Infercnv-MCP

Infercnv-MCP

MCP を通じて infercnvpy を使用し、scRNA-Seq データからコピー数変異（CNV）を推定するための自然言語インターフェースです。

🪩 何ができますか？

• scRNA-Seq データの読み書きと遺伝子位置の読み込みを行う IO モジュール
• 近傍計算とデータ準備を行う前処理モジュール
• CNV 推定と cnv スコア計算を行うツールモジュール
• 染色体ヒートマップ、UMAP、t-SNE の可視化を行うプロットモジュール

❓ 対象ユーザー

• 自然言語を使用して scRNA-Seq データから CNV を推定したい研究者
• CNV 解析をアプリケーションに統合したいエージェント開発者

🌐 利用方法

MCP をサポートするほとんどの AI クライアント、プラグイン、エージェントフレームワークで infercnv-mcp を使用できます。

• Cherry Studio などの AI クライアント
• Cline などのプラグイン
• Agno などのエージェントフレームワーク

📚 ドキュメント

scmcphub のドキュメント一式は https://docs.scmcphub.org でご覧いただけます。

🏎️ クイックスタート

インストール

PyPI からインストールします

pip install infercnv-mcp

次のコマンドを実行してテストできます

infercnv-mcp run

infercnv-mcp をローカルで実行する

MCP クライアントで次の設定を参照してください。

パスを確認します

$ which infercnv 
/home/test/bin/infercnv-mcp

"mcpServers": {
  "infercnv-mcp": {
    "command": "/home/test/bin/infercnv-mcp",
    "args": [
      "run"
    ]
  }
}

infercnv-server をリモートで実行する

MCP クライアントで次の設定を参照してください。

サーバーで実行します

infercnv-mcp run --transport shttp --port 8000

次のように MCP クライアントを設定します。

http://localhost:8000/mcp

🤝 貢献

ご不明な点がありましたら、issue を提出するか、私（[email protected]）までお問い合わせください。コードへの貢献も歓迎します。

引用

infercnv-mcp を研究で使用する場合は、次の成果を引用してください。

https://github.com/icbi-lab/infercnvpy