Encode Toolkit

ENCODE Toolkit — Claude 向けゲノミクス研究インフラストラクチャ

ENCODEを検索し、14のデータベースを相互参照し、7つの解析パイプラインを実行して、論文投稿に使える方法を生成できます。これらすべてをClaude Codeで自然言語から実行できます。

ENCODEを起点に、幅広い解析を実行できます。ヒストンピークを発見し、GWASバリアントと相互参照し、ClinVarの病原性を確認し、GTExの発現データを取得し、JASPARのTF結合モチーフを解析し、パイプラインを実行して、完全な来歴情報付きで論文投稿に使える方法を生成できます。すべてを1回の会話で実行できます。

引用に関する注意

ENCODE-Toolkit を使用する場合は、以下を引用してください。

Alex M. Mawla. (2026). ENCODE-Toolkit: an MCP server, Claude plugin, and skills suite for ENCODE genomic data access and analysis. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.18917511

BibTeX

@software{mawla_2026_encode_toolkit,
  author  = {Mawla, Alex M.},
  title   = {ENCODE-Toolkit: an MCP server, Claude plugin, and skills suite for ENCODE genomic data access and analysis},
  year    = {2026},
  publisher = {Zenodo},
  doi     = {10.5281/zenodo.18917511},
  url     = {https://doi.org/10.5281/zenodo.18917511}
}

クイックスタート

Claude Code プラグイン（推奨）

新しいClaude Codeセッションを開始して、次を入力してください。

/plugin marketplace add ammawla/encode-toolkit

/plugin install encode-toolkit

これで完了です。20個すべてのツール、47個のスキル、MCPコネクターが利用可能になります。

claude mcp add encode -- uvx encode-toolkit

npx encode-toolkit

pip install encode-toolkit

その後、任意の MCP クライアント設定でコマンドとして encode-toolkit を使用します。

{
  "mcpServers": {
    "encode": {
      "command": "encode-toolkit"
    }
  }
}

{
  "mcpServers": {
    "encode": {
      "command": "uvx",
      "args": ["encode-toolkit"]
    }
  }
}

{
  "mcp": {
    "servers": {
      "encode": {
        "command": "uvx",
        "args": ["encode-toolkit"]
      }
    }
  }
}

{
  "mcpServers": {
    "encode": {
      "command": "uvx",
      "args": ["encode-toolkit"]
    }
  }
}

{
  "mcpServers": {
    "encode": {
      "command": "uvx",
      "args": ["encode-toolkit"]
    }
  }
}

接続されているデータベース

ENCODE Toolkit は、ライブ API ツールとガイド付きスキルを通じて 14 のデータベースと連携します。

Claude に依頼できること

検索と探索

• 「ヒトの膵臓組織におけるヒストン ChIP-seq 実験をすべて検索して」
• 「マウスの脳で利用できる ATAC-seq データはありますか？」
• 「GM12878 細胞株の RNA-seq を検索して」
• 「膵臓の ChIP-seq データで利用できるヒストンマークは何ですか？」

ダウンロードと追跡

• 「ENCODE の ENCSR133RZO からすべての BED ファイルを ~/data/encode にダウンロードして」
• 「実験 ENCSR133RZO を関連論文とともに追跡して」
• 「追跡中の実験の引用情報を BibTeX 形式でエクスポートして」

データベース間の相互参照

• 「どの GWAS 変異が膵島エンハンサーと重なりますか？」
• 「rs7903146 の ClinVar における病原性を確認して」
• 「組織ごとの TCF7L2 の GTEx 発現データを取得して」
• 「HNF4A 結合部位の JASPAR モチーフを検索して」

パイプラインの実行

• 「H3K27ac 実験用の ChIP-seq パイプラインを設定して」
• 「ENCODE 標準の QC しきい値を使って ATAC-seq 解析を実行して」

メソッドと来歴の生成

• 「bedtools を使って ENCSR133RZO から filtered_peaks.bed を作成したことを記録して」
• 「引用を含む解析のメソッドセクションを生成して」

問題

現在、ゲノミクスデータベースを利用するには、次のような作業が必要です。

1. Webポータルを開き、数十ものフィルターを順にクリックする
2. 複数のデータベースを横断して、適切な実験やファイルを手作業で探す
3. 一括ダウンロード用のカスタムスクリプトを作成する
4. どのファイルがどこから取得されたのか分からなくなる

ENCode Toolkit を使えば、必要なデータを Claude に伝えるだけです。

「ヒトの膵臓組織のヒストン ChIP-seq データをすべて探して」

Claude は ENCODE を検索し、ターゲット、リプリケート数、ファイル数を含む 66 件の実験を構造化された表で返します。ダウンロードは実験ごとに整理され、MD5 検証と完全な由来追跡が行われます。

利用可能なツール（20）

主要な 5 つのツールを以下に示します。残りの 15 個は、読みやすさのため折りたたんであります。

encode_search_experiments

20 以上のフィルターを使って ENCODE の実験を検索します。

encode_get_experiment

単一の実験について、すべてのファイル、品質指標、監査情報を含む詳細を取得します。

encode_download_files

アクセッションを指定してファイルを選び、ローカルディレクトリにダウンロードします。

encode_batch_download

検索とダウンロードを一度に行います。デフォルトではプレビューモードで実行されます。

encode_track_experiment

実験を、関連する論文、手法、パイプライン情報とともにローカルで追跡します。

認証

ENCODE データの大半は公開されており、認証は不要です。 インストールしてそのまま使用できます。

制限付きデータや未公開データについては、Claude に「ENCODE の認証情報を保存して」と依頼してください。

認証情報は OS のキーリング（macOS Keychain、Linux Secret Service、Windows Credential Locker）を使用して暗号化され、平文で保存されることはありません。アクセスキーはENCODE プロフィールから取得してください。

プラグインスキル（47）

Claude Code プラグインとしてインストールすると、ENCODE Toolkit には、Claude が複雑なゲノミクスタスクを進めるための、文献に裏付けられたワークフロースキルが 47 個含まれています。各解析スキルには、エビデンスに基づく品質しきい値、アッセイ固有の指標、一次文献の引用が含まれています。

コアスキル

ENCODE Toolkit を選ぶ理由

ほとんどのゲノミクスツールが提供するのは単一の機能です。ENCODE Toolkit は研究の全サイクルを提供します。

対応するアッセイタイプ

セキュリティとプライバシー

• 100％ローカルで実行 — テレメトリ、分析、トラッキングはありません
• 認証情報は保存時に暗号化 — OS のキーチェーンを使用し、利用できない場合は Fernet にフォールバックします
• 証明書の検証を必須化 — verify=False は使用しません
• ENCODE の 10 req/sec ポリシーを遵守するようレート制限
• すべてのダウンロードでデフォルトで MD5 を検証
• HTTPS 経由の公開 API へのクエリを除き、データがマシンの外部に送信されることはありません

ビネット

実際の Claude セッションを含む、手順ごとの解説です。実際の API 出力と科学的な解釈も紹介します。

開発

git clone https://github.com/ammawla/encode-toolkit.git
cd encode-toolkit
python -m venv .venv
source .venv/bin/activate
pip install -e ".[dev]"

サーバーをローカルで実行します：

encode-toolkit

テストを実行します：

pytest

トラブルシューティング

作者

Dr. Alex M. Mawla, PhD

ライセンス

AGPL-3.0。全条件については LICENSE をご覧ください。

商用ライセンスに関するお問い合わせ：[email protected]