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BrainKB

BrainKB は、ナレッジグラフ（KG）を通じて神経科学の知識を検索、探索、可視化するためのツールを提供し、世界中の科学者を支援する最先端のナレッジベースプラットフォームです。また、BrainKB は、科学者がプラットフォームに新しい情報を追加できる高度なツールも提供しており、神経科学研究の第一の目的地であり続けることを目指しています。

BrainKB は、ナレッジグラフ（KG）で表現された神経科学の知識を検索、探索、可視化するためのツールを世界中の科学者に提供するナレッジベースプラットフォームです。さらに、BrainKB は、科学者がプラットフォームに新しい情報（または知識）を追加できる最先端のツールを提供し、神経科学関連のあらゆる研究ニーズに応える第一の目的地であり続けることを目指しています。

組織

• 取り込みサービス RabbitMQ を使用したデータの取り込みと利用に関するサービスを提供します。現在は使用されていません。
• GraphDB GraphDB の docker compose 設定です。
• JWT ユーザー＆スコープマネージャー API エンドポイントへのアクセス権限を持つ JWT ユーザーを管理するためのツールキットです。
• クエリサービス グラフデータベースのナレッジグラフに対するクエリ（および更新）機能を提供します。
• SPARQL クエリ BrainKB でテストまたは使用された SPARQL クエリの一覧です。

実行方法

クイックスタート

1. 環境変数を設定する

重要：セキュリティのため、.env のデフォルトパスワードを変更してください。

# Copy the environment template
cp env.template .env

# Edit .env with your configuration (make sure to change passwords!)
nano .env  # or use your preferred editor

2. サービスを起動する

推奨：ラッパースクリプトを使用してください（Ollama のセットアップと pgAdmin の設定を含みます）：

chmod +x start_services.sh
./start_services.sh

3. サービスへのアクセス

起動後、各サービスには次の URL からアクセスできます。

• API トークンマネージャー（Django）：http://localhost:8000/
  • JWT ユーザーを登録したら、トークンマネージャーを使用して有効化する必要があります。権限を割り当てることもできます。
• クエリサービス（FastAPI）：http://localhost:8010/
  • ナレッジグラフの検索 と データ取り込みに対応しています。
  • グラフデータベースにネイティブな W3C PROV-O の来歴情報を備え、トリプルレベルの差分を追跡します（ジョブごとの差分グラフとクエリ／比較エンドポイント）。
  • スペース：チームが所有する、名前付きグラフ用のプライベート／パブリックなコンテナーです。メンバーのみにデータを公開するか、一般公開（匿名での読み取り）できます。エンドポイントごとの JWT スコープ（read／write／admin）と、ロールベースの認可に対応しています（query_service/RBAC_MODEL.md を参照）。SSO（RS256／JWKS）と従来の HS256 トークンの両方を受け付けます。
  • 検索：ハイブリッド全文検索です。Postgres ロケーターインデックス（ワークスペースと可視性を認識）がサブジェクトを検索し、データは Oxigraph から取得します。結果にはアクセス制御が適用されます（匿名ユーザーにはパブリックなデータのみが表示されます）。
  • 詳細は query_service/README.md、query_service/PROVENANCE_MODEL.md、query_service/SPACES_MODEL.md を参照してください。
• ML サービス（FastAPI）：http://localhost:8007/
  • StructSense（マルチエージェント NER と構造化リソースの抽出）を統合しています。
  • /api/synth-scholar/* で SynthScholar を提供します。これは PRISMA に沿った文献レビューのパイプラインです（検索 → スクリーニング → 批判的評価 → 統合。SSE による進捗ストリーミングと、Markdown／JSON／RDF 形式でのエクスポートに対応）。統合された brainkb Postgres データベースを再利用します。オプションの API キー（OpenRouter、NCBI、Semantic Scholar、CORE）は env.template を参照してください。
• Oxigraph SPARQL：http://localhost:7878/（パスワード保護されたグラフデータベース）
• pgAdmin：http://localhost:5051/
• ユーザー管理サービス（FastAPI）：http://localhost:8004
  • 正規の ID 管理 サービスです。ユーザープロフィール、ロール／RBAC、OAuth サインイン（Globus／ORCID／GitHub）を提供します。ユーザーは一元管理され、認証情報の行はプロフィールに紐付けられます（ID の統合）。
  • シングルサインオン の発行元（RS256 + JWKS）です。1 回のログインでリフレッシュトークンを発行し、各サービスが /.well-known/jwks.json で検証する、サービスごとの限定的なアクセストークン（aud=<service>）と交換します。あるサービス向けのトークンを別のサービスで再利用することはできません。従来のサービスごとの HS256 トークンも引き続き使用できます。
  • 管理者はユーザーを有効化し、ロール／グループを割り当てることができます。query_service/AUTH_UNIFICATION.md と usermanagement_service/README.md を参照してください。

認証

BrainKB はシングルサインオンモデルへ移行中です。usermanagement が唯一のトークン発行元となり、各サービスは JWKS に照らしてオーディエンススコープ付きの RS256 トークンを検証します。移行期間中は従来のサービスごとの HS256 トークンも引き続き受け付けます。Web サインインではアクセストークンとリフレッシュトークンの両方が返されるため、UI はバックグラウンドでトークンを更新できます（USERMANAGEMENT_WEB_SESSION_TTL_MIN／USERMANAGEMENT_WEB_REFRESH_TTL_MIN）。設計、各フェーズ、デプロイ環境の詳細は、query_service/AUTH_UNIFICATION.md を参照してください。

ご注意ください： クエリサービスと ML サービスでは、ベース URL を開いても何も表示されません。稼働状況を確認するには、それぞれ http://localhost:8010/docs と http://localhost:8007/docs で API ドキュメントを開いてください。

トラブルシューティング

Docker のマウントエラーやファイル共有の問題が発生した場合は、LOCAL_DEPLOYMENT.md のトラブルシューティングのセクションを参照してください。

ドキュメント

BrainKB、その設計理念、デプロイ手順、得られた知見について詳しくは、以下の BrainKB ドキュメントを参照してください。

• https://sensein.group/brainkbdocs/

お問い合わせ

• Tek Raj Chhetri [email protected]

ライセンス

このプロジェクトはApache License 2.0のもとでライセンスされています。

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ライセンスのコピーは、こちらから入手できます：Apache License, Version 2.0