labmate-mcp

labmate-mcp は、Claude と科学データベース、計算化学ツール、実験台で役立つリファレンス、執筆支援ツールを接続する MCP サーバーです。これひとつのインストールで、研究のワークフロー全体をカバーできます。

🚀 クイックスタート

pip install labmate-mcp

次に、これを Claude の設定に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "labmate": {
      "command": "labmate-mcp"
    }
  }
}

{
  "mcpServers": {
    "labmate": {
      "command": "labmate-mcp"
    }
  }
}

docker build -t labmate-mcp .
docker run -it labmate-mcp

Claude を再起動してください。81 個のツールのうち 61 個は、すぐに使えます — API キーは不要です。

ヒント

逆合成、pKa 予測、NMR 化学シフトを利用するには、labmate-mcp --setup を実行して無料の API キーを追加してください。

💬 これは何に使えますか？

Claude に自然な言葉で話しかけるだけです：

🔧 ツールリファレンス

📚 文献・研究探索 — 15個のツール

複数のデータベースを横断して論文を検索し、引用ネットワークを調べ、オープンアクセスの PDF を見つけ、研究動向を追跡します。

化合物を名前、SMILES、または分子式で検索できます。安全性データ、結合親和性、結晶構造などを取得できます。

⚗️ 計算化学 — 11 個のツール

AI を活用した逆合成、順方向反応予測、pKa、溶解度、ADMET、NMR 化学シフト予測。

🧬 ペプチド化学 — 10 個のツール

450 種類以上のアミノ酸に対応した配列から SMILES への変換、環化、ライブラリ生成、pI 計算、MS/MS 解釈。

日常的に使える実験室用計算ツールと、名称反応、保護基、溶媒、後処理プロトコルなどを網羅したリファレンスライブラリです。

🔧 化学ユーティリティ — 5 ツール

✍️ 執筆・出版 — 10 ツール

Claude 内から、引用文献の書式設定、参考文献リストの作成、実験セクションのテンプレート生成、ジャーナルの要件確認、SI の準備をすべて行えます。

📖 使用例

文献調査のワークフロー

You:    "Find the 5 most cited papers on photoredox catalysis from 2020–2024"
Claude: [returns papers ranked by citations with abstracts and TLDRs]

You:    "Who cited paper #2? What topics did they focus on?"
Claude: [shows forward citation graph with context snippets]

You:    "Is there a free PDF for paper #3?"
Claude: [finds a legal open access link via Unpaywall]

You:    "Generate BibTeX for all 5"
Claude: [outputs formatted BibTeX entries]

合成計画

You:    "I want to make 4-methoxybiphenyl from 4-bromoanisole"
Claude: [suggests Suzuki coupling, gives conditions and literature precedent]

You:    "Calculate amounts for a 200 mg scale, 5 mol% catalyst"
Claude: [returns exact mg for every reagent and solvent volume]

You:    "What's a good workup?"
Claude: [aqueous workup protocol with solvent, drying agent, and column conditions]

反応開発

You:    "I have a new C–H activation — how do I figure out the mechanism?"
Claude: [suggests KIE, radical clocks, Hammett, Stern–Volmer, and computational approaches]

You:    "Walk me through optimisation"
Claude: [covers DoE vs one-variable-at-a-time, green metrics, solvent screening]

You:    "How do I prove this is catalytic, not stoichiometric?"
Claude: [mercury drop test, hot filtration, TON benchmarks, nonlinear effects]

論文の執筆

You:    "Format these 12 DOIs as an ACS bibliography"
Claude: [numbered reference list in ACS style]

You:    "Give me an experimental template for a Sonogashira"
Claude: [fill-in-the-blank procedure with safety notes]

You:    "What SI do I need for a small molecule paper?"
Claude: [checklist with ¹H/¹³C NMR, HRMS, mp, HPLC, formatting tips]

You:    "I'm submitting to Angew — what are the requirements?"
Claude: [word limits, abstract format, citation style, graphical abstract specs]

⚙️ 設定

API キーを追加する最も簡単な方法：

labmate-mcp --setup

各キーの設定を案内し、~/.labmate-mcp.env に保存します。labmate を使用するたびに自動的に読み込まれます。

すべてのキーは任意です。 81 個のツールのうち 61 個は、設定なしで動作します。

{
  "mcpServers": {
    "labmate": {
      "command": "labmate-mcp",
      "env": {
        "RXN_API_KEY": "your-rxn-key",
        "ROWAN_API_KEY": "your-rowan-key",
        "UNPAYWALL_EMAIL": "[email protected]"
      }
    }
  }
}

RXN_API_KEY=your-rxn-key
ROWAN_API_KEY=your-rowan-key

🗄️ 内蔵データベース

以下のすべてが labmate に同梱されています。API 呼び出しもインターネット接続も必要ありません。

🏗️ アーキテクチャ

labmate_mcp/
├── server.py       5,248 lines   81 MCP tool definitions + response formatting
├── bench.py        4,714 lines   Calculators + reference databases
├── apis.py         1,744 lines   HTTP clients for 25+ scientific APIs
├── writing.py      1,488 lines   Citations, templates, journal guides, SI, thesis
├── chemistry.py      572 lines   Isotope patterns, CAS, units, periodic table, pH
├── peptide.py        384 lines   p2smi + pichemist + pep-calc.com integration
└── __init__.py         4 lines   Version
                  ──────────────
                  14,154 lines

🤝 コントリビューション

コントリビューションを歓迎します！詳細はCONTRIBUTING.mdをご覧ください。

影響の大きい分野：有名反応、実験テンプレート、ジャーナルガイドの追加、テスト、バグ報告。

📄 ライセンス

MIT — 学術機関および産業界で自由にご利用いただけます。

• 反応開発チェックリスト — Kerr, M. A.; Jenkinson, M. A.; Sheridan, H.; Sparr, C. Chem. Soc. Rev. 2025. doi:10.1039/D4CS01046A
• p2smi — Feller, A. JOSS 2025, 10, 8319. doi:10.21105/joss.08319
• pichemist — Trastoy, B. et al. J. Chem. Inf. Model. 2023. AstraZeneca/peptide-tools
• OpenAlex — Priem, J.; Piwowar, H.; Orr, R. arXiv:2205.01833 (2022)