ChemDraw MCP

macOS 向け ChemDraw MCP

アシスタントまたはターミナルから、ネイティブで編集可能な化学構造図を作成できます。 保存前の ChemDraw の編集内容を読み取り、同じドキュメント内に位置を揃えた分子表を作成し、一貫した化学スケールで図をエクスポートできます。

Mac 用ダウンロード（Apple Silicon） · リリースノート · ターミナルからのインストール · 使用例とカスタマイズ · アーキテクチャ

一度だけインストール

方法	ここから開始
Mac 用グラフィカルインストーラー	Apple Silicon 用 DMG をダウンロードし、ChemDraw MCP を開いて、インストール済みの ChemDraw アプリとローカルアシスタントを選択します。アプリの隣にある Start Here.html には、番号付きのスクリーンショットと macOS の起動手順が記載されています。Python と依存関係が含まれています。
ターミナル／Git	このリポジトリをクローンし、./install.sh を実行します。固定された依存関係がインストールされ、アニメーション付きのターミナルセットアップが自動的に起動します。Git と uv が必要です。コマンド
MCP バンドル	.mcpb は、MCP バンドルをインポートできるクライアント向けの代替手段です。こちらか DMG のいずれかを選び、両方は使用しないでください。

どの方法でも同じネイティブブリッジを使用します。モデルごとに別途インストールする必要はありません。ほかのローカル stdio MCP クライアントでもサーバー実行ファイルを使用できますが、各クライアントの権限とツールの動作はそれぞれテストする必要があります。グラフィカルヘルパーでは、Claude Desktop と Codex のローカルクライアント設定を行えます。Web 版 ChatGPT にリモートコネクターをインストールするものではありません。

ターミナルでのクイックスタート

git clone https://github.com/glebo309/chemdraw-mcp-macos.git
cd chemdraw-mcp-macos
./install.sh

依存関係のインストール後、セットアップが自動的に始まります。アシスタントに接続するには、代わりに ./install.sh --client claude --client codex を使用します。Git でクローンしただけでは何も実行されません。チェックアウト時のコマンドは uv run を使用します。グローバルなシェルコマンドや PATH の変更は前提としていません。セットアップ後に最初の図を試す場合は、次のコマンドを実行してください。

uv run --locked --extra chemistry chemdraw-mac first-run

ターミナルを使わない場合は、Mac 用 DMG をダウンロードし、開いてから ChemDraw MCP を起動してください。グラフィカルヘルパーには Python と依存関係が含まれており、ChemDraw アドインの手順を案内し、選択したローカルクライアントに接続します。ChemDraw 自体のインストールやライセンス認証は行いません。

グラフィカルインストールには、ターミナルからのアクセスも含まれています。Finish をクリックした後、新しい macOS zsh ターミナルウィンドウを開き、chemdraw-mac --help または chemdraw-mac first-run を実行してください。追加のダウンロードや Python、uv のインストールは不要です。セットアップでは既存のシェル設定を保護し、バックアップしてから PATH の項目を追加します。

更新の場合、アンインストールは不要です。 作業を保存してから、接続中のアシスタントと ChemDraw を終了し、新しい DMG のセットアップを実行してテストし、完了してください。既存のアドインはその場で更新されます。診断情報はセットアップによって Mac に自動保存されます。 更新手順。

実験的候補版：0.10.0rc22。 独自にライセンスを取得した ChemDraw と、ログイン済みの Mac デスクトップが必要です。Apple Silicon、macOS 15.6、ChemDraw 23.0.1.11 でネイティブテストを実施済みです。Mac アプリはアドホック署名されており、Developer ID 署名も公証もされていません。独立した Mac での受け入れテストは未完了です。一度にネイティブ接続を使用できるアシスタントは 1 つだけです。互換性 · グラフィカルセットアップ · 更新

結果をリクエスト

現在の ChemDraw ドキュメントにカフェインを描いてください。 確認済みのバンドル名（現在は caffeine/caffein）は、PubChem が利用可能かどうかに依存せず、ローカルで解決されます。chemdraw_draw を通じて渡されたその他の名前や CAS は、追加の確認なしで PubChem に照会します。「offline」または「no network」と指定するとプロバイダーへの照会が無効になり、アシスタントは allow_network=false を渡す必要があります。送信されるのは指定されたクエリのみで、描画は送信されません。SMILES/InChI を明示的に指定した入力はローカルで処理されます。

編集済みの親構造を読み込んでください。8員環のスコープを作成し、共通骨格を揃え、構造とキャプションを中央揃えにして、必要であればこのドキュメントにページを追加してください。収率を捏造しないでください。

このドキュメントを、分子スケールを維持したまま、PDF および透明な 600-DPI PNG としてエクスポートしてください。

描画ハーネスは、明示的なグラフ、ネイティブ出力、レイアウト、ソースの保持を検証します。共有テーブルでは、測定した描画インクの中心と共通のキャプション基準線を使用します。バッチ全体を処理する場合、分子を縮小せずに物理ページを追加できます。非表示のネイティブコピーを使って、最終挿入前にテーブルを測定します。物理スケールの SVG/PNG エクスポートでは、すべての分子を同じ画像幅に合わせるのではなく、結合サイズを一定に保ちます。ネイティブ PDF では用紙ページが保持されます。通常の共有描画や物理スケールのエクスポートでは、HTML による確認は必要ありません。

使用例 · 描画リクエスト形式 · エクスポート設定と制限

バージョン rc18 では、通常の明示的な反応にネイティブの丸囲み単位電荷が追加され、保存済みの所属情報と、結合やラベルとの間隔が確認されます。バージョン rc17 では、明示的な反応全体をバッチ処理して、ネイティブの描画インクを測定し、分子を縮小したり構成要素を削除したりせずに A4 または A3 の用紙を選択できるようになりました。反応のエクスポートには、物理スケールの SVG、透明な 600-DPI PNG、白背景のプレビューが含まれます。反応のワークフローと制限。

バージョン rc16 では、より軽量なネイティブプレビュー、キャンバスのみの出力オプション、ステージごとの処理時間、検証済みの名前検索結果の再利用が導入されました。新規作成された通常の六員環は軸に揃えられます。既存の骨格参照がある場合は、引き続きそちらが優先されます。 出力方法の選択肢 · 測定済みパフォーマンス

ターミナルまたは MCP に接続されたアシスタントからデスクトップ版 ChemDraw を操作します。ネイティブ構造や明示的な反応行の作成、ローカルスタイルのインポート、対応関係付きの芳香族スコープの設計、識別子の確認、ネットワーク利用を明示的に許可した名前解決、図の仕上げ、サポート対象の電子・電荷記号や曲線の追加、完成した描画の一括エクスポートができます。ネイティブのエクスポートを確認し、編集可能な出力と化学的な監査記録を保持します。

ネイティブ ChemDraw レンダリング。 デスクトップ版 JavaScript API は、対応する分子バッチの読み取りと追加を行います。それ以外のネイティブコマンドとエクスポートには、制限付きの AppleScript を使用します。RDKit は画像ではなく、ChemDraw CDXML ライターを通じて検証済みのグラフと座標を提供します。ChemDraw が SVG をレンダリングし、オフラインの resvg がアートワークを変更せずに透明な PNG へラスター化します。通常の明示的な反応ではドキュメント全体を一括処理し、高度なレガシーワークフローでは従来のネイティブなインポートとクリーンアップを維持します。自然言語の解釈は、お使いの MCP クライアントが担い、組み込みの LLM は使用しません。

MIT ライセンスの独立したオープンソース実験プロジェクトです。ネイティブワークフローには、ライセンスを取得した ChemDraw のインストールが必要です。識別子の確認、スタイルの抽出、スコープの提案はオフラインで行えます。MCP の名前付き描画では、明示的にオフラインを指定しない限り、デフォルトで指定されたクエリを PubChem に照会します。単独の名前解決と CLI による検索では、引き続きオプトインフラグを使用します。ここで実機テスト済みなのは ChemDraw 23.0.1 のみです。個々の機能に関する検証結果はそれぞれ独立しています。互換性と制限 **実験段階であり、安定版ではありません：**ネイティブ対応は、テスト済みの ChemDraw ビルドとサポート対象の描画範囲に限られます。プロセス間の調整と、オプトイン方式の丸囲み電荷には回帰テストがあります。混み合った位置の電荷は、分子グラフが変わるリスクを避けるため、明示的にエラーになります。正確な確認項目と、別の Mac での承認待ち状況については、現在の開発状況をご覧ください。

2 つのレイヤー、1 つのネイティブ MCP

**コア MCP は単独ですでに動作します。**ネイティブ ChemDraw ドキュメントのインポート、作成、確認、クリーンアップ、スタイル設定、エクスポートに使用できます。オプションのワークフローレイヤーでは、再利用可能な描画、レイアウト、検証操作を追加します。接続された AI クライアントが自然言語を解釈してツールを選択します。このサーバー内に LLM はありません。

モード	起動コマンド	用途
Core	chemdraw-mcp-macos --profile core	ネイティブドキュメントを直接操作するツール。RDKit は不要です
Drawing	chemdraw-mcp-macos --profile drawing	描画、診断、物理エクスポートに特化したツール
Full（デフォルト）	chemdraw-mcp-macos --profile full	コアに描画、反応、スコープ、検証のワークフローを追加

どちらのモードも同じネイティブブリッジを使用します。Full ワークフローでは、固定された分子カタログではなく、構造とレシピを受け付けます。実験段階の金属錯体への対応は追加機能であり、コア MCP を利用する前提条件ではありません。アーキテクチャ、インストール、設計原則とクライアント設定をご覧ください。

既存のドキュメントまたはバックグラウンドエクスポート

chemdraw_draw と chemdraw_draw_structures は、サポート対象の分子とキャプションについて、auto モードで表示中の作業用ドキュメントを再利用します。名称未設定のドキュメントは、事前に保存する必要はありません。複数のドキュメントを開いている場合は、presentation="shared", document_id=ID を指定してください。ネイティブ API による挿入では、クリップボードやキーボード移動を使わず、同じドキュメント内で計画済みの座標と保持チェックを使用します。共有出力の要件と制限。

live-read と live-action を使うと、別の作業ウィンドウやプレビューを開かずに、ChemDraw ですでに開いているドキュメントを確認し、サポート対象のネイティブコマンドを実行できます。最新のスナップショットで、ディスパッチ前に内容の変更を検出します。visibility は 1 つのドキュメントの表示と非表示を切り替えます。render --input drawing.cdxml --output /absolute/new-folder は、指定された CDXML を非表示ウィンドウでエクスポートし、成功後に、その処理で開いたドキュメントを閉じます。どちらの MCP プロファイルでも、対応するツールを利用できます。

これは要求時に同期する機能であり、継続的な共同編集ではありません。任意の原子編集には、別途コピーのワークフローを使用します。バックグラウンドレンダリングには、ログイン済みのライセンス認証された Mac デスクトップが必要です。ディスプレイ不要のサーバーモードではありません。 コマンド、エビデンス、制限

謝辞

化学描画を明快で視覚的に洗練されたものにする方法を示し、参考例を提供して、生成された出力を丁寧に確認してくださった Marco DeCorti に、心より感謝申し上げます。氏の意見は、プロジェクトの分子描画スタイルと視覚品質の基準を形作るうえで役立ちました。

ネイティブ描画の変更前と変更後

以下の図はどちらもデスクトップ版 ChemDraw からのエクスポートであり、代替のレンダラーによるものではありません。GitHub のプレビューでは、ライトテーマとダークテーマの両方で見やすいよう、背景を白一色にしています。元のエクスポートは引き続き透明です。付属の例とレシピを使って再現できます。

変更前	変更後

完全なジョブと再利用可能なラボ設定

v0.9 のワークフローレイヤーは、個々のツールを呼び出し可能なジョブとして連携させます。

• 完全なスコープ： scope-job は、明示的にマッピングされた親から候補を提案し、候補の受け入れを必須とします。選択した化合物を描画して整列させ、見出し、点線の区切り線、影付きの枠を備えた実際のカテゴリー帯を配置します。［レシピ］(examples/scope-job.json) · ［ガイド］(docs/SCOPE_JOB.md)
• 明示的な反応系列： reaction-series は、対応している水、ハロゲン化物、イオン塩、係数を含む、指定された最大3行の反応を組み合わせます。生成物の予測やバランスの認証は行いません。［ガイドと制限事項］(docs/REACTION_EXPANDED.md)
• 分子に付随する移動と経路： build-ownership / move-owned は、明示的なキャプション、記号、内部曲線を分子に付随させます。suggest-routes / apply-route は、障害物を確認した三次曲線経路を提案し、選択された経路を描画します。反応スキーム内の垂直移動と、所有者をまたぐ片側の曲線移動は拒否されます。手動ドラッグは対象外です。［ガイド］(docs/OWNERSHIP.md)
• 共有スタイル： make-lab-style / styled-job は、バージョン管理されハッシュ化された数値設定を使用し、競合するレシピの上書きを拒否します。各出力には、使用した正確なスタイルパッケージが保持されます。［開始用パッケージ］(examples/publication-bold.lab-style.json) · ［ガイド］(docs/LAB_STYLE.md)

ネイティブのワークフローには MCP 対応版があり、要求された出力モードに応じた画像とともに、編集可能な CDXML と監査記録が保持されます。［再現可能なデモの手順］(docs/DEMO_WALKTHROUGH.md)から始めてください。実験的なパッケージは GitHub Releases で入手できます。Mac での独立した受け入れ確認は、［リリースチェックリスト］(docs/RELEASE_CHECKLIST.md)で引き続き進行中です。

1つのコマンドで最初の図を描画する

［ターミナルのセットアップ］(docs/TERMINAL_INSTALL.md)の後、空白の ChemDraw ドキュメントを開きます。

chemdraw-mac first-run

これにより、アクティブなドキュメントにカフェインとアスピリンが描画され、ネイティブ形式でのエクスポートが検証されます。これは任意の描画テストであり、パッケージインストーラーではありません。対話型のオンボーディングでは、ピンク、ラベンダー、ゴールドのアクセントを使ったネイティブな分子シルエットが切り替わります。バーはワークフローの段階を示し、ネイティブ形式のチェックに合格した場合にのみ完了します。インストールにかかる時間の見積もりを示すものではありません。ChemDraw のインストールやライセンス取得は行いません。

すでにチェックアウト済みの場合は、コミット済みの依存関係ロックを使用するため、代わりに uv run --locked --extra chemistry chemdraw-mac first-run を実行してください。出力は一意の名前が付いた新しいフォルダーに保存され、最終的な図は ChemDraw で編集可能な状態のまま保持されます。また、既存のドキュメントはそのまま残ります。スクリプトでは --json を、ターミナルに表示を出さない場合は --no-open --no-animation を使用してください。［初回実行の動作とトラブルシューティング］(docs/FIRST_RUN.md)

デスクトップアプリも使えます： 同じローカル MCP サーバーを Claude Desktop または Codex デスクトップクライアントに接続し、chemdraw_first_run を実行するよう依頼してください。ターミナルのアニメーションやブラウザーの自動起動は MCP 経由では送信されません。［デスクトップクライアントのセットアップ］(docs/MCP_CLIENTS.md)

仕上げワークフローを試す

プロジェクトディレクトリで、uv がインストールされ、ChemDraw が起動してアクティブになっている状態で、次を実行します。

uv sync --locked --extra chemistry
uv run --extra chemistry chemdraw-mac doctor
uv run --extra chemistry chemdraw-mac polish \
  --input examples/messy-oxidation.cdxml \
  --recipe examples/oxidation-recipe.json \
  --output /absolute/existing/parent/oxidation-review

出力パスは、親ディレクトリが存在する新しい絶対パスに置き換えてください。出力ディレクトリは、あらかじめ存在していてはなりません。この例は、実験プロトコルではなく、説明用のエタノールからエタナールへの酸化を [O] で示しています。

返された review.html を開いてください。出力には次のファイルが含まれます。

• before.cdxml、before.svg、before.png
• figure.cdxml、figure.svg、figure.png
• recipe.json、audit.json、review.html

ソースは編集されず、最終的な作業ドキュメントは ChemDraw で開いたままになります。checks_passed は、実装済みの保持チェックとレイアウトチェックに合格したことを示します。ソースの化学的内容が正しいことや、人間が図を承認したことを示すものではありません。目視による確認が必要です。

アナログを作成する

付属の例では、骨格を再構築したり回転したりせず、既存の塩素原子を臭素に変更し、キャプションを更新します。

元の図	アナログのコピー

uv run --extra chemistry chemdraw-mac edit \
  --input examples/chlorobenzoic-acid.cdxml \
  --recipe examples/bromo-analogue-recipe.json \
  --output /absolute/existing/parent/bromo-analogue-review

エディターはコピーした CDXML グラフを変更し、デスクトップ版の ChemDraw で開いて、保存されたネイティブ形式の結果を確認します。これは、ネイティブ形式の原子を直接設定する API ではありません。RDKit は化学構造を検証しますが、図はレンダリングしません。監査では、要求された原子／結合の変更、確認された水素の変更、ネイティブ形式の原子座標の保持状況を報告します。この範囲が限定されたエディターがサポートするのは、1 つの分子と明示的に割り当てられたキャプションであり、任意の反応変換ではありません。編集レシピとサポート対象の操作

CDXML の化学ラベルは、グラフとは別に確認されます。どちらの確認も、エクスポートされたすべての SVG／PNG のグリフが正しいことを保証するものではありません。解決済みの入力ラベルの向きに関する問題は、既知の問題に記載されています。使用する前に実際のプレビューを確認してください。

スコープグリッドを配置する

既存の分子の向きを保ちながら結合のスケールを正規化し、明示的に割り当てられた化合物を指定した順序で配置します。各行の名前と化合物／収率ラベルには、共通のベースラインを使用します。キャプションも含めたセルのサイズとページへの収まりは、ネイティブ形式のインク境界を測定して決定します。

配置前	4 列のグリッド

uv run --extra chemistry chemdraw-mac grid \
  --input examples/scope-input.cdxml \
  --recipe examples/scope-recipe.json \
  --output /absolute/existing/parent/scope-review

この例のパーセンテージはすべてソフトウェアテスト用に作られた値であり、実験収率ではありません。 ゼロは 0% と表示され、収率がない場合に値を補うことはありません。レシピでは、すべての分子フラグメントと既存のキャプションを明示的に指定します。塩など複数のフラグメントを 1 つの化合物に割り当てることができ、正規化後にまとめて移動します。列数を自動で選択する場合は columns を省略し、指定する場合はその値を設定します。グリッドが収まらない場合、分子を縮小するのではなく処理を拒否します。グリッドのレシピ、トークン、制限

完成した図を一括エクスポートする

サポート対象の CDXML ファイルを、スタイルやレイアウトを変更せずに、明示的なマニフェストに従ってエクスポートします。

uv run --extra chemistry chemdraw-mac batch \
  --manifest /absolute/path/figures.json \
  --output /absolute/existing/parent/manuscript-figures

安定した各図キーについて、ネイティブ形式の CDXML／SVG、ネイティブ形式の SVG からラスタライズした PNG、オプションの PDF／CDX、監査レポート、保持されたスナップショットが生成されます。一括処理の review.html は、リンクと項目ごとのステータスを含むコンタクトシートです。ソースはプライベートコピーとして開き、処理に成功した作業用コピーは閉じられます。ソースのハッシュ、開いているドキュメントの正確な一覧、既存の未保存ドキュメントの内容が確認されます。ネイティブ操作でエラーが発生した場合、操作を再試行したり、不確かなドキュメントを閉じたりせずに、一括処理を停止します。サポート対象外の入力は個別に報告され、失敗が混在する実行はゼロ以外のステータスで終了します。マニフェスト、出力の構成、制限

一括処理では、サポート対象の注釈のサブセットも受け付けます。対象は、既存の完全な矢尻または左右のフィッシュフックを持つ三次ベジェ曲線と、明示的に関連付けられた丸囲み電荷記号です。通常の分子／反応チェックに加えて、注釈保持検証機能を再利用します。未対応の曲線／記号の種類は、引き続き安全側に倒して処理を拒否します。反応機構をエクスポートしても、矢印の経路は設定されず、衝突も修正されず、化学的な正しさも保証されません。

電子の流れを示す矢印を追加する

完全な MCP プロファイルでは、アシスタントは chemdraw_inspect_annotations と chemdraw_annotate_document に加え、シンボルツールとルートツールを利用できます。より小規模なコアプロファイルと描画プロファイルでは、これらの注釈ワークフローは公開されません。反応系列図だけでは、電子の移動を示す機構として不完全です。矢印を利用できないと報告する前に、クライアントの実際のツール一覧を確認してください。注釈では新しいコピーが作成され、明示的な化学的意図が必要です。機構が自動的に推論されることはありません。

SN2 のリファレンスには、再現可能な注釈ワークフローが用意されています。明示的な原子／結合の端点、または表示された供与体シンボルの始点を指定して、ネイティブで編集可能な、両端が完全な二電子曲線、または一電子の流れを示す左／右向きフィッシュフックを追加します。

uv run --extra chemistry chemdraw-mac annotate \
  --input examples/sn2-annotation-input.cdxml \
  --recipe examples/sn2-annotation-recipe.json \
  --output /absolute/existing/parent/sn2-review

このワークフローでは、コピーした CDXML に曲線を追加し、デスクトップ版 ChemDraw で結果を保存／レンダリングします。既存の対応分子、その向き、シンボルは保持されます。レシピには端点と 2 つの三次曲線制御点を指定します。これは自動ルーティングでも、機構の推論でもありません。明示的なシンボルの始点では、完全な矢印には既存の負電荷／孤立電子対を、フィッシュフックには電子ドットを指定します。矢印の尾は、ネイティブの ChemDraw 23.0.1 のエクスポートから調整した、目に見える端から始まります。孤立電子対の間の隙間ではなく、実際のドットを選択します。これらの始点付き矢印のケースは、開発用 Mac でのネイティブ統合チェックに合格しています。ルート全体の衝突については、引き続き目視で確認する必要があります。また、化学的な編集や、ネイティブオブジェクトの移動に関する保証はありません。注釈レシピと制限

新しいコピーにネイティブの孤立電子対シンボル、グラフィカルな電子ドット、または既存の +1/-1 の原子電荷に対応する円で囲んだシンボルを追加するには、別の inspect-symbols / symbols ワークフローを使用します。電子ドットには意図的にネイティブの塗りつぶし円グラフィックを使用します。ChemDraw の Electron Symbol を使うと、隣接する原子のラジカル状態が変わってしまうためです。リクエストでは、各シンボルが属する原子を指定します。配置範囲を制限する際は、調整済みのグリフ形状と測定済みのラベルを使用します。負電荷の作成、および電荷／孤立電子対／電子を始点とする矢印のワークフローについて、4 件のネイティブ統合ケースに合格しています。これは、レンダリングされた結合線全体の衝突を網羅するものでも、異なるバージョン間での動作を保証するものでもありません。各ネイティブエクスポートを確認してください。シンボルレシピ、電子の流れに関する規約

任意のスコープ枠組み

decorate-scope または MCP の chemdraw_decorate_scope を使用して、既存のグリッドに角丸の影付きボックス、実線ではないドット状のグループ区切り線、任意の見出しを追加します。グループは明示的に指定します。このツールは分子、キャプション、位置を保持し、暗黙に分類したり並べ替えたりすることはありません。枠と区切り線は、それぞれ個別に有効化できます。レシピとネイティブオブジェクトの仕様

ネイティブの枠付きスコープの例 · 編集可能な入力 · 再現可能なレシピ

明示的な構造からネイティブ図版へ

対応しているイオンでは、描画マニフェストに "charge_style": "circled" を追加すると、同じジョブでネイティブの丸囲み電荷記号を作成できます。イオンの例を試す。デフォルトは引き続き "plain" です。改良された検索では、記号を小さくしたり所有者チェックを弱めたりすることなく、ハウススタイルのニトロベンゼンの例に対応できます。現在のテトラメチルアンモニウムの描画のように混み合った配置では、安全な候補が見つからず、引き続き拒否されます。プレーンな電荷記号での描画は引き続き利用できます。返される artifacts は、オプションの電荷パスを含め、実際に最終出力された CDXML／SVG／PNG を指します。

draw は、明示的な {compound_id, label, smiles} レコードのマニフェストを受け付けます。指定された化学的同一性を、MOL シード作成、ネイティブインポート、ネイティブの Clean Up Structure を通じて保持し、測定済みのネイティブ構造をグリッドワークフローに渡します。

uv run --extra chemistry chemdraw-mac draw \
  --manifest /absolute/path/structures.json \
  --output /absolute/existing/parent/structures-review

ラベルは呼び出し元が指定するもので、化学名の検証は行われません。最初のインターフェイスで受け付けられるのは、各 2～150 原子の、連結した対応済みの非ラジカル構造 1～24 個です。編集可能な CDXML、SVG、PNG、保持されたシード、および監査データが生成されます。オプションのマニフェスト scaffold_smiles を指定すると、明示的な共通コアを選択し、回転と平行移動のみを使って最初の構造に合わせられます。反転や位置合わせ時の拡大縮小は行いません。指定しない場合、ネイティブのクリーンアップによって各分子の向きが異なることがあります。名前の検索、収率の生成、自動的なコア推定は行いません。マニフェストと保持の制限

付属のアセトフェノンのスコープマニフェストには、相対的な短いラベルを付けた明示的な候補が 14 個、明示的なアセトフェノンの足場が 1 個含まれており、収率は含まれていません。3 列の例では、これを --manifest として使用してください。これは説明用の提案であり、実験スコープのデータではありません。14 構造の位置合わせを有効にした実行は、開発用 Mac でネイティブチェックと目視検査に合格しました：ネイティブ SVG 図版。実行の証拠と環境上の制限については、プロジェクトの進捗を参照してください。

スターター基質スコープを提案する

実際の出発物質を指定し、既存の反応ハンドルが結合しているベンゼン炭素をマークします。例：

uv run --extra chemistry chemdraw-mac propose-scope \
  --parent 'O=C[c:1]1ccccc1' --handle-map 1

制約付きの標準プロファイルでは、異なる候補を 14 個提案します。出発物質の参照構造、オルト／メタ／パラ位のメチル、パラ位のメトキシ、トリフルオロメチル、シアノ、ニトロおよび F／Cl／Br、オルト位のイソプロピル／tert-ブチル、ならびに 2,6-ジメチルです。電子効果と立体効果のカテゴリー間で重複する候補は統合されます。すべての収率は null のままです。出力には、相対ラベル、マッピング済み／未マッピングの SMILES、グラフから安定的に生成された ID、および各候補を検討する理由が含まれます。

これは、単置換ベンゼン環を単離して扱うためのオフライン提案であり、反応予測でも、あらゆる場合に当てはまるスコープの推奨でもありません。候補を確認・選択してから、明示的なレコードを draw に渡してください。出発物質、反応ハンドル、化学的適合性、実験結果を推測することはありません。スコープ提案の仕様

置換済みの環、および単離された 5 員環／6 員環のヘテロ芳香族化合物では、水素が結合した炭素サイトを明示的にマッピングし、厳選された 10 グループからカスタムリストを選択してください。

uv run --extra chemistry chemdraw-mac scan-scope --manifest examples/scope-custom.json

この例では、マッピングされた 2 つのピリジンサイトを Me と Cl で探索し、出発物質を含む異なる候補を 5 個生成します。各生成物には 1 つの置換基が追加されます。対称性によって重複する場合も、指定されたサイトのバリエーションは保持されます。重複排除前に指定できる組み合わせ数は、オプションの出発物質を含めて最大 100 個です。拡張スコープの仕様

反応を作成する、またはローカルのスタイルを使用する

uv run --extra chemistry chemdraw-mac reaction \
  --manifest examples/reaction-build.json \
  --output /absolute/existing/parent/reaction-review

uv run chemdraw-mac import-style --input /absolute/path/my-style.cds

反応の例では、エタノール、アセトアルデヒド、ラベル oxidation を明示的に指定します。実験条件や収率は指定しません。ビルダーは各側に1～3個の化合物を受け取り、ネイティブの矢印、プラス記号、所有ラベルを描画した後、間隔の測定値とページ内への収まりを確認します。ビルダー自体は反応を予測したり、反応式の係数を合わせたりしません。chemdraw_propose_products は既知反応テンプレートからレビュー可能な生成物候補を提示し、選択した生成物は明示的に渡します。反応の仕様

スタイルの検査では、ローカルの .cds、.cdx、.cdxml からサポート対象のタイポグラフィ／結合設定を抽出し、デフォルトと適用されていないプロパティを報告します。ソースは変更しません。draw または reaction に --style /absolute/path/my-style.cds を追加すると、マニフェストのプリセットを上書きできます。必須のラベル／キャプション用フォントファミリーは、レンダリングを実行する Mac 上で確認されます。テンプレートの画像、ページのジオメトリ、カラーパレット、フォントファイルはインポートも再配布もされません。スタイルの仕様

識別子をオフラインで検査する

uv run --extra chemistry chemdraw-mac identify --value 'CCO' --format smiles

正準異性体 SMILES、分子式、電荷、成分／同位体／立体化学の概要に加え、利用可能な場合は標準 InChI／InChIKey を返します。InChI の正規化に関する警告と、グラフのラウンドトリップによる差異は明示されます。名前／CAS 検索サービスやネイティブアプリケーションには接続しません。入力と出力の厳密な仕様

名前または CAS を明示的に入力する場合は、別のリゾルバーを使用します。

uv run --extra chemistry chemdraw-mac resolve --query caffeine --kind name --allow-network

--allow-network を指定すると、このクエリを PubChem に送信することが許可されます。応答には、最大20件の候補について、出典、曖昧さ、切り捨て、化学的検証の結果が保持されます。候補が1件だけの場合でも、自動選択は行われません。CAS の形式／チェックサムの確認は、CAS Registry の所有権を証明するものではありません。描画する前に、明示的な候補を確認してください。リゾルバーの仕様

写真や手描きのスケッチは、画像に対応した接続済みのアシスタントが解釈できます。送信する前に、曖昧な原子、結合、立体化学を解決する必要があります。このサーバーには画像認識機能も OCR サービスもなく、識別子の検証によって、グラフが元の画像と一致することが証明されるわけではありません。

アシスタントを接続する

アプリ固有の Claude Desktop JSON と Codex TOML の設定については、デスクトップクライアントの手順を参照してください。これはローカルの stdio サーバーであり、リモートの Web コネクターではありません。

基本ブリッジに RDKit は必要ありません。ネイティブ形式のインポート、クリーンアップ、スタイリング、エクスポートのみを行う場合は、uv sync --locked でインストールしてください。識別、解決、スコープ案の作成、検証済みのネイティブ形式の図ワークフローには、上記のオプションの化学系エクストラを引き続き使用してください。identify、propose-scope、scan-scope、import-style、resolve は、ChemDraw アプリケーションが起動していなくても実行できます。明示的にネットワーク利用を許可する必要があるのは resolve のみです。インストール済みの実行ファイルを MCP クライアントから直接起動します。

{
  "mcpServers": {
    "chemdraw_native": {
      "command": "/absolute/path/chemdraw-mcp-macos/.venv/bin/chemdraw-mcp-macos"
    }
  }
}

この設定をクライアントの既存の設定に統合し、無関係な項目を置き換えないでください。chemdraw-mac serve は同じ stdio サーバーを起動します。クライアントからの接続を待つ、何も表示されないターミナルが開くのは正常です。API による描画では、必要に応じて認証済みの専用ループバックリスナーが起動します。オプトイン式のリゾルバーは外部への HTTPS リクエストを行います。

リクエストの例：

開いている ChemDraw ドキュメントを調べ、現在のドキュメント ID を報告してください。

このドキュメントを解析し、分子のキャプションと矢印の反応条件を特定してから、新しい出力フォルダーにハウススタイルの行レイアウトのコピーを作成してください。ネイティブ形式で変更前後を確認できるレビューと監査結果を表示してください。

この修正版の作業用ドキュメントを SVG と透過 PNG としてエクスポートしてください。元のドキュメントは開いたままにしてください。

この単一の分子を解析し、塩素原子を特定してから、新しいドキュメントに臭素類縁体を作成してください。骨格を保持し、キャプションを置き換えてください。化学的な差分とネイティブ形式での変更前後のエクスポートを表示してください。

これらの生成物を向きを保ったまま 4 列に配置してください。こちらから指定する化合物 ID と収率を使い、化合物名を下に残してください。ネイティブ形式のページフィット監査とプレビューを表示してください。

これらの完成した CDXML ファイルを、こちらから指定する図のキーでエクスポートし、PDF 形式のコピーも追加して、コンタクトシートを作成してください。図のスタイルを変更せず、開いている元のファイルにも触れないでください。

この反応機構の原子 ID と結合 ID を調べてから、指定した電子の流れを示す曲線を新しいコピーに追加してください。構造と丸で囲んだ電荷を保持し、ネイティブ形式で変更前後を確認できるレビューを表示してください。

この明示的なマッピング済み親化合物について、標準的な芳香族スコープを提案し、各カテゴリーの理由を説明してください。収率は空欄のままにしてください。化合物を選択したら、こちらから指定するラベルを付けてネイティブ形式の図を作成してください。

この SMILES をデータベースに接続せずに調べてください。指定されていない立体化学や InChI の正規化に差異があれば報告してください。

検出があいまいな場合は、CHEMDRAW_APP に .app の絶対パスを設定してください。CHEMDRAW_MCP_WORKSPACE は、デフォルトの ~/ChemDraw-MCP-Output スクラッチ／バックアップ保存先を変更します。macOS から Automation の許可を求められた場合は、起動元のアプリケーションによる ChemDraw の制御を許可してください。無人インストーラーや自動の権限変更機能は、まだありません。

利用可能なツール

以下のツールはフルプロファイルで利用できます。ジョブ全体を処理するツールについては上記で説明しています。コアプロファイルで利用できるのは、アーキテクチャに記載された直接操作用のネイティブツールのみです。識別、スタイル抽出、スコープ案の作成はオフラインで行われます。PubChem を使用するのは、明示的に呼び出したリゾルバーのみです。

ツール	動作
chemdraw_doctor	インストール状況、ライブ接続、オプションのバリデーターの利用可否を報告します
chemdraw_first_run	セットアップを確認し、固定のネイティブサンプルを描画して、HTMLを使わずに編集可能なファイルとJSONチェック結果を返します
chemdraw_draw_complex	実験的な明示的配位描画です。指定されたXYZ、キレート結合の表裏、デフォルトの黒いラベル、角への電荷注記に対応します。ネイティブ保存後に検証し、形状予測は行いません。フェロセンは引き続き拒否される回帰テスト用フィクスチャです。
chemdraw_list_documents	ネイティブのドキュメントID、名前、パス、変更フラグ、分子数を返します
chemdraw_inspect_document	ネイティブの分子インデックスと境界、およびドキュメント設定を返します
chemdraw_inspect_targets, chemdraw_prepare_selection, chemdraw_edit_targets	スナップショットに基づく原子／H／電荷および結合次数の編集、指定フラグメントの結合、分岐の削除、くさび形結合、環、ネイティブの選択範囲整列に対応します。新しいコピー内で、範囲を限定した配置検索とネイティブのクリアランス検査を行います。レシピと制限
chemdraw_native_action	所有する作業コピー上で、ChemDrawの直接的な整形、整列、分布、ラベルコマンドを実行します。選択と利用可能性の制限
chemdraw_draw_name	ChemDraw独自の「名前から構造」機能を、明示的なネットワーク同意とネイティブのレビュー用エクスポートとともに使用します。RDKitシードやレンダラーは使用しません
chemdraw_analyze_document	スナップショットをエクスポートし、対応するオブジェクトの形状とトップレベルのソーストークンを報告します。編集可能な単一分子には原子／結合IDも付与されます
chemdraw_polish_document	正規化されたコピーを作成し、任意の明示的な行レイアウト、ネイティブのレビュー用エクスポート、レシピ、監査情報を追加します
chemdraw_edit_document	明示的な原子／Hおよび結合次数の編集に基づいて類似体のコピーを作成します。想定されるソーストークン、対応付けられた生成物の化学構造、座標、CDXMLラベルを確認します
chemdraw_grid_document	化合物／キャプションの明示的な所有関係、任意の収率、ネイティブで測定した間隔、保存ページの収まりの検査を含むスコープグリッドのコピーを作成します
chemdraw_decorate_scope	既存のスコープを維持しながら、任意の編集可能な角丸シャドウフレーム、点線の区切り、明示的なグループ見出しを追加します
chemdraw_batch_export	安定したキーを付けて、明示的なCDXMLファイルを順次エクスポートします。項目ごとの監査情報、保持されるスナップショット、コンタクトシートを作成し、ネイティブ操作に不確実性がある場合は停止します
chemdraw_inspect_annotations	対応する注釈付き図面のスナップショットを取得し、原子／結合ID、ネイティブの原子ラベル境界、既存の曲線形状、ソーストークンを報告します
chemdraw_annotate_document	明示的な完全曲線またはフィッシュフック形状の三次曲線を新しいコピーに追加します。ネイティブの曲線形状、対応する既存の電荷記号の関連付け、ソースの保持を確認します
chemdraw_identify	オフラインで厳密にSMILES／標準InChIを検査し、グラフの概要、変換の利用可否、正規化に関する警告を表示します
chemdraw_resolve	明示的にオプトインしたPubChemの名称／CAS候補検索を、出典情報と検証情報付きで行います。自動選択は行いません
chemdraw_list_reactions	レビュー済みの名称付き反応テンプレート162件を、基質／反応相手のヒントと一般的な条件とともにオフラインで一覧表示します
chemdraw_propose_products	明示的なSMILESに対する名称付き反応1件の生成物候補をオフラインで提示します。異なる生成物をすべて、分子式／質量の差分とともに表示します。描画も選択も行いません
chemdraw_lookup_reagent	精選された試薬、塩基、配位子、触媒、溶媒約190件をオフラインで検索し、表示名、役割、SMILES、別名を返します
chemdraw_read_reaction	既存のCDXML反応スキーム（テキストまたはパス）を読み取り、反応物、試薬、生成物、反応SMILES、条件テキストに変換します。役割の推定結果はレビュー用です
chemdraw_import_style	読み取り専用でローカルのスタイルを抽出し、検証済みプリセット、ソースハッシュ、デフォルト値、未適用プロパティのレポートを返します
chemdraw_scan_scope	精選された基を使用し、対応する置換済み親構造およびヘテロ芳香族親構造上の、明示的にマッピングされた部位をスキャンします
chemdraw_build_reaction	明示的な反応物／生成物と指定条件を用いて、ネイティブ形式の1段階の反応行を作成し、測定に基づく所有関係／レイアウト検査を行います
chemdraw_inspect_symbols	対応する原子／記号の一覧、形状、現在のソーストークンのスナップショットを取得します
chemdraw_add_symbols	範囲を限定した配置によって、明示的に要求されたグラフィカルな点または既存の形式電荷記号を新しいコピーに追加します
chemdraw_propose_scope	オフラインで、マップに基づく標準的な芳香族候補を、相対ラベル、根拠、null収率とともに提示します。描画や反応予測は行いません
chemdraw_draw_structures	MOLシード、ネイティブのインポート／整形、任意の明示的な足場に基づく剛体整列、測定済みグリッドを使用し、明示的なSMILES／ラベルレコードからネイティブ図面を作成します。名称検索やコアの自動推定は行いません
chemdraw_import_file	ローカルのCDXML、CDX、MOL、SDFのプライベートコピーを開きます
chemdraw_create_document	呼び出し元が指定したCDXMLを、新しい作業ファイルとして開きます
chemdraw_clean	リカバリ用バックアップを作成し、単一分子またはドキュメント全体をネイティブに整形します。対象を編集します
chemdraw_apply_style	houseまたはacs-1996のスタイルを適用したコピーを作成します。座標のスケーリングは行いません
chemdraw_export	ネイティブ形式のCDXML、CDX、SVG、PDFをエクスポートします。PNGはネイティブSVGから作成します
chemdraw_close_working_document	このサーバーセッションが開いたドキュメントのみをバックアップして閉じます
chemdraw_list_styles	数値形式のプリセット設定を返します
CLI と MCP の両方で、同じワークフロー実装を呼び出します。使用方法とレシピのリファレンス

対応範囲と安全性

• Polish がサポートするのは、平坦な単一ページの分子描画のうち、保守的に限定されたサブセットです。グループ、ネストされた略記、クエリ、ポリマー、拡張立体化学は推測で処理せず、拒否します。
• 正の一様スケーリングでは、各分子の結合長の中央値を正規化します。既存の向きは維持されます。これによって分子の幅がすべて同じになるわけではなく、すべての結合角が修正されるわけでもありません。
• 行レイアウトでは、キャプションと条件の所有関係を明示する必要があります。割り当てられていない通常のテキストは拒否し、ラベルの所有関係を推測することはありません。
• Polish は、ネイティブの「構造をクリーンアップ」を自動実行しません。クリーンアップによって向きや描画が変わる可能性があるため、別の処理として実行します。
• 類縁体の編集では、原子の追加・削除、立体中心の変更、潜在的な立体化学の生成・削除、電荷または同位体を持つ対象原子の変更は行いません。新しい名前の推測や衝突の修正も行いません。
• スコープグリッドで扱えるのは、サポート対象のフラグメントと、所有関係が明示されたキャプションを含む、物理的に1ページの範囲です。反応、任意のテキスト、ネストされたグループ、ネイティブの記号グラフィックはサポートされません。形式電荷の単純な原子属性はサポートされますが、一般的な電荷記号の配置はサポートされません。
• バッチエクスポートで受け入れられるのは、サポート対象の平坦な CDXML と、範囲を限定した注釈のサブセットです。スタイルやレイアウトの変更は行いません。全矢じり・半矢じりの三次曲線と、明示的に関連付けられた円付き電荷は検証されます。不明なグラフィックは引き続きサポートされません。ChemDraw が推定する反応スキームは、化学的に検証済みではありません。
• 注釈でサポートされるのは、既存の円付き電荷グラフィックと、単一の三次電子流曲線を含む、別途定義された限定サブセットです。明示的な参照はレシピに属し、ネイティブの移動する関連付けを保証するものではありません。別の記号ワークフローでは、化学構造やラジカル状態を編集せずに、サポート対象のグラフィック上の点・電荷を追加します。機構の自動推定は行いません。
• オフラインのスコープ提案ツールは、厳選されたグループのみを、サポート対象のマッピング済み親構造に結び付けます。これによって、既存の ChemDraw ドキュメントで任意の原子を追加・削除できるようになるわけではなく、反応との適合性が保証されるわけでもありません。
• draw は明示的なグラフから新しい構造を作成し、ネイティブのクリーンアップを使用して、最初のネイティブインポートのページ設定を維持します。正のスケール正規化と、互いに重ならない一様なステージングセルを適用してからネイティブ合成を行い、その後、測定に基づいてグリッドへの適合性を検証します。このツールはカスタム用紙サイズを作成しません。オプションの円付き電荷の仕上げ処理では、別の記号検証ツールを使用します。基盤となるグリッドでは、一般的な分子グラフィックは引き続き拒否されます。
• 化学的な検証はネイティブエクスポート後に行われます。字形の衝突、電荷の配置、ソースの正確性、サポートされない化学構造については、引き続き確認が必要です。
• 既存の出力パスは拒否されます。Draw は新しい非公開の構造を作成します。インポート、polish、類縁体の編集、グリッド、注釈、バッチエクスポートでは作業用コピーを使用します。明示的な低レベルのクリーンアップでは、バックアップを作成してから対象を編集します。
• バックアップはローカルに保存され、化学データを含みます。ネットワークの使用が許可されている場合に限り、明示的な resolve 呼び出しから PubChem にクエリを送信します。それ以外のワークフローはローカルで実行されます。接続された AI クライアントには、それぞれ別のプライバシーポリシーが適用されます。
• 更新された CLI/MCP クライアントは、ネイティブの作業用コピーのワークフローを含め、ユーザーごとのプロセスロックを共有します。競合する呼び出しは最大2秒間待機し、その後、ネイティブ処理を実行せずにビジー状態を返します。手動での GUI 編集、古いクライアント、その他の自動化ソフトウェアはこのロックを順守しません。調整の仕様
• AppleEvent のタイムアウトでは処理結果が不明なため、自動的に再試行されません。再試行する前に ChemDraw を確認してください。
• 生の AppleScript、任意のメニュー、クリップボード、終了のためのツールは公開されていません。ネイティブコマンドは許可リストで制限されており、制約のない分子編集は実装されていません。

開発と来歴

uv sync --locked --extra chemistry
uv run --extra chemistry pytest
CHEMDRAW_LIVE_TEST=1 uv run --extra chemistry pytest tests/test_live.py tests/test_scope_live.py tests/test_batch_live.py tests/test_annotations_live.py tests/test_draw_live.py -vs

ネイティブテストはオプトイン方式であり、ライセンス済みのアプリケーションが利用可能である必要があります。コントリビューションと検証

ジオメトリレイヤーは、Michael Leitch 氏の MIT ライセンスの live-chemdraw-mcp から Box、find_overlaps、grid_positions を取り入れています。Windows COM ブリッジは使用していません。サードパーティに関する通知、固定した上流ソース、調査、ロードマップを参照してください。

オフライン識別子については識別子の仕様に記載しています。別途オプトイン方式の PubChem インターフェースについては、リゾルバーの仕様に記載しています。ネイティブの名前から構造への変換では、PubChem リゾルバーではなく ChemDraw の検索機能を使用します。レイアウトとワークフローに関する調査には、スコープグリッドの背景と今後の改善点を記録しています。インターフェースについてはこの README と使用方法のリファレンスを参照し、実際の検証結果についてはプロジェクトの進捗を参照してください。

ライセンスとコラボレーション

オリジナルのプロジェクトコードはMIT ライセンスの下で利用できます。著作権および保証に関する通知もご確認ください。商用利用と非商用利用が認められています。複製物には著作権表示と許諾表示を付記してください。これは、ユーザーの図面や研究成果、また MCP 経由で接続するすべての独立したクライアントに自動的にライセンスを付与するものではありません。

コントリビューションを歓迎します。別の Mac／ChemDraw バージョンでのテスト、再現可能な描画問題の報告、再配布可能なサンプルの共有、焦点を絞ったプルリクエストの送信などにご協力ください。まずはCONTRIBUTING.mdをご確認ください。機密性の高い構造や独自のアセットはアップロードしないでください。Marco DeCorti 氏の視覚的な指針と上流の作者による貢献は、引き続きクレジット表示されています。

引き継がれた上流ライセンスは、それぞれに該当するコードに引き続き適用されます。ChemDraw はプロプライエタリソフトウェアであり、それぞれの所有者の商標です。このプロジェクトは、ChemDraw のベンダーと提携しておらず、承認も受けていません。オープンソースとして公開されていることは、安定版のリリースや、文書化されたテストを超える互換性を保証するものではありません。