STRING Database MCP Server

公式 STRING Database MCP サーバー

STRING database の機能を Model Context Protocol (MCP) サーバーとして提供します。

この実装により、AI エージェントやその他の MCP 対応クライアントは、構造化され自己記述的なインターフェースを通じて STRING のデータにアクセスできます。

STRING API を基盤としながら、簡潔さとコンテキスト効率を重視し、モデルベースの利用に特化して設計されています。サーバーはデータの量と種類を制御し、大規模言語モデルの推論能力の範囲内に応答を収めます。また、エージェント型システムがより一貫性のある解析と解釈を行えるよう、構造を調整し、メタデータを追加します。

このサーバーは、ホスト型のリモート MCP エンドポイント https://mcp.string-db.org としても利用できます。

MCP の機能をライブデモで確認するには、STRING Chat をご覧ください。

再現可能なワークフローや大規模な統合には、STRING API をご利用ください。

エージェント型ワークフローには、オプションのエージェントスキル skills/string-database/SKILL.md をご利用ください。

機能

• タンパク質識別子を STRING メタデータに解決
• 相互作用ネットワークを取得
• 相互作用ネットワークをクラスタリングして可視化
• 種をまたいだ相同性検索を実行
• タンパク質間相互作用のエビデンスリンクにアクセス
• 機能エンリッチメント解析を実行（エンリッチメントプロットを含む）
• タンパク質のキュレーション済み機能アノテーションを取得
• 機能や疾患（GO、KEGG、Reactome、DISEASES など）でタンパク質を検索

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要件

• Python ≥ 3.11（Python 3.10 では、ツールスキーマ内のオプションのパラメーター説明が誤った位置に配置されます）
• 依存関係（requirements.txt を参照）：
  • fastmcp==2.14.7
  • mcp==1.29.0
  • httpx>=0.28,<0.29
  • pydantic>=2.11,<3.0

注記： 起動時にサーバーがクラッシュする場合、互換性のない FastMCP バージョンが原因である可能性が非常に高いです。

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設定

サーバーは config/server.config（JSON）から設定を読み込みます。例：

{
  "base_url": "https://string-db.org",
  "server_port": 57416,
  "verbosity": "low"
}

インストール

git clone https://github.com/meringlab/string-mcp.git
cd string-mcp
pip install -r requirements.txt

実行

python server.py

HTTP ではなく標準入力／出力経由で提供するには、たとえばローカル MCP クライアントがサーバー自体を起動する場合、次のようにします。

python server.py --stdio

stdio モードでも、STRING API エンドポイントの設定に config/server.config を読み込みます。

テスト

curl -v -H "Accept: text/event-stream" http://localhost:[port]/mcp

content-type: text/event-stream を含む 200 OK 応答が表示されるはずです。

注記： デフォルトのヘッダーで送信された HTTP リクエストは、anyio.ClosedResourceError と 406 Not Acceptable を引き起こします。これは MCP ストリーミングプロトコルで想定される動作であり、問題を示すものではありません。

Docker

1. config/server.config ファイルがあることを確認します（必要に応じて config/server.config.example からコピーしてください）：

   cp config/server.config.example config/server.config
   

2. イメージをビルドします：

   docker build -t string-mcp .
   

3. コンテナを実行します：

   Linux/macOS：

   docker run -p 57416:57416 -v $(pwd)/config:/app/config:ro string-mcp
   

   Windows PowerShell：

   docker run -p 57416:57416 -v ${PWD}/config:/app/config:ro string-mcp
   

   Windows コマンドプロンプト：

   docker run -p 57416:57416 -v %cd%/config:/app/config:ro string-mcp
   

   デタッチモードで実行するには：

   # Linux/macOS
   docker run -d -p 57416:57416 -v $(pwd)/config:/app/config:ro --name string-mcp-server string-mcp
   
   # Windows PowerShell
   docker run -d -p 57416:57416 -v ${PWD}/config:/app/config:ro --name string-mcp-server string-mcp
   

   -v フラグはローカルの設定ディレクトリをマウントするため、イメージを再ビルドせずに設定をカスタマイズできます。

   注記： 設定を変更する必要がない場合は、ボリュームのマウントを省略できます。その場合、コンテナはイメージ内のデフォルト設定を使用します。

4. コンテナを停止します（デタッチモードで実行している場合）：

   docker stop string-mcp-server
   docker rm string-mcp-server
   

注記： Docker コンテナは config/server.config の設定を使用します。このファイルが存在しない場合、初回実行時に server.config.example からコピーします。

固定された STRING リリースは、バージョン別パス /12.0/（STRING v12.0）および /12.5/（STRING v12.5）で利用できます。

ライセンス／引用

STRING MCP サーバーのソースコードは、MIT License の下で公開されています。
関連データと出力は、CC BY 4.0 License の下で公開されています。
適切な帰属表示を行えば、コードを自由に使用、共有、改変できます。

このコードまたはデータを研究で使用する場合は、最新の STRING 論文も引用してください。