Oliver's mTOR Atlas

mTOR Atlas MCP サーバー

Model Context Protocolに対応する AI アシスタント向けに、Oliver's mTOR Atlasへの読み取り専用アクセスを提供します。研究の種類ごとに分類された mTOR 研究、エンティティ（遺伝子、複合体、薬剤、疾患、プロセス）、裏付けとなる証拠と相反する証拠を伴う符号付き経路関係、Atlas の未解決の問いを利用できます。

このサーバーは Atlas の公開静的 API（https://mtor-atlas.org/api/v1/、mtor-atlas.org/apiにドキュメントがあります）を読み込みます。キーもアカウントも不要です。データは CC BY 4.0 です。

インストール

Claude Desktop、Claude Code、Cursor などの MCP クライアント：

{
  "mcpServers": {
    "mtor-atlas": { "command": "npx", "args": ["-y", "mtor-atlas-mcp"] }
  }
}

Claude Code：claude mcp add mtor-atlas -- npx -y mtor-atlas-mcp

ツール

ツール	回答できる内容
atlas_about	データセットのバージョン、コーパスのスナップショット、件数、証拠コード、引用方法、議論のある関係と矛盾する関係の件数（Atlas が報告していない場合のみderived_counts）
search_studies	キーワード、証拠コード、関連エンティティ、年で研究を検索します。PMID または DOI、関連エンティティの同義語（「sirolimus」）、著者のフルネーム（「Claudio De Virgilio」）、抄録抜粋中の語句からも研究を検索できます
get_study	エンティティ、関係、未解決の問いを含む単一の研究（Atlas ID、PMID、DOI または PMCID で指定）
search_authors / get_author	人物：フルネーム、著者リスト形式、ORCID または研究室で検索できる、プロフィールがある著者とその研究。また、プロフィールのない著者リスト内の一致する名前も検索します
search_entities / get_entity	遺伝子、薬剤、疾患などと、それらに関連する研究や関係を検索します。各検索結果には一致した箇所（match_field）が示されます。match="name"を指定すると、説明文のみで一致した結果を除外できます
find_relations / get_relation	メカニズム、境界条件、確信度を含む経路に関する主張（「Rheb activates mTORC1」）
evidence_between	「A が B に作用するという証拠は何ですか？」に対し、裏付けとなる研究と相反する研究の両方を提示します
find_contradictions	両方の立場の証拠を含む、議論のある主張を検索します。ページ分割に対応（offset）。statusとbreakdownで合計、only_contested、briefを説明します
list_questions / get_question	未解決の証拠の不足や検証可能な仮説を検索します。list_questionsでは任意のqueryを指定でき、ページ分割に対応しています。brief=falseでない場合、still_openは短縮されます。get_questionでは全文を取得できます

回答のサイズ

長いテキストや繰り返し出てくるレコードは、デフォルトで短く表示されます。list_questionsは文の終わりでstill_openを切り詰め、still_open_truncatedを設定します。find_contradictionsとevidence_betweenは、回答内で研究を初めて提示するときは全文を、その後は短いカード（sid、タイトル、ラベル付きの証拠コード、url）で提示し、full_card_inに記載します。すべての情報を取得するには、brief=falseまたはdedupe=falseを指定してください。すべてのリストツールでlimitとoffsetを指定できます。次のページを取得するには、next_offsetをoffsetとして渡してください。

証拠コードの読み方

S ヒトデータの統合 · H ヒト研究 · A 動物モデル · M 分子／in vitro · R レビュー · PP プレプリント · RT 登録試験。**コードが表すのは研究の種類であり、品質ではありません。**サーバーが返すすべてのレコードでこの説明が繰り返されるため、コードが意味の説明なしに提示されることはありません。

「Atlas にない」とは、この厳選されたコーパスに含まれていないという意味です。その関係が不明であるという意味ではありません。

引用

Barton O. Oliver's mTOR Atlas. doi:10.5281/zenodo.22059963. atlas_aboutが返すdataset_version、corpus_snapshot、source_commitを記載してください。バージョンの末尾が+unreleasedの場合、最新の Zenodo アーカイブ版（archived_release）の公開後にライブデータが変更されています。そのため、そのリリースのバージョン DOI には変更内容が含まれていません。

設定

ATLAS_API_BASE（任意）を指定すると、ローカルビルドなど、別の API コピーをサーバーに使用させることができます：ATLAS_API_BASE=/path/to/dist/api/v1。

コード：MIT。データ：CC BY 4.0。