DECIMER MCP Server

DecimerMCPServer

mcp-name: io.github.DocMinus/decimer-mcp-server

DECIMER の画像から SMILES への変換機能をツール呼び出しとして公開する MCP サーバーです。

このプロジェクトは、既存の FastAPI サービスである DecimerServerAPI の薄いアダプターです。 DECIMER モデルを直接実行することはありません。 アダプターはデフォルトで JSON リクエストを送信し、互換性のためにフォーム形式のペイロードへ自動的にフォールバックします。

ツール

• server_health：DECIMER FastAPI サーバーに接続できるか確認します。
• analyze_chemical_image：Base64 エンコードされた画像を /image2smiles/ に送信し、構造化された出力を返します。

要件

• Python 3.10+
• 起動中の DECIMER API サーバー（デフォルト：http://localhost:8099）

次のいずれかのバージョンを参照してください。

• GitHub：https://github.com/DocMinus/DecimerServerAPI
• Dockerhub：https://hub.docker.com/r/docminus/decimer_api

インストール

cd /Users/a/dev/DecimerMCPServer
uv venv
uv sync

設定

.env.example の値を環境にコピーします。

• DECIMER_API_BASE_URL（デフォルト http://localhost:8099）
• DECIMER_API_TIMEOUT_SECONDS（デフォルト 60）
• DECIMER_MAX_IMAGE_BYTES（デフォルト 10000000）
• DECIMER_MCP_LOG_LEVEL（デフォルト INFO）

実行（stdio トランスポート）

uv run decimer-mcp-server

または

uv run python -m decimer_mcp_server

MCP クライアント設定の例

{
  "mcpServers": {
    "decimer": {
      "command": "uv",
      "args": ["run", "python", "-m", "decimer_mcp_server"],
      "env": {
        "DECIMER_API_BASE_URL": "http://localhost:8099"
      }
    }
  }
}

出力形式

analyze_chemical_image は次の値を返します。

{
  "ok": true,
  "smiles": "CCO",
  "reason": null,
  "api_status_code": 200,
  "api_message": null,
  "classifier_score": 0.0000012,
  "classifier_threshold": 0.3,
  "classifier_decision": "structure_like"
}

API 分類器の動作により SMILES が返されない場合：

{
  "ok": true,
  "smiles": null,
  "reason": "not_chemical_structure",
  "api_status_code": 200,
  "api_message": "No SMILES returned by API",
  "classifier_score": 0.99999,
  "classifier_threshold": 0.3,
  "classifier_decision": "not_structure_like"
}

開発テスト

uv sync --extra dev
uv run pytest

Make のターゲット：

make sync
make test

スモークテスト用ヘルパー

DECIMER API に対して、ヘルスチェックを 1 回、推論呼び出しを 1 回実行します。

cd /Users/a/dev/DecimerMCPServer
DECIMER_API_BASE_URL=http://chitchat:8099 uv run decimer-mcp-smoke-test --image /Users/a/dev/DecimerServerAPI/example_usage/structure.png

設定を .env に保存している場合は、次のコマンドで読み込みます。

uv run --env-file .env decimer-mcp-smoke-test --image /Users/a/dev/DecimerServerAPI/example_usage/structure.png

または make を使用します。

make smoke

必要に応じて画像のパスを上書きします。

make smoke SMOKE_IMAGE=/absolute/path/to/image.png

## MCP Registry publishing

Tags matching `v*` trigger `.github/workflows/publish-mcp.yml`.

Workflow steps:
- installs `mcp-publisher`
- validates `server.json`
- calls registry publish using secret `MCP_REGISTRY_TOKEN`
- publishes slug `io.github.DocMinus/decimer-mcp-server` (case sensitive; must match registry grant)

Before tagging:
1. Update `pyproject.toml` + `server.json` versions
2. Ensure `server.json` stays valid (`uv pip install jsonschema && python validate snippet from AGENTS.md`)
3. Add GitHub repo secret `MCP_REGISTRY_TOKEN` (GitHub PAT with `repo`, `workflow` scopes)

Release flow:
```bash
git tag v0.1.1
git push origin v0.1.1

Actions タブを確認してください。公開に失敗した場合は、問題を修正してからワークフローのディスパッチを使って再実行してください。

## Contribution
This project was built by DocMinus with AI-assisted coding support (OpenCode/Copilot-style tooling), then reviewed and tested by the author.

## AI usage policy

- AI assistance was used for scaffolding, implementation drafts, and documentation edits.
- Final technical decisions, validation runs, and acceptance were performed by the maintainer.
- Runtime behavior should be validated with local tests (`make test`) and smoke tests (`make smoke`) before release.