Liana-MCP

Liana-MCP

MCP を通じて Liana を使用する、scRNA-Seq 解析のための自然言語インターフェースです。

🪩 何ができますか？

• scRNA-Seq データの読み込みや書き込みなどの IO モジュール
• 細胞間コミュニケーション手法
• 円形プロットやドットプロットなどの描画モジュール

❓ どのような方に向いていますか？

• 自然言語で scRNA-Seq 解析を行いたい方
• 自分のアプリケーションで Liana の関数を呼び出したいエージェント開発者

🌐 どこで使用できますか？

MCP に対応したほとんどの AI クライアント、プラグイン、エージェントフレームワークで Liana-mcp を使用できます。

• Cherry Studio などの AI クライアント
• Cline などのプラグイン
• Agno などのエージェントフレームワーク

🎬 デモ

Liana-mcp を使用して、AI クライアントの Cherry Studio で自然言語による scRNA-Seq 細胞クラスター解析を行うデモです。

https://github.com/user-attachments/assets/40fb5bd8-a166-4993-9979-3258ef6646a0

📚 ドキュメント

scmcphub の完全なドキュメントは https://docs.scmcphub.org でご覧いただけます。

🏎️ クイックスタート

インストール

PyPI からインストールします

pip install liana-mcp

次のコマンドを実行してテストできます

liana-mcp run

liana-mcp をローカルで実行する

MCP クライアントで次の設定を参照してください。

パスを確認します

$ which liana 
/home/test/bin/liana-mcp

"mcpServers": {
  "liana-mcp": {
    "command": "/home/test/bin/liana-mcp",
    "args": [
      "run"
    ]
  }
}

liana-server をリモートで実行する

MCP クライアントで次の設定を参照してください。

サーバー上で実行します

liana-mcp run --transport shttp --port 8000

次のように、ローカルの AI クライアントで MCP クライアントを設定します。

"mcpServers": {
  "liana-mcp": {
    "url": "http://localhost:8000/mcp"
  }
}

🤝 コントリビューション

ご質問があれば、issue を送信するか、私（[email protected]）までご連絡ください。コードへの貢献も歓迎します。

引用

研究で liana-mcp を使用する場合は、次の文献を引用してください。

Dimitrov D., Schäfer P.S.L, Farr E., Rodriguez Mier P., Lobentanzer S., Badia-i-Mompel P., Dugourd A., Tanevski J., Ramirez Flores R.O. and Saez-Rodriguez J. LIANA+ provides an all-in-one framework for cell–cell communication inference. Nat Cell Biol (2024). https://doi.org/10.1038/s41556-024-01469-w