decoupler-MCP

decoupler-MCP

MCP を通じて decoupler を利用し、自然言語で scRNA-Seq を解析するためのインターフェースです。

🪩 できること

• scRNA-Seq データの読み込みや書き込みなどの IO モジュール
• パスウェイ活性／転写因子の推定
• クラスタリングや差次的発現などのツールモジュール
• バイオリンプロット、UMAP／t-SNE などのプロットモジュール

❓ 対象ユーザー

• 自然言語で scRNA-Seq 解析を行いたい方
• アプリケーションで decoupler の関数を呼び出したいエージェント開発者

🌐 利用できる場所

MCP に対応したほとんどの AI クライアント、プラグイン、エージェントフレームワークで decoupler-mcp を利用できます。

• Cherry Studio などの AI クライアント
• Cline などのプラグイン
• Agno などのエージェントフレームワーク

🎬 デモ

decoupler-mcp を使って、AI クライアントの Cherry Studio で自然言語による scRNA-Seq の細胞クラスター解析を行うデモです。

📚 ドキュメント

scmcphub の完全なドキュメントは https://docs.scmcphub.org でご覧いただけます。

🏎️ クイックスタート

インストール

PyPI からインストールします

pip install decoupler-mcp

次のコマンドを実行してテストできます

decoupler-mcp run

decoupler-mcp をローカルで実行する

MCP クライアントで次の設定を参照してください。

パスを確認します

$ which decoupler 
/home/test/bin/decoupler-mcp

"mcpServers": {
  "decoupler-mcp": {
    "command": "/home/test/bin/decoupler-mcp",
    "args": [
      "run"
    ]
  }
}

decoupler-server をリモートで実行する

MCP クライアントで次の設定を参照してください。

サーバー上で実行します

decoupler-mcp run --transport shttp --port 8000

次のように、ローカルの AI クライアントで MCP クライアントを設定します。

"mcpServers": {
  "decoupler-mcp": {
    "url": "http://localhost:8000/mcp"
  }
}

🤝 コントリビューション

ご質問がある場合は、issue を送信するか、私（[email protected]）までご連絡ください。コードへの貢献も歓迎します。

引用

研究で decoupler-mcp を使用する場合は、次の文献を引用してください。

Badia-i-Mompel P., Vélez Santiago J., Braunger J., Geiss C., Dimitrov D., Müller-Dott S., Taus P., Dugourd A., Holland C.H., Ramirez Flores R.O. and Saez-Rodriguez J. 2022. decoupleR: ensemble of computational methods to infer biological activities from omics data. Bioinformatics Advances. https://doi.org/10.1093/bioadv/vbac016