。ディスカバリーカード： https://api.forcefieldsilicon.com/.well-known/mcp/server-card.json。ホステッドサービス（エンドポイント、課金、GPU ランチャー）は ForceField Silicon が運用しており、その ソースはこのリポジトリには含まれていません。サービスのクライアント側（HostedClient、CLI の run --gpu、 MCP の host=cloud）は、ほかのすべてのコードと同じライセンスのもと、ここに含まれています。

費用をかける前の事前チェック（GJOB-118）。 GET /v1/capabilities は、ホステッドイメージの LAMMPS のバージョン、パッケージ、および gpu フラグ付きのすべてのスタイルを公開します。true は KOKKOS による高速化、false はそのスタイルが存在するものの、GPU 料金でポッドの CPU コア上で実行されることを示します。すべてのクライアントはまずデッキを照合します。 mdengine capabilities deck.in、アプリの Run Accelerated、submit_lammps host=cloud、ホステッド版の submit_job は、イメージにないスタイルを使うデッキを拒否します（LAMMPS が起動時に終了します）。また、ペアスタイルに /kk バリアントがない場合は警告します（実行時に GPU が使われません）。--force / force=true で上書きできます。サーバーは助言のみを行い（開始レスポンスの preflight）、実行を拒否することはありません。

ホステッドコネクターのトラブルシューティング：

症状	原因 / 対処法
クライアントに認証が必要だと表示される / 401	クライアントのサインイン（OAuth）を使用し、同意ページで mde_… キーを貼り付けるか、ヘッダー Authorization: Bearer mde_… を追加してください。キーは購入時に発行され、一度だけ表示されます。
同意ページにキーが認識されないと表示される	キーは mde_ + 32 桁の 16 進数です。失効したキーは使えません。mdengine account を実行すると、保存済みキーの残高が表示されます。
"insufficient balance"	forcefieldsilicon.com/mdengine でチャージしてください。ジョブの送信には、GPU 料金で少なくとも 15 分間実行できるクレジットが必要です。
"gpu_runners_open_soon" (503)	ランナーは一時的に停止しています。クレジットは失われません。
HTTP 429	1 つの IP アドレスからキーなしで送信できるリクエスト数が多すぎます。キーを追加するか、リクエスト間隔を空けてください。
job_results に結果を利用できないと表示される	delete_results によってファイルが削除された、実行で結果が生成されなかった、または 30 日後の削除処理が実行されました。
ジョブが runner_error / lammps_error で failed になる	デッキ自体の実行に失敗しています。job_results（結果がある場合）または job_log に LAMMPS のエラーテキストが記録されています。
ジョブが pod_lost / no_capacity / launch_timeout / gpu_unavailable で failed になる	インフラストラクチャの問題です（ポッドの停止、GPU 在庫切れ、起動しなかったポッド、またはホストからポッドに CUDA デバイスが割り当てられなかった状態）。課金はされず、自動的に 1 回再起動されます。それでも失敗する場合は、再送信してください。

ジョブはデッキ固有のディレクトリで実行され（相対パスの read_data が機能します）、-sf omp -pk omp N を指定して起動するため、OPENMP パッケージが実際に使用されます。 $LAMMPS_POTENTIALS が未設定の場合は、LAMMPS のインストール先をもとに設定されます。

リモートホスト（お使いの Linux / GPU マシンで実行）

ジョブランナーは、同じツールコントラクトを使って別のマシンで実行できます。 ホストを ~/.mdengine/hosts.json で宣言し、submit_lammps に host を渡してください （または default を設定してください）。デッキのディレクトリが rsync で転送され（軌跡データ、 チェックポイント、ログは除外）、LAMMPS は nohup で起動し、終了コードはリモート側に記録されます。 job_status / job_log / job_files / cancel_job は変更なしで使えます。fetch_job で結果を取得すると、 trajectory_info、z_profile、レンダラーを利用できます。

{
  "default": "gpu1",
  "hosts": {
    "gpu1": {
      "ssh": "[email protected]",
      "workdir": "~/mdengine-jobs",
      "lmp": "/usr/local/bin/lmp",
      "threads": 8,
      "launch": "{lmp} -in {input} -k on g 1 -sf kk -pk kokkos newton on neigh half -log {log}"
    }
  }
}

ssh には ssh が受け付ける任意の方式を使用できます（鍵ベース、非対話型）。lmp は 絶対パスで指定する必要があります（ssh 経由ではログイン PATH を利用できません）。launch は省略可能です。 デフォルトでは OpenMP 形式が使われ、GPU ホストとは、テンプレートに KOKKOS フラグが含まれているホストのことです。リモートデッキは、デッキ固有の ディレクトリ内で完結している必要があります。リモートマシンでも、ローカル実行と同じ信頼モデルが適用されます。

プラットフォームと制限

macOS 14 以降（Apple Silicon または Intel）。軌跡データは全体をメモリに読み込みます。 そのため、2 GB を超えるファイルは、先に間引くか分割するよう案内して拒否されます。

セキュリティに関する注意

LAMMPS の入力を実行すると、デッキに記述された内容がそのまま実行されます。 LAMMPS のデッキはデータではなくプログラムです。任意のシェルコマンドを呼び出すことができます（LAMMPS には文字どおり shell コマンドがあります）。他人から受け取ったデッキは、シェルスクリプトと同じように扱い、実行する前に内容を確認してください。

これは MCP サーバーにも二重に当てはまります。mdengine-mcp に接続した AI エージェントはデッキを送信でき、送信されたデッキはこのマシン上でユーザーの全権限を使って実行されます。 これは、ローカルのあらゆる開発ツールと同じ信頼モデルです（make を実行できるエージェントは、何でも実行できます）。ただし、ジョブランナーに渡すデッキとエージェントは慎重に選んでください。将来のホステッドプランで、信頼できないデッキを安全に実行するには、サンドボックスでの実行（コンテナ、ネットワークなし、リソース制限）が必要です。ローカルサーバーはサンドボックス化されていません。

プライバシー

ローカルツールは情報を収集しません。ホステッド GPU プランについても記載している PRIVACY.md をご覧ください。

ライセンス

Business Source License 1.1（BUSL-1.1）、© 2026 Gitinama Inc.（ForceField Silicon）。LICENSE をご覧ください。

要約すると、MDEngine は読み取り、コピー、変更、再配布が可能です。また、ご自身のマシンまたはレンタルしたマシン上で、ご自身の研究、エンジニアリング、商用業務に本番利用できます。ライセンスで制限されているのは、MDEngine 自体、またはその価値の主な部分が MDEngine に由来するサービスを、ホステッド、マネージド、または組み込み型サービスとして第三者に提供することです。各バージョンは、初回公開から 4 年後に Mozilla Public License 2.0 に切り替わります。バージョン 0.7.0 以前は MIT ライセンスで公開されており、今後も MIT ライセンスのままです。その他の契約については、[email protected] までお問い合わせください。