Nf-core tools MCP (Unofficial)

Nf-core tools MCP（非公式）

nf-core tools の機能で MCP の機能を試すためのリポジトリです。

概要

この MCP は、パイプラインとモジュール向けの nf-core tools にアクセスするためのツール群を提供します。

• nf-core テンプレートを使用してパイプラインを作成する
• nf-core モジュールを一覧表示する
• nf-core modules テンプレートを使用してモジュールを作成する
• 既存の nf-core モジュールをパイプラインまたはモジュールリポジトリにインストールする

テスト目的で、コマンドライン（cli）と Python パッケージから直接（python）ツールを実装しました。この 2 つの実装には、それぞれ別の MCP サーバーファイルがあります。

1. nf-core.test-server.cli.py
2. nf-core.test-server.python.py

インストール

• Claude Desktop App
• Uv
• nf-core tools

FastMCP をインストールして Claude Desktop で使用する

1. uv で venv を作成します：

uv venv

2. 環境を有効化します：

source .venv/bin/activate

3. 必要なパッケージを追加します：

uv add "mcp[cli]" nf-core

4. サーバーをインストールします

fastmcp install nf-core.test-server.cli.py ## CLI server
fastmcp install nf-core.test-server.python.py ## Python based server

Cursor にサーバーを追加する

{
  "mcpServers": {
    "mix_server": {
      "command": "uv",
      "args": [
        "--directory",
        "[Full path to the server directory (this repo folder)]]",
        "run",
        "server.py"
      ]
    }
  }
}