Liftover MCP server

Liftover MCP サーバー

概要

この MCP サーバーは、liftover.broadinstitute.org で利用できる、Broad Institute の Liftover ツールへのプログラムによるインターフェースを提供します。

ステータス

🚧 現在、積極的に開発中です 🚧

このプロジェクトは現在、積極的に開発中です。機能や API は予告なく変更される場合があります。

依存関係

• uv
• mcp[cli]
• fastmcp
• beautifulsoup4
• selenium

ディレクトリ構成

+.
├── server.py            # Main FastMCP server entrypoint
├── liftover_api/        # Python package with tool logic and parsers
├── pyproject.toml       # Project metadata and dependencies
└── README.md           # Usage and documentation

セットアップと実行

MCP サーバーリストに MCP サーバーを追加する（Cursor）

{
    "mcpServers": {
      "liftover": {
        "command": "uv",
        "args": ["--directory", "where you cloned the repo", "run", "server.py"],
        "env": {}
      }
    }
}

MCP Inspector を実行する

# Install dependencies
uv sync

# Run MCP Inspector
uv --directory ./ run mcp dev server.py

MCP サーバーを実行する

# Install dependencies
uv sync

# Run the MCP server
uv run server.py

MCP ツールの仕様

ツール名

• liftover

入力パラメーターの例

パラメーター	型	必須	説明
chr	str	任意	染色体名（例："8" または "chr8"）
position	int	任意	単一の位置（例：141310715）
start	int	任意	区間の開始位置（例：141310715）
end	int	任意	区間の終了位置（例：141310720）
ref	str	任意	参照アレル（例："T"）
alt	str	任意	代替アレル（例："G"）
transcript	str	任意	転写産物 ID（例："NM_001089.3"）
c_dot	str	任意	c. 表記（例："c.875A>T"）
p_dot	str	任意	p. 表記（例："p.Glu292Val"）
from_genome	str	必須	変換元ゲノム（例："hg19"）
to_genome	str	必須	変換先ゲノム（例："hg38"）

• 各入力形式で必要なパラメーターのみを指定してください

入力例

• chr=8, position=141310715, from_genome=hg19, to_genome=hg38
• chr=8, start=141310715, end=141310720, from_genome=hg19, to_genome=hg38
• chr=8, position=141310715, ref=T, alt=G, from_genome=hg19, to_genome=hg38
• transcript=NM_001089.3, c_dot=c.875A>T, p_dot=p.Glu292Val, from_genome=hg19, to_genome=hg38

liftover.broadinstitute.org の指示に従ってください。

クレジット

このツールは Broad Institute の Liftover ウェブサービスを利用しています。座標変換機能はすべて同サービスによって提供されます。

このツールを使用する際は、Broad Institute を引用し、クレジットを明記してください。

元のサービスの詳細については、liftover.broadinstitute.org をご覧ください。

リリースノート

v0.1.0-alpha (2025-04-22)

基本機能を備えた初回のアルファリリースです：

• ✨ Liftover の基本機能を実装
• 🎯 単一位置の変換に対応
• 🎯 区間の変換に対応
• 🎯 バリアントの変換に対応
• 🎯 HGVS 表記の変換に対応
• 📚 基本的なドキュメントと使用例

ライセンス

この MCP サーバー自体は Apache License 2.0 の下でライセンスされています。詳細は LICENSE ファイルをご覧ください。

謝辞

• liftover.broadinstitute.org
• FastMCP