OpenReadout

OpenReadout

OpenReadoutを使うと、AI エージェントは顕微鏡、質量分析計、フローサイトメーター、プレートリーダー、NMRなどの実験装置が出力する生データファイルを読み取り、解析できます。ベンダー製ソフトウェアを使わずに120種類以上の形式を読み取れ、MCP サーバー、CLI、PythonまたはRのパッケージとして実行できます。

🧪 お試しください： ブラウザー版デモ  |  📖 ドキュメント： openreadout.github.io/openreadout

ギャラリー

光学顕微鏡

Leica LIF · ショウジョウバエの卵室	DeltaVision · HeLa細胞	Imaris · 植物の根の断面
Imaris · 1つのニューロン	Yokogawa CellVoyager · Cell Painting	Evident OIR · 精巣、共焦点

電子顕微鏡

EMDB MRC · ウイルスカプシド	Gatan DM3 · プチコグラフィーによる原子像	Gatan DM4 · ZnOナノロッド
Gatan DM4 · 電子回折	Velox EMD · STEM HAADF	FEI SER · シリカ粒子

図

ABI .ab1 · サンガーリード	WITec · グラフェンのラマン	MicroCal ITC · 滴定
BD FCS + FlowJo · ゲーティングした T 細胞	SoftMax .pda · 96個の増殖曲線	Bruker TopSpin · FID からの NMR
Bruker EPR · 出力系列	ABI .fsa · フラグメントサイズ測定	mzML · TIC とスペクトル
Axon ABF · 電流に対する発火	Gamry · サイクリックボルタモグラム	Applied Biosystems .eds · qPCR

すべて生ファイルから読み込んでいます。さらに詳しくはギャラリーをご覧ください。画像のクレジットはCREDITS.mdに記載しています。

はじめる

インストールして、エージェントに接続します。

brew install openreadout/tap/openreadout    # other ways under Installation below
openreadout mcp --install claude-desktop    # or claude, codex, cursor, vscode, gemini

次に、「cells.czi には何が含まれていますか？」のように、ファイルについてエージェントに質問してください。Claude Code では、代わりにプラグインとしてインストールできます（AI 連携を参照）。

または、インストール不要のブラウザデモをお試しください。ファイルがコンピューターの外に送信されることはありません。

エージェントとの使用

Claude が3.7 GBのスライドスキャン画像から小脳を見つけ、各層にラベルを付けます。

https://github.com/user-attachments/assets/7ee0f9fe-e6e0-4378-a46d-5cdc04d57151

データ：Zenodo 10577621（CC BY 4.0）。

Claude が5種類の機器のファイルを使って、遺伝子ノックアウトを確認します。

https://github.com/user-attachments/assets/658d300b-dc9d-4164-af84-bb48261fd33f

データ：Edyanto ほか、figshare（CC BY 4.0）。

## できること

• 確認：画像、チャネル、トレース、スペクトル、テーブル、メタデータをプレーンテキストまたは構造化 JSON で確認します
• チェック：ファイルの切り詰め、プレーンの欠落、構造の破損を検出します。ファイルが破損している場合は終了コード 4 を返します
• エクスポート：OME-TIFF、OME-Zarr、mzML、NWB、CSV、Parquet、Arrow、JCAMP-DX、Allotrope ASM、RDML にエクスポートし、すべてのエクスポートを読み戻して検証します
• プレビュー：画像プレーン、トレース、スペクトル、プレートヒートマップを PNG としてプレビューします
• 解析：クロマトグラフィーのピーク、プレートアッセイ（IC50、標準曲線）、qPCR（Cq、ΔΔCq）、NMR ピーク、パッチクランプの特徴、スパイク、フローサイトメトリーのゲートを、文書化された手法で解析します
• 一括処理：ディレクトリ全体を処理し、ラボの共有領域をインデックス化し、進行中の測定を監視します

コマンドラインでの使用

# Install (macOS / Linux; other ways under Installation)
curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/openreadout/openreadout/main/scripts/install.sh | sh

# What is in the file?
openreadout info cells.lif
# → format: Leica LIF (lif) v2  size: 16.0 MiB  images: 1  planes: 2
# →   [0] PEI_laminin_35k  2048x2048 z=1 c=2 t=1  uint16  px=0.3250 µm
# →       objective: HC PL FLUOTAR L 20x/0.40 DRY

# Is it complete?
openreadout check partial-copy.lif
# → error  truncated       block chain runs past end of file
# → error  missing_planes  geometry needs 16777216 bytes but only 8969789 are stored

# Integrate the peaks of a chromatogram
openreadout analyze peaks gc-run.ch --min-height 1
# → 4 peaks, area in pA·min
# → 1   4.852 min  area 0.2779  25.08 %
# → ...

# Structured JSON for scripts and agents
openreadout info cells.lif --json

{
  "ok": true,
  "schema_version": "2",
  "data": {
    "format": { "id": "lif", "name": "Leica LIF", "vendor": "Leica Microsystems" },
    "images": [
      {
        "size_x": 2048, "size_y": 2048, "size_c": 2,
        "pixel_type": "uint16",
        "physical_size": { "x": 0.325, "y": 0.325, "unit": "µm" }
      }
    ]
  }
}

フォーマット

分野	フォーマット	エクスポート先
光学顕微鏡	Zeiss CZI、Nikon ND2、Leica LIF、Olympus OIR/VSI/OIB、Imaris、OME-TIFF およびその他の TIFF バリアント、OME-Zarr、全スライド画像（Philips iSyntax、Hamamatsu VMS、MIRAX を含む）	OME-TIFF、OME-Zarr
ハイコンテントスクリーニング	Harmony（Opera Phenix、Operetta）、ImageXpress、CellVoyager	OME-Zarr plate、OME-TIFF
電子顕微鏡	MRC、Gatan DM3/DM4、FEI SER/EMI、Velox EMD、EER ムービー、SerialEM mdoc	OME-TIFF、OME-Zarr、MRC
構造生物学	CBF/miniCBF、SMV、EIGER NeXus（NXmx）回折画像	MRC、OME-TIFF
医用画像	DICOM（ファイル、シリーズ、スタディ、DICOMDIR）、NIfTI、Analyze、Bruker ParaVision	NIfTI、OME-TIFF
質量分析	Thermo RAW、Bruker timsTOF および BAF、Agilent MassHunter、Waters MassLynx、Sciex WIFF、mzML	mzML、Parquet、Arrow
クロマトグラフィー	Agilent ChemStation および OpenLab、Shimadzu、Chromeleon、AIA/ANDI	CSV、JCAMP-DX、Parquet
電気生理学	Axon ABF、Intan、SpikeGLX、Open Ephys、Neuralynx、Blackrock、Plexon、HEKA、Spike2、TDT、Axona、NWB	NWB、CSV、Parquet
NMR および分光法	Bruker TopSpin および OPUS、Varian、JEOL、Thermo OMNIC、Renishaw、JCAMP-DX、SPC	JCAMP-DX、CSV
フローサイトメトリー	FCS、FlowJo ワークスペース、Gating-ML	CSV、Parquet、Arrow
プレートリーダーおよび qPCR	プレートリーダーのエクスポート、RDML、Applied Biosystems、LightCycler、Rotor-Gene	Allotrope ASM、RDML、CSV
DNA シーケンシングおよび電気泳動	Illumina ランフォルダー、Oxford Nanopore POD5 および FAST5、FASTQ、BAM、ABIF Sanger およびフラグメント解析ファイル、Agilent Bioanalyzer および TapeStation	FASTQ、CSV、Parquet
その他	NanoDrop、Qubit、Incucyte、ゲルおよびブロットイメージャー、ÄKTA、ITC、Biacore、Seahorse、Octet、Zetasizer、XRD、EPR、電気化学、熱分析	CSV、Parquet

フォーマット一覧には、OpenReadout が読み取るすべてのフォーマットと、既知の制限事項が記載されています。

インストール

単体で動作する自己完結型バイナリとして提供されます。Java も Python もベンダー DLL も不要で、ほかにインストールするものはありません。

# macOS / Linux
curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/openreadout/openreadout/main/scripts/install.sh | sh

# Windows (PowerShell)
irm https://raw.githubusercontent.com/openreadout/openreadout/main/scripts/install.ps1 | iex

# Homebrew (macOS / Linux)
brew install openreadout/tap/openreadout

# npm (all platforms; installs the native binary for your platform as a dependency)
npm install -g openreadout

# Rust toolchain
cargo install openreadout --locked

Docker、Nix、cargo-binstall などの配布方法は、インストールページをご覧ください。

インストールの確認：openreadout --version

AI 連携

MCP サーバー

組み込みの MCP サーバーです。1 つのコマンドで登録できます。

openreadout mcp --install claude          # Claude Code
openreadout mcp --install claude-desktop  # Claude Desktop
openreadout mcp --install codex           # OpenAI Codex
openreadout mcp --install cursor          # Cursor
openreadout mcp --install vscode          # VS Code / Copilot
openreadout mcp --install gemini          # Gemini CLI

Windsurf、Zed、Continue、Cline にも対応しています。サーバーは JSON-RPC を介して 28 個のツール（openreadout_info、openreadout_check、openreadout_preview、openreadout_export、openreadout_peaks、...）を公開するため、クライアントにシェルアクセスは不要です。

Claude Code プラグイン

MCP サーバーとスキルをまとめてインストールします。

/plugin marketplace add openreadout/agent-plugins
/plugin install openreadout@openreadout

Gemini CLI 拡張機能

gemini extensions install https://github.com/openreadout/agent-plugins

Codex プラグイン

codex plugin marketplace add openreadout/agent-plugins
codex plugin add openreadout@openreadout

これらはそれぞれ、openreadout/agent-plugins リポジトリからスキルと MCP サーバーを追加します。サーバーは PATH 内の openreadout バイナリを実行するため、先にインストールしてください。

エージェントスキル

openreadout self skill --install claude   # ~/.claude/skills/openreadout
openreadout self skill --install agents   # ~/.agents/skills/openreadout (Codex, Cursor, Copilot, Gemini CLI)

スキルのソースは skills/openreadout にあります。

エージェント向けに構築

• すべてのコマンドで JSON 出力し、公開済みスキーマを提供します。
• 固定の終了コード： 0 正常、1 エラー、2 使用方法、3 不明な形式、4 破損、5 I/O、6 未対応。
• 次に何を試すべきかを示すヒント付きのエラー。
• すべての結果に保証情報を付与： その種類のファイルが別のリーダーと照合されたかどうかを示します。--strict を指定すると、照合されていないファイルは拒否されます。
• エージェントが確認できる PNG 形式のプレビュー。
• plot による 図： プレートグリッド、用量反応フィット、ゲート付きドットプロットなどを PNG、SVG、PDF 形式で出力します。
• 高速なメタデータ取得： info はヘッダーのみを読み取るため、100 GB のファイルも小さなファイルと同じくらい高速に処理できます。
• 読み取り専用かつオフライン。

Python と R

Python — pip install openreadout を実行すると、メタデータが dict として、ピクセルデータが NumPy、dask、または xarray 配列として返されます。bioio と napari 用のプラグインも用意されています。Python ガイドを参照してください。

import openreadout

with openreadout.File("cells.lif") as f:
    f.images[0]["channels"]     # same keys as `info --json`
    stack = f.to_xarray(0)      # labelled with channel names and µm
    f.preview(composite=True)   # shows itself in Jupyter

openreadout.plot(data={"file": "growth.pda"}, facet="plate").save("plate.pdf")

R — R パッケージは配列とデータフレームを返し、同じプレビューや図を描画します。R ガイドを参照してください。

比較

	OpenReadout	Bio-Formats	bioio	czifile / nd2 / liffile	msconvert
オープンソースかつ無料	✓（MIT / Apache-2.0）	✓（GPL）	✓（プラグインにより異なる）	✓（BSD）	✓（ベンダー DLL は含まれません）
AI ネイティブな CLI + JSON + MCP	✓	✗	✗	✗	✗
インストール不要（単一バイナリ）	✓	✗（JVM）	✗（Python）	✗（Python）	✗
ベンダー DLL 不要	✓	✓	✓	✓	✗
整合性チェック	✓	✗	✗	✗	✗
顕微鏡	✓	✓	✓	✓（各形式に 1 つ）	✗
質量分析	✓	✗	✗	✗	✓
電気生理、フローサイトメトリー、NMR、クロマトグラフィー、プレート、qPCR	✓	✗	✗	✗	✗
クロスプラットフォーム	✓	✓	✓	✓	Windows（または Wine）

検証

各リーダーは、公開されている機器ファイルを使って他のリーダーと照合するテストを行っています。検証方法を参照してください。

リーダーは、公開ファイル、公開された仕様、および寛容なライセンスのリーダー（NOTICE にクレジットを記載）をもとに、ベンダー SDK や DLL を使わずに作成しました。Bio-Formats などの GPL リーダーは、テストでブラックボックスとしてのみ実行しています。クリーンルームポリシーと、形式ごとの来歴ログを参照してください。

ドキュメント

ドキュメントには、すべてのコマンドと形式に関するガイドがあります。

• はじめに： インストール | 最初のファイル | JSON 出力の読み方
• リファレンス： コマンド | MCP ツール | 形式
• ギャラリー： 公開ファイルから作成したプレビューと図
• ガイド： AI エージェント | Python | R | レシピ | バッチテーブル
• 動作しないファイル： openreadout report FILE を実行し、バンドルを新しいバリアントの issueに添付してください。バンドルにはデータ値、サンプル名、パスは含まれません。

プライバシー

OpenReadout はお使いのコンピューター上で動作し、ネットワーク接続を行わず、テレメトリーも送信しません。PRIVACY.mdをご覧ください。

ライセンス

ご自身の選択により、Apache License 2.0またはMIT licenseのいずれかのライセンスの下で提供されます。OpenReadout は機器ベンダーとは無関係です。TRADEMARKS.mdをご覧ください。

バグの報告や貢献は、GitHub Issuesで歓迎します。CONTRIBUTING.mdをご覧のうえ、リーダーの作業を始める前にクリーンルームポリシーをお読みください。

デモファイルと README の画像は公開テストコーパス（corpus/manifest.toml）から取得したもので、それぞれのライセンスに基づいて使用し、.github/assets/gallery/CREDITS.mdにクレジットを記載しています。demo.tapeを使うと、ターミナルのデモを再生成できます。

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