Cytoscape Desktop MCP

Cytoscape MCP サーバー

Model Context Protocol（MCP） サーバーを Cytoscape Desktop に組み込み、Cytoscape アプリとしてパッケージ化しています。Claude Desktop などの AI クライアントは HTTP 経由で Cytoscape に接続し、ネットワークの読み込みやアクティブビューの設定など、デスクトップアプリを直接制御するツールを呼び出します。

注記： このアプリは実験的なものです。インターフェースと利用可能なツールは変更される場合があります。

アーキテクチャ

動作の仕組み

インストールすると、このアプリは Cytoscape 既存の CyREST HTTP サーバー内に MCP エンドポイントを公開します。AI クライアントは Streamable HTTP トランスポートを使用して MCP エンドポイントに接続し、Cytoscape デスクトップの表示上の操作を実行する MCP ツールを呼び出します。

このアプリは、Cytoscape Desktop の UI に視覚的なインジケーターを 2 つ追加します。

MCP ツールバーボタン

ステータスバー左下に、太字の MCP ボタンが表示されます。MCP サーバーの実行中はラベルが緑色、実行されていない場合は赤色になります。クリックするとエージェント設定ダイアログが開き、すべての対応エージェント向けの完全な MCP URL と接続手順が表示されます。

タスク履歴の項目

すべての MCP ツール呼び出しは、Cytoscape のタスク履歴パネル（表示 > タスク履歴を表示）に記録されるため、エージェントがどのツールをいつ呼び出したかを正確に確認できます。

AI Agent──► HTTP──► http://localhost:{rest.port}/mcp ──► Cytoscape Desktop
                                                               └── load network from NDEx or file
                                                               └── get loaded network views
                                                               └── set current network view
                                                               └── create network view

要件

• Cytoscape 3.10 以降
• インターネット接続（NDEx からネットワークを読み込む場合）
• Streamable HTTP トランスポートに対応する MCP 互換の AI クライアント（SSE は含みません。SSE は2025 年 2 月時点で非推奨です）（例：Claude Desktop）

試してみましょう！

Cytoscape App Store からインストールする（推奨）

App Store から Cytoscape MCP Server をインストールしてください。これは MCP サーバー本体であり、このページに記載されているほかのすべての機能は、インストールして実行することを前提としています。

• https://apps.cytoscape.org/apps/cytoscapemcpserver

または Cytoscape 内で、Apps > App Manager に移動し、Cytoscape MCP Server を検索してインストールします。

JAR を手動でインストールする

または、アプリの JAR を入手します。

• Releases ページから最新の cytoscape-mcp-<VERSION>.jar をダウンロードします。
• または、ソースからビルドして JAR を作成します。

次に：

1. Cytoscape Desktop を開きます。
2. Apps > App Manager > Install from File に移動します。
3. MCP App JAR のファイルパスを選択し、再起動を求められた場合は Cytoscape を再起動します。

起動後、ステータスバーの MCP ボタンから MCP の状態を確認できます。

エージェントを Cytoscape Desktop MCP に接続する

Claude Desktop、Claude Code、GitHub Copilot（VS Code）、GitHub Copilot CLI、OpenAI Codex CLI の設定手順については、docs/AgentConfiguration.md を参照してください。

Cytoscape Desktop MCP の診断

• 多くのエージェントには /mcp コマンドまたは UI 設定パネルがあり、MCP サーバーへの接続状態と、このサーバーが現在公開しているツールの一覧を確認できます。「connected」と表示されているか確認してください。
• MCP のヘルスエンドポイントを確認します。

  curl http://localhost:{rest.port}/mcp/health
  

  {rest.port} を Cytoscape の CyREST ポート（エージェント設定ダイアログに表示）に置き換えてください。{"status":"ok","transport":"mcp-streamable-http"} が表示されます。「connection refused」エラーが表示される場合、Cytoscape が実行されていないか、ポートが正しくありません。
• Cytoscape Desktop MCP サーバー（http://localhost:{rest.port}/mcp）に対して外部 MCP イントロスペクションツールを使用し、現在のツールカタログを検証または表示します。modelcontextprotocol/inspector

ソースからのビルド

リリース JAR を使用せずに、ソースからアプリの JAR を直接ビルドする場合は、次の手順に従ってください。

必要条件：

• Java 17 と JDK
• Git
• Make

git clone https://github.com/cytoscape/cytoscape-desktop-mcp
cd cytoscape-desktop-mcp
make install

JAR は build/libs/cytoscape-mcp-<VERSION>.jar に生成されます。

ビルドターゲットの一覧については、次を参照してください。

make help

リリースタグ

このリポジトリからは、別々のタグ名前空間で 2 つのコンポーネントがリリースされます。

コンポーネント	タグ	生成物
Cytoscape App（MCP サーバー）	vX.Y.Z	cytoscape-mcp-<VERSION>.jar と、便宜上の .mcpb コピー
MCPB bridge（claude-extension/）	mcpb-vX.Y.Z	cytoscape-mcp.mcpb。npm および MCP Registry に公開

ブリッジは、アプリとは独立したバージョン管理を行います。ブリッジは明確に独立した成果物であり、エージェントによっては使用される stdio-to-http トランスポートブリッジを提供するため、ソースツリーも別になっています。リリース手順については、 registry/README.md を参照してください。

Cytoscape Desktop MCP ツールカタログ

MCP サーバーは、サーバーに登録されているすべてのツールについて、人が読みやすいカタログを提供します。各ツールの入力と出力に関する MCP Protocol の JSON スキーマ定義をすべて含む Markdown 形式です。カタログは、次の複数の方法で取得できます。

• アプリが Desktop に読み込まれている場合、実行時に MCP サーバーが <CyRest Url>/mcp/manifest エンドポイントを公開します。ブラウザーまたはコマンドラインから取得できます。

curl http://localhost:{rest.port}/mcp/manifest

• ローカルでビルドを行うと、make build によって、現在のコードに基づく MCP マニフェストが build/generated/manifest/MCPManifest.md に静的ファイルとして生成され、同様に確認できます。
• カタログの静的コピーは、リポジトリ内の MCPManifest.md にも保存されています。

エージェントのプロンプトから Cytoscape Desktop MCP ツールを有効にする：

ツールを呼び出すには、LLM がツールの使用を選択するきっかけとなるキーワードやフレーズを提示するための、プロンプトエンジニアリングが必要です。ツールの説明には、LLM による起動のきっかけとなるプロンプト例が 3～4 個ずつ含まれています。MCPManifest.md を参照してください。

• 使用可能なツール全体について LLM に推論させ、要求された結果に到達するための一連の構成要素として、その使用を調整させるシンプルなプロンプトの例：

   > open a network using cytoscape desktop
  

Cytoscape Desktop MCP 設定プロパティ

プロパティは、実行時に Edit > Preferences > Properties > cytoscapemcp から編集できます。

プロパティ	デフォルト	説明
mcp.ndexbaseurl	https://www.ndexbio.org	NDEx のベース URL（即時反映）

ドキュメント

ドキュメント一式は docs/ ディレクトリにあります。

• エージェントの設定 — Claude Desktop、Claude Code、GitHub Copilot、Codex CLI などへの接続
• ユーザーマニュアル — 設定のリファレンスと使用可能なツール
• チュートリアル — インストール、接続、ネットワークの読み込みまでを順を追って説明
• FAQ — よくある質問とトラブルシューティング

著作権およびライセンス

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