🧬 Ensembl API MCP Server

🧬 Ensembl API MCP サーバー

Ensembl の REST API を公開する、フル機能の Model Context Protocol（MCP）サーバーです。TypeScript MCP SDK を使用して構築されています。

• 包括的なカバレッジ – 100 以上の個別エンドポイントではなく、機能分野に対応した 10 個のツールを提供しながら、API のほぼ全体を利用できます。
• 本番環境対応 – 全体を TypeScript で実装し、堅牢なエラー処理と整理された API クライアント層を備えています。
• 生物学者に使いやすい設計 – 低レベルの REST パスではなく、生物学的なタスク（遺伝子、バリアント、compara など）ごとに分類しています。

掲載先：

• Smithery
• Glama

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ユースケース：

• 🧬 遺伝子情報 – ID またはシンボルから詳細を取得
• 🔍 遺伝子検索 – あらゆる種の遺伝子を検索
• 🧬 配列の取得 – あらゆるゲノム領域の DNA を取得
• 🔬 バリアントデータ – バリアントとその注釈を調査
• 📊 転写産物情報 – 転写産物とアイソフォームを確認
• 🌍 複数種に対応 – Ensembl の全種をここから利用
• 🔗 相互参照 – 1 回の呼び出しで外部データベースへ移動
• ⚡ レート制限対応 – 組み込みのスロットリングで Ensembl の制限を遵守

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インストール

お好みのインストール方法を選択してください：

オプション 1：Smithery 経由

1. Smithery - Ensembl MCP Server にアクセスします。一般的なプラットフォームのオプションは次のとおりです：

# claude code:
npx -y @smithery/cli@latest install @effieklimi/ensembl-mcp-server --client claude --key your-smithery-secret-key

# cursor:
npx -y @smithery/cli@latest install @effieklimi/ensembl-mcp-server --client cursor --key your-smithery-secret-key

# vscode:
npx -y @smithery/cli@latest install @effieklimi/ensembl-mcp-server --client vscode --key your-smithery-secret-key

# windsurf:
npx -y @smithery/cli@latest install @effieklimi/ensembl-mcp-server --client windsurf --key your-smithery-secret-key

追加のプラットフォームオプションについては、MCP の Smithery リンクを確認してください。

オプション 2：ローカル開発環境のセットアップ

開発やカスタム設定を行う場合：

1. クローンして依存関係をインストールします：

   git clone https://github.com/effieklimi/ensembl-mcp-server.git
   cd ensembl-mcp-server
   npm install
   

2. Claude Desktop を手動で設定します：

   設定ファイルを編集します：

   • macOS: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
   • Windows: %APPDATA%/Claude/claude_desktop_config.json

   次のサーバー設定を追加します：

   {
     "mcpServers": {
       "ensembl": {
         "command": "npm",
         "args": ["run", "start"],
         "cwd": "/absolute/path/to/ensembl-mcp-server"
       }
     }
   }
   

3. Claude Desktop を再起動します - Ensembl ツールが利用可能なツールに表示されます

開発環境のセットアップ

# Development with hot reload
npm run dev

# Run tests
npm test

# Production build (optional)
npm run build
npm run start:prod

コントリビューション

ぜひご協力ください！始め方は次のとおりです：

簡単な連絡方法

• 開発者にメールする：[email protected]

開発ワークフロー

1. リポジトリをフォークします
2. フォークをクローンします：

   git clone https://github.com/YOUR_USERNAME/ensembl-mcp-server.git
   cd ensembl-mcp-server
   

3. 依存関係をインストールします：

   npm install
   

4. テストを実行して、すべてが正常に動作することを確認します：

   npm test
   

5. 開発サーバーを起動します：

   npm run dev
   

6. 変更を加え、十分にテストします
7. プルリクエストを送信します

利用可能なスクリプト

• npm run dev - ホットリロードを有効にして開発
• npm run start - サーバーを実行
• npm test - すべてのテストを実行
• npm run build - TypeScript をコンパイル（任意）
• npm run start:prod - コンパイル済みのバージョンを実行

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10 個のツール（エンドポイント付き）

1 · ensembl_feature_overlap

領域または別のフィーチャーと重複する遺伝子、転写産物、調節エレメントを検索します。

GET /overlap/region/:species/:region
GET /overlap/id/:id

よくある質問：「chr17:43-44 Mb にある遺伝子は？」 – 「BRCA1 と重複するものは？」

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2 · ensembl_regulatory

調節フィーチャー、結合マトリックス、および関連する注釈を扱います。

GET /overlap/region/:species/:region             (with regulatory filters)
GET /overlap/translation/:id                     (regulatory features on proteins)
GET /species/:species/binding_matrix/:binding_matrix_stable_id

ユースケース：転写因子の結合部位、調節注釈。

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3 · ensembl_protein_features

タンパク質レベルのドメインと機能部位を扱います。

GET /overlap/translation/:id

ユースケース：タンパク質ドメイン、シグナルペプチド、触媒残基。

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4 · ensembl_meta

サーバーのメタデータ、種の一覧、リリース情報、診断情報を扱います。

GET /info/ping
GET /info/rest
GET /info/software
GET /info/data
GET /info/species
GET /info/divisions
GET /info/assembly/:species
GET /info/biotypes/:species
GET /info/analysis/:species
GET /info/external_dbs/:species
GET /info/variation/:species
GET /archive/id/:id
POST /archive/id

よくある質問：「ヒトではどのアセンブリを利用できますか？」 – サーバーのヘルスチェック。

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5 · ensembl_lookup

ID ↔ シンボルの変換、相互参照の取得、バリアントの再コード化を行います。

GET  /lookup/id/:id
GET  /lookup/symbol/:species/:symbol
POST /lookup/id
POST /lookup/symbol
GET  /xrefs/id/:id
GET  /xrefs/symbol/:species/:symbol
GET  /xrefs/name/:species/:name
GET  /variant_recoder/:species/:id
POST /variant_recoder/:species

ユースケース：「BRCA1 の Ensembl ID は？」 – UniProt との相互参照。

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6 · ensembl_sequence

DNA、RNA、またはタンパク質の配列を取得します。

GET  /sequence/id/:id
GET  /sequence/region/:species/:region
POST /sequence/id
POST /sequence/region

ユースケース：遺伝子 FASTA、転写産物 cDNA、ゲノム領域。

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7 · ensembl_mapping

座標変換（ゲノム ↔ cDNA/CDS/タンパク質）とアセンブリのリフトオーバー。

GET /map/cdna/:id/:region
GET /map/cds/:id/:region
GET /map/translation/:id/:region
GET /map/:species/:asm_one/:region/:asm_two

使用例：CDS を GRCh38 にマッピングする、タンパク質の座標をゲノム座標に変換する。

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8 · ensembl_compara

比較ゲノミクス — 相同性、遺伝子ツリー、アラインメント。

GET /homology/id/:species/:id
GET /homology/symbol/:species/:symbol
GET /genetree/id/:id
GET /genetree/member/symbol/:species/:symbol
GET /genetree/member/id/:species/:id
GET /cafe/genetree/id/:id
GET /cafe/genetree/member/symbol/:species/:symbol
GET /cafe/genetree/member/id/:species/:id
GET /alignment/region/:species/:region

使用例：オルソログを見つける、系統樹を構築する、種のアラインメントを取得する。

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9 · ensembl_variation

バリアントの検索、VEP の影響予測、LD、表現型のマッピング。

GET  /variation/:species/:id
GET  /variation/:species/pmcid/:pmcid
GET  /variation/:species/pmid/:pmid
POST /variation/:species
GET  /vep/:species/hgvs/:hgvs_notation
POST /vep/:species/hgvs
GET  /vep/:species/id/:id
POST /vep/:species/id
GET  /vep/:species/region/:region/:allele
POST /vep/:species/region
GET  /ld/:species/:id/:population_name
GET  /phenotype/variant/:species/:id
GET  /phenotype/region/:species/:region
GET  /transcript_haplotypes/:species/:id

使用例：VEP 予測、LD ブロック、表現型との関連。

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10 · ensembl_ontotax

オントロジー用語の検索と NCBI 分類のたどり方。

GET /ontology/id/:id
GET /ontology/name/:name
GET /taxonomy/id/:id
GET /taxonomy/name/:name

使用例：GO 用語の検索、表現型オントロジー、分類学的分類。

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Smithery 経由でのインストール

Smithery 経由で ensembl-mcp-server を Claude Desktop に自動インストールするには：

npx -y @smithery/cli install @effieklimi/ensembl-mcp-server --client claude