WildDatum

WildDatum

WildDatum は、標準の Model Context Protocol サーバーとして公開される、ローカルファーストの生態学データワークベンチです。Codex、Claude、その他の MCP エージェントが、認証情報、プライベートパス、数百万行のデータをモデルのコンテキストに入れることなく、科学データを検出、具体化、クエリ、可視化、選択、引用できます。

NEON と、EMSO ERIC、ICOS Carbon Portal、Euro-Argo/Ifremer の公開 ERDDAP サービスを、組み込みのリモートプロバイダーとして利用できます。ローカルの表形式、ラスター、ベクター、点群、画像、ハイパースペクトル、N 次元配列のソースでも、プロバイダーに依存しない同一のマニフェスト、クエリ、ビュー、選択、来歴モデルを使用します。

「この NEON LiDAR タイルとハイパースペクトルキューブを比較してください。並べて表示し、個々のリターンまたは画像ピクセルを選択して、その選択の基になった正確なソースポイントまたはスペクトルをクエリできるようにしてください。」

Rerun Web Viewer を使用した、実際の WildDatum ブラウザーセッションです。660 万ポイントの NEON LAS タイル、500×500×107 の反射率キューブ、変更不可能な来歴情報に加え、選択範囲を LAS ソースの 2,543,044 行目に対応付けた検証済みデータを表示しています。

人間とエージェントのループ

scientific question
    → discover products, sites, and local assets
    → construct and approve a reproducible data plan
    → materialize immutable, checksum-verified sources
    → query and render a bounded multimodal Rerun view
    → human clicks, brushes, filters, or selects
    → WildDatum records that interaction as scientific state
    → agent queries the exact selected source data
    → export results, transformations, provenance, and citation

可視化は、モデルが確認するためだけの画像ではありません。EcoViewSpec は信頼できるビュー状態であり、SemanticSelection は信頼できるインタラクション状態です。Rerun の記録は再生成可能なレンダリング成果物です。検証済みの WildDatum ポイントバッチでは、インスタンスのピックを正確な LAS/LAZ ソース行に対応付けます。マッピング済みキューブでは、画像のクリック位置を完全なソーススペクトルに対応付けます。リンクされた軌跡や鉛直プロファイルでは、地図またはプロファイル上のポイントを、プロバイダー固有の QC 値も含めて、正確な物理 CSV/TSV、Parquet、または Arrow レコードに対応付けます。

アルファ版で利用できる機能

• Codex および Claude Code に登録できる、通常の MCP 2026-07-28 stdio サーバー。
• 公開 NEON カタログの検出に加え、再現可能な計画、承認、バックグラウンドでの具体化、チェックサム、リリース、ライセンス、引用の処理。
• 公開 EMSO、ICOS ERDDAP、Euro-Argo のカタログ検出に加え、検証済みの tabledap/griddap サブセット、リダイレクトを考慮した承認、ストリーミングによる具体化、ライセンス、引用、ライブソースの来歴情報。
• ストリーミングフィンガープリントと、エージェント向けの不透明なデータセット ID を使用する、帯域外のローカルインポート。
• Arrow/DataFusion による表形式クエリ、空間ラスター／ベクタークエリ、インデックス付き COPC 読み取り、上限付き HDF5/NetCDF/Zarr N 次元スライス。
• テーブル、画像、GeoTIFF、ベクター、LiDAR、マッピング済み科学キューブ、リンクされた地理軌跡／鉛直プロファイルに対応する、ネイティブおよびブラウザーでの Rerun ビュー。
• 来歴にリンクされたソースクエリに変換でき、該当する場合は CSV、Parquet、COG、または RO-Crate としてエクスポートできる、永続的な人間による選択。
• 言語に依存しないコミュニティプロバイダーサブプロセスと、プロバイダーに依存しない v2 JSON-RPC コントラクト。RI のコントリビューターは、プロバイダー固有の MCP ツールを追加することなく、Rust、Python、R、Go、またはその他の言語で開発できます。

Alpha.3：リンクされた科学的ビュー

メインブランチで、既存のローカルデータセットまたはマテリアライズ済みデータセットの科学的構造を、プライベートなパスを公開せずに調査できるようになりました。

wilddatum inventory ds_...
wilddatum suggest-views ds_lidar... ds_cube...
wilddatum create-suggested-view suggest_... ds_lidar... ds_cube...
wilddatum resolve-selection-links sel_...

対応する登録済み MCP ツールは inspect_scientific_inventory と suggest_views です。create_view_from_suggestion は、これらのツールが返す不透明な提案 ID を受け取り、resolve_selection_links は人間が選択した後に適用可能なルールを評価します。インベントリには、上限付きのフィールド、配列、軸、単位、CF/QC 関係、根拠、未解決の判断が含まれます。提案は、承認されるまで決定論的で副作用を伴いません。承認時に WildDatum は提案を再計算し、クライアントが独自に作成した ID を拒否して、明示的な科学パネル、エンコーディング、バージョン管理されたリンクルールを含む EcoViewSpec v2 を永続化します。既存の v1 ビューも引き続き読み取り可能です。

公式の NEON 教育用ペアでは、WildDatum は測定された 107 の波長を読み取り、650／550／450 nm に最も近いバンドを選択して、3D 点群＋RGB＋スペクトルのワークスペースを最上位にランク付けします。キューブのピクセル → スペクトルは正確なリンクとして示されます。WildDatum は LAS の WKT／GeoKey CRS メタデータと、HDF5 の EPSG、Map_Info、空間範囲、スケール係数、NoData 値も抽出します。教育用キューブの Map_Info の原点は、宣言された反射率範囲と 500 m のずれがあり、そのフットプリントは教育用 LAS タイルと重なりません。そのため、近接性を位置合わせとみなしてしまうのではなく、このペアでは点 → 画像ピクセルを正しく利用不可のままにします。

承認された点群＋スペクトルキューブのビューは、手動で作成したビューと同じ固定バージョンの Rerun アダプターおよびブラウザーエクスプローラーを通じて描画されます。ブラウザーには、ビュー仕様のバージョンとパネル／リンク数が表示されます。キューブのピクセルを選択すると、その正確な波長対応スペクトルが、選択内容とリンクルールを来歴に含む永続的な結果として自動的にマテリアライズされます。利用できないリンクルールは構造化された状態として表示されたままになり、推測による操作に変わることなく、結果も作成しません。ビューのリビジョンが変更された後の古い選択内容は、リンク評価で拒否されます。

権威ある CRS が同一で、内部的に一貫した北向きのアフィン変換があり、フットプリントが重なっているデータセットでは、正確な点選択から元のキューブピクセルを導出し、波長対応の完全なスペクトルへ直ちに連鎖できるようになりました。導出されたピクセル、両方のリンク判断、スペクトル結果は、通常の MCP、CLI、ブラウザーインターフェイスから引き続き確認できます。

解決後、ブラウザーは権威あるビューを完全な Rerun 記録として再生成します。この記録には、マゼンタ色の元ピクセル／導出ピクセルのマーカーと、リンクされた波長／値の系列がスペクトルパネル内に表示されます。構造化された選択内容と結果の来歴が引き続きオーバーレイを制御します。ブラウザーはキャンバスの座標からオーバーレイを再構築しません。

リンクされた軌跡／プロファイルビューでは、CSV、TSV、Parquet、GeoParquet、Arrow IPC、Feather のソースを受け付けるようになりました。1 つのマップで、QC 対応の値プロファイルを最大 8 件まで制御できます。深度／圧力／高さの範囲を両端を含めて指定し、プロファイルごとのポイント数を決定論的に制限することで、表示負荷を軽減します。また、透明なソーススロットにより、表示形式を問わず、正確な Rerun インスタンス → 物理レコードの対応関係が保たれます。

詳しいサポート内容と注意事項については、形式マトリックスをご覧ください。設計上の境界はアーキテクチャと実装上の判断に記載されています。計画中の研究インフラ、可視化、デプロイに関する作業は、公開されているロードマップで追跡できます。

インストールして動作を確認する

アルファ版には、自己完結型の macOS ユニバーサル版および Linux x86-64 パッケージが含まれています。Rust、Node.js、CMake、または別途 Rerun をインストールする必要はありません。

curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/krnzt/wilddatum/v0.1.0-alpha.3/scripts/install.sh | sh

インストーラーはリリースの SHA-256 を検証し、デフォルトでは ~/.local 以下にインストールして、wilddatum setup を実行します。別のプレフィックスを指定するには、WILDDATUM_INSTALL_DIR を設定します。~/.local/bin が PATH に含まれていない場合は、続行する前に追加してください。

既存の EcoScope アルファ版インストールも引き続き読み取り可能です。WildDatum は、対応する WildDatum の設定が存在しない場合、従来の ECOSCOPE_DATA_DIR、ECOSCOPE_CACHE_DIR、ECOSCOPE_WEB_DIST、デフォルトのアプリケーションデータディレクトリ、および NEON キーチェーンエントリを使用します。また、ユーザー所有のファイルを上書きせずに済む場合は、インストーラーが ecoscope コマンドのエイリアスも残します。

再現可能な LiDAR + ハイパースペクトルのデモを作成し、同梱の Rerun ブラウザービューアーで開きます。

wilddatum demo synthetic

生成される LAS および HDF5 ファイルは、ユーザーデータと同じインポート、マニフェスト、キューブマッピング、Rerun 記録、選択クエリの各処理を通ります。ネットワーク接続や認証情報は必要ありません。オプトイン方式の NEON 公式教育用データのデモも利用できます（約 224 MiB）。

wilddatum demo neon --accept-download

通常の MCP サーバーを登録する

WildDatum は、公式 MCP レジストリに io.github.krnzt/wilddatum として公開されています。また、通常のローカル stdio サーバーでもあります。Codex、Claude Code、および互換性のあるホストは、同じ wilddatum mcp プロセスを起動して、そのツールを検出します。

wilddatum register codex
wilddatum register claude

どちらの登録コマンドも安全に繰り返し実行でき、既存の WildDatum エントリは保持されます。MCPB パッケージをインストールするホストやレジストリ向けに、プラットフォーム固有の MCPB バンドルがすべてのリリースに添付されています。

同等のホストコマンドは次のとおりです。

codex mcp add wilddatum -- /absolute/path/to/wilddatum mcp
claude mcp add --scope user wilddatum -- /absolute/path/to/wilddatum mcp

汎用 MCP 設定：

{
  "mcpServers": {
    "wilddatum": {
      "command": "/home/you/.local/bin/wilddatum",
      "args": ["mcp"]
    }
  }
}

登録後、ホストは他のローカル MCP サーバーと同様に WildDatum を起動し、プロトコルをネゴシエートしてツールを検出し、大量の科学データファイルではなく、上限のある構造化結果を受け取ります。

ローカルの科学データファイルを使用する

wilddatum import examples/observations.csv
wilddatum datasets
wilddatum preview ds_... --limit 20
wilddatum create-view --name "Site comparison" ds_...
wilddatum open view_...

ローカルパスはターミナルで選択し、MCP の引数として渡すことはありません。非公開の SQLite レジストリにはソースパスが保持され、エージェントには不透明な ID、チェックサム、表示名、科学的メタデータ、来歴が渡されます。同じパスで、形式一覧に記載されたラスタ、ベクター、点群、画像、キューブ形式を扱えます。

リンクされた軌跡と鉛直プロファイル

プロファイル／軌跡のレンダリングは、プロバイダー固有のレンダラーではなく、通常の CSV、TSV、Parquet、GeoParquet、Arrow IPC、または Feather データに対する検証済みレシピです。まず、再現可能なデモをローカルで実行します。

wilddatum demo profile-trajectory

ローカルでのインポートでも、マテリアライズされた ERDDAP テーブルでも、エージェントのワークフローは同じです。

user imports a compatible local table, or agent materializes a provider subset
  → create_view
  → configure_profile_trajectory_view
  → open_view
  → human selects a map or profile observation
  → inspect_view
  → query_selection
  → exact source record with native identifiers, values, units, and QC

このレシピでは、軌跡／プロファイルの識別子、時刻、経度、緯度、鉛直座標とその方向、主表示値 1 つと任意の追加表示値、単位、フィル値、受け入れるネイティブ QC コードを明示的に指定します。包含的なソース座標の鉛直範囲や、プロファイルごとの表示数の上限も適用できます。WildDatum は正確な行マッピングを作成する前に、これらのフィールドをソースと照合して検証します。ブラウザーからソースインデックスを信頼済みとして宣言することはできず、サンプリングによってソースインスタンスのスロットが変わることもありません。

Rerun Web Viewer に表示した、同梱の合成プロファイルデモです。選択されたプロファイル観測値は、その Rerun エンティティ、インスタンス、マッピング種別、固定バージョンのみを含む rows 選択として永続化されます。サービスは、そのインスタンスを元の区切り形式のソース行に個別に解決します。

NEON

メタデータの検出に認証情報は不要です。正確なファイル計画とダウンロードには、モデルコンテキストの外部に保存された NEON API トークンを使用します。

./target/release/wilddatum connect-neon

プロンプトにトークンが表示されることはありません。WildDatum はトークンをオペレーティングシステムのキーチェーンに保存し、X-API-Token ヘッダーでのみ上流に送信します。ヘッドレスシステムでは、シークレットマネージャーを通じて NEON_API_TOKEN を渡すことができます。

wilddatum doctor は、非対話型のキーチェーンプローブに時間制限を設けます。neon_connected: null と neon_credential_probe: "timed_out" の結果は、オペレーティングシステムが準備状況プローブに応答しなかったことを意味します。保存された認証情報が公開されたり、消去されたりしたわけではありません。

公開 ERDDAP インフラストラクチャ

通常の登録済み MCP は、NEON やコミュニティプロバイダーに使用するものと同じツールを通じて、認証情報不要の公開プリセットを 3 つ提供します。

プロバイダー ID	公開対象	境界
emso	EMSO ERIC ERDDAP	連携された公開データセットです。承認済みのリダイレクトチェーンによって、データを返す地域サーバーが特定されます
icos-erddap	ICOS Carbon Portal ERDDAP	公開 ERDDAP のみが対象です。認証が必要な Carbon Portal オブジェクトは、別途予定されている統合の対象です
euro-argo	Ifremer ERDDAP	カタログ検索は、共有サービス上の Argo／Euro-Argo データに限定されます

エージェントは認証情報なしで search_catalog と inspect_resource を呼び出し、その後、型付きのテーブル部分集合を構築できます。

{
  "provider": "emso",
  "resource_id": "OBSEA_seabed_station_TS_L1c",
  "variables": ["time", "TEMP", "TEMP_QC"],
  "temporal_start": "2025-01-01T00:00:00Z",
  "temporal_end": "2025-01-02T00:00:00Z",
  "provider_options": {
    "protocol": "tabledap",
    "output_format": "csv",
    "constraints": [
      {"variable": "TEMP_QC", "op": "eq", "value": 1}
    ]
  }
}

これが plan_materialization への入力です。計画時にデータセットがダウンロードされることはありません。WildDatum は ERDDAP の info メタデータに照らして各変数を検証し、中立的な時間範囲を tabledap 用の time 制約に変換し、正確なリダイレクトチェーンを検証して、承認用の URL を 1 つ返します。返されたハッシュを指定して approve_plan を呼び出し、その後 materialize_dataset を呼び出してください。保存されたオブジェクトには BLAKE3 ダイジェストに基づく名前が付けられ、マニフェストにはデコード済みクエリ、リダイレクトチェーン、ETag、Last-Modified 値、アクセス時刻、サーバーバージョン、グローバル属性、変数レベルの CF 属性、ライセンス、引用情報が保持されます。ダウンロードは設定可能なハードバイト上限（デフォルトは 512 MiB）を設けてストリーミングされ、失敗した部分データや上限を超えた部分データは削除されます。

グリッド部分集合では protocol: "griddap" と明示的な配列を使用します。各軸には整数インデックスまたは ERDDAP の値座標を指定できます。

{
  "protocol": "griddap",
  "output_format": "netcdf",
  "arrays": [{
    "variable": "temperature",
    "slices": [
      {"start": "0", "stop": "23", "stride": 1},
      {"start": "10", "stop": "30", "stride": 2}
    ]
  }]
}

ERDDAP の部分集合は固定リリースではなく、都度生成される結果です。承認時には通常、ファイルサイズが不明なため、変数、行数、時間、グリッド軸を慎重に制限してください。マテリアライズすると、返された正確なバイト列がローカルに固定されます。同じ上流クエリを後で繰り返しても、チェックサムが異なる場合があります。

WildDatum の登録済み stdio MCP を通じて実行された実際の EMSO ワークフローです。plan_materialization → approve_plan → materialize_dataset → create_view → render_view。ブラウザーには、公開 OBSEA 温度チャンネルとネイティブ QC チャンネル、再生成可能な EcoViewSpec、構造化されたエージェントコンテキストとして返される選択イベントが表示されています。

多次元データ

WildDatum は、科学的な意味を曖昧に推測することなく、キューブ配列の目録を作成します。X、Y、スペクトル軸が明確な場合は、一般的な NEON の反射率規約が推定されます。それ以外の場合は、マッピングを明示し、改訂ごとに管理します。

./target/release/wilddatum configure-cube view_... \
  --layer-id layer_1 \
  --cube-array /SITE/Reflectance/Reflectance_Data \
  --y-axis 0 --x-axis 1 --spectral-axis 2 \
  --wavelength-dataset /SITE/Reflectance/Metadata/Spectral_Data/Wavelength \
  --red-band 14 --green-band 9 --blue-band 5

プロバイダーに依存しない MCP での同等機能は configure_cube_view です。

コミュニティプロバイダー

保守対象のリモートプロバイダーは組み込みですが、このアーキテクチャは 特定の機関に限定されません。信頼できる 言語に依存しないプロバイダー実行ファイルを、次の方法でインストールできます。

./target/release/wilddatum provider install ./my-provider.json
./target/release/wilddatum provider list

インストール時にはプロトコルハンドシェイクを実行し、プロバイダーの識別情報、 機能、応答の上限、宣言された HTTPS オリジンを検証します。プロバイダー実行ファイルは 信頼されたローカルコードであり、サンドボックス化されたプラグインではありません。また、 認証情報の値を受け取ることはありません。ワイヤーコントラクト、適合性フィクスチャ、 セキュリティモデルの詳細については、プロバイダー SDKを参照してください。正規の DatasetRequest v2および プロバイダーマニフェスト v2スキーマにより、 RI 固有の名前はアダプター内に保持される一方、plan_materializationによってプロバイダー間で 1 つの型付き MCP 入力が公開されます。

既知の制限事項

• 現在、WildDatum はローカル stdio MCP のみです。リモート Streamable HTTP と OAuth は まだ実装されていません。
• macOS のアルファ版実行ファイルは Apple による公証を受けていません。macOS では 初回起動時に明示的な承認が必要になる場合があります。リリースチェックサムは引き続き アーティファクトの完全性を保護します。
• ブラウザーエクスプローラーでは、ソフトウェアと CI の確実なサポートのために、Rerun の WebGL レンダラーを使用します。 ネイティブの Rerun は、非常に大きなシーンにおいて、より高い性能を発揮します。
• Rerun はエンティティ／インスタンスの選択イベントを公開していますが、すべてのビューに共通する 汎用ブラシプロトコルはありません。明示的な区間、マップ、ラスター、スペクトル、行の選択には、 同じ record_selection／query_selection パスを使用します。
• GeoParquet は正確な GeoDataFusion クエリをサポートしていますが、Rerun へのジオメトリの直接ログ記録には まだ対応していません。GeoPackage は現在、検査機能のみで、クエリアダプターはありません。
• WildDatum 由来の COPC インデックスは、フル解像度の空間アクセスを提供しますが、 プロバイダー品質のマルチ解像度階層はまだ含まれていません。
• 汎用 ERDDAP のプランニングでは、機関固有の観測所／位置の次元を推測したり、 任意のポリゴンを変換したりしません。型付きの tabledap 制約または griddap スライスを使用してください。 CF プロファイルのロールは保持されますが、科学的な値／QC ポリシーの選択は自動推測ではなく、 明示的なレシピとして指定する必要があります。
• リンクされたプロファイルのレンダリングでは、CSV/TSV、 Parquet/GeoParquet、Arrow IPC、Feather から最大 8 個の値を表示できますが、 100,000 行を超えるソースはストリーミングやタイル化をせずに拒否します。Rerun の 生値を使った 2D アスペクトでは、垂直方向の範囲が大きい場合、狭い値の範囲が 水平方向に圧縮されて見えることがあります。
• 純粋な Rust 製 NetCDF-3 アダプターでは、リーダーが現在サブセット I/O を提供しないため、 変数全体のデコードに上限を設けています。

開発

ソースからビルドするには、Rust 1.95、Node.js 22、CMake、および C/C++ コンパイラーが必要です。Linux では、キーリングアクセスにベンダー提供の静的 D-Bus クライアントを使用します。

git clone https://github.com/krnzt/wilddatum.git
cd wilddatum
npm --prefix viewer/web-bootstrap ci
npm --prefix viewer/web-bootstrap run build
cargo build --release
./target/release/wilddatum setup

完全な検証スイートを実行するには、次のコマンドを使用します。

cargo fmt --check
cargo clippy --workspace --all-targets -- -D warnings
cargo test --workspace
npm --prefix viewer/web-bootstrap run check
npm --prefix viewer/web-bootstrap run build
npm --prefix viewer/web-bootstrap exec -- playwright install chromium
npm --prefix viewer/web-bootstrap run test:e2e
npm --prefix viewer/web-bootstrap audit --omit=dev

オプトインの統合テストでは、公開されている NEON の教育用サブセットを検証します。対象は、 6,609,829 点の LAS タイルと、500×500×107 の HDF5 反射率キューブです。

curl -fL -o /tmp/neon-point-cloud.las https://ndownloader.figshare.com/files/7024955
curl -fL -o /tmp/neon-hyperspectral.h5 https://ndownloader.figshare.com/files/21754221
NEON_POINT_CLOUD_FIXTURE=/tmp/neon-point-cloud.las \
NEON_HYPERSPECTRAL_FIXTURE=/tmp/neon-hyperspectral.h5 \
cargo test -p wilddatum-rerun --test official_neon_fixtures -- --ignored

保守対象の ERDDAP プリセットには、オプトインのライブドリフトチェックもあります。3 つすべてのサービスを検索して 検査し、リダイレクトされた EMSO の小規模サブセットを実体化し、現在の Euro-Argo プロファイルを CF 検出、実体化、レシピ検証、Rerun レンダリングの各段階を通して制限付きで実行します。

cargo test -p wilddatum-provider-erddap --test live -- --ignored
cargo test -p wilddatum-provider-erddap --test argo_profile_smoke -- --ignored

Rust とブラウザーのビルド後にローカル MCPB およびアーカイブのアーティファクトをビルドするには、 scripts/package-release.sh target/release/wilddatum dist macos-arm64 darwinを実行してください （Linux ではlinux-x86_64 linuxに置き換えてください）。タグ用ワークフローでは、 両方の macOS アーキテクチャをビルドして結合し、Linux のリンクを検証し、チェックサム付きの リリースアセットを公開して、生成されたserver.jsonを GitHub OIDC を使って送信します。

プロジェクトの状況

WildDatum は、公開されたばかりの初期アルファ版です。科学データモデル、プロバイダーの契約、Rerun との境界は拡張を前提に設計されていますが、最初の安定版リリースまでに API やパッケージ構成が変更される可能性があります。

生態学の研究者、データスチュワード、研究インフラチーム、可視化の開発者、科学データ形式の専門家からの貢献を歓迎します。最初の共同作業には、代表的なメタデータのフィクスチャ、形式アダプター、選択セマンティクス、アクセシビリティ、再現可能な生態学のデモなどがあります。大規模なプロバイダーやビューアーの変更に着手する前に、CONTRIBUTING.md を読み、Issue を作成してください。

WildDatum は MIT ライセンスです。Rerun は MIT/Apache-2.0 ライセンスの下で使用されています。ビルド済みバンドルには、THIRD_PARTY_NOTICES.md に記載された必須の通知が含まれます。