Rdkit Chemical Informatics

MCP RDKit プロジェクト

概要

mcp_rdkit プロジェクトは、RDKit ライブラリを MCP（Model Context Protocol）フレームワークと統合し、高度なケモインフォマティクスツールを提供します。分子の可視化、記述子の計算、MCP サーバーとの連携機能が含まれています。

機能

• 分子の可視化：RDKit を使用して分子の画像を生成します。
• 記述子の計算：分子量、logP などの分子記述子を計算します。
• MCP サーバーとの統合：高度なケモインフォマティクスのタスクのために、MCP サーバーと通信します。

プロジェクト構成

• mcp_rdkit/

  • __main__.py：アプリケーションのエントリーポイントです。MCP サーバーを初期化し、「stdio」モードで実行します。
  • rdkit_helper.py：以下を含む、RDKit の操作用ヘルパー関数が含まれています。
    • PIL 画像を base64 に変換する機能。
    • MCP サーバーとの連携機能。
    • 化学計算での RDKit の利用。

• setup.py：パッケージの構成と配布に関する設定です。

必要条件

• Python 3.8 以降
• RDKit ライブラリ
• MCP フレームワーク

インストール

1. pip を使用してパッケージをインストールします。

   pip install mcp-rdkit
   

2. アプリケーションを実行します。

   python -m mcp_rdkit
   

デモ

これを Claude App に直接統合できます。

使い方

• MCP サーバーを実行する： アプリケーションは、ケモインフォマティクスのタスクを処理できる MCP サーバーを起動します。

• 分子の画像を生成する： RDKit のヘルパー関数を使用して分子を可視化します。

• 記述子を計算する： RDKit の記述子計算ツールを活用して化学分析を行います。

MCP の設定例

MCP で RDKit サーバーを使用するには、次の設定を mcp 設定ファイルに追加します。

"rdkit-server": {
  "type": "stdio",
  "command": "python",
  "args": [
    "-m",
    "mcp_rdkit"
  ]
}

RDKIT MCP は MCP Review によって認定され、インデックスに登録されています。