PatSnap Biology Modality

Patsnap Biology Modality

Patsnap Biology Modality は、AI エージェントに生物学的配列データ、修飾記録、抗体と抗原の相互作用への直接的かつ構造化されたアクセスを提供する Model Context Protocol（MCP）サーバーです。Patsnap の特許および文献からなる、2億件を超えるグローバルなコーパスを対象に、配列類似性検索、翻訳後修飾の検索、抗体の発見を可能にします。

クイックリンク

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セットアップ

1. API キーを取得する

Patsnap Developer Platform にログインし、API Keys に移動して、新しいキーを作成します（形式：sk-xxxxxxxxxxxx）。

2. MCP サーバーに接続する

ターミナルで以下のコマンドを実行します（Claude Code または MCP 互換クライアントが必要です）。

claude mcp add --transport http biology_modality \
  "https://connect.patsnap.com/06e741/logic-mcp?apikey=$PATSNAP_API_KEY"

API キーを環境変数として設定します。

export PATSNAP_API_KEY=your-key-here

他のクライアントをお使いですか？ Patsnap Marketplace の Biology Modality ページにアクセスし、右下からエージェント（Cursor、API など）を選択すると、適切な設定スニペットを取得できます。

3. 接続を確認する

Claude Code で /mcp と入力し、biology_modality が Connected と表示されることを確認します。

利用可能なツール

AI エージェントへの注意： 配列検索と修飾検索では、非同期ジョブモデルを使用します。ジョブを送信し、完了までポーリングしてから結果を取得します。ls_antibody_antigen_search は結果を同期的に返します。以下の各ツールには、Patsnap Marketplace 公式ページに記載されている正確なパラメーター、型、制約が説明されています。

1. ls_sequence_search_submit

• 目的：Patsnap の特許および文献の配列データベースを対象に、生物学的配列（タンパク質またはヌクレオチド）の検索ジョブを送信します。
• パラメーター：
  • query_type（string、必須）：照合対象となる配列の型。"NUCLEOTIDE" または "PROTEIN" のいずれかです。
  • sequence（string、必須）：単一の検索配列文字列です。
  • sequence_type（string、必須）：指定する検索配列の型。"NUCLEOTIDE" または "PROTEIN" のいずれかです。
  • database（文字列の配列、任意）：対象データベースのリスト。対応する値は ["ALLPATENT"]、["CLAIMS"]、または両方の ["ALLPATENT", "CLAIMS"] です。
  • perc_identity（object、任意）：一致率フィルター。形式：{"start": <int>, "end": <int>}（範囲：0～100）。
  • qcov_hsp_perc（object、任意）：検索配列のカバレッジフィルター。形式：{"start": <int>, "end": <int>}。
  • scov_hsp_perc（object、任意）：対象配列のカバレッジフィルター。形式：{"start": <int>, "end": <int>}。
  • evalue（number、任意）：アラインメントの有意性に対する期待値のしきい値です。
  • subject_length（object、任意）：対象配列の長さのフィルター。形式：{"start": <int>, "end": <int>}。
  • q_perc_identity（object、任意）：検索配列の一致率フィルター。形式：{"start": <int>, "end": <int>}。
  • s_perc_identity（object、任意）：対象配列の一致率フィルター。形式：{"start": <int>, "end": <int>}。
  • with_gaps（boolean、任意）：配列アラインメントにギャップを含めるかどうかを指定します。
  • limit（integer、任意）：バックエンドタスクで内部的に返される結果の最大数です。
• 戻り値：job_id（string）、status（string）、submitted_at（string、ISO タイムスタンプ）を含む JSON オブジェクトです。
• API：POST /api/Ls/sequence/job
• 使用方法：類似性検索の開始に使用します。その後、返された job_id を指定して ls_sequence_search_check_status をポーリングし、status が "success" になるまで待ってから、ls_sequence_search_get_results で結果を取得します。

2. ls_sequence_search_check_status

• 目的: 以前送信した配列検索または修飾検索ジョブの現在のステータスを確認します。
• パラメーター:
  • job_id (string、必須): ls_sequence_search_submit または ls_modification_search_submit から取得したバックエンド検索ジョブ ID です。
• 戻り値: job_id (string)、status (enum: "pending"、"running"、"success"、"failed")、progress (integer、0～100)、および失敗時には任意の message (string) を含む JSON オブジェクトです。
• API: GET /api/Ls/sequence/job/status
• 使用方法: status が "success" になるまでこのエンドポイントをポーリングしてから、ls_sequence_search_get_results を呼び出します。ステータスがまだ "running" または "pending" の間は、結果取得ツールを呼び出さないでください。

3. ls_sequence_search_get_results

• 目的: 完了した配列検索または修飾検索ジョブの最終結果を取得します。
• パラメーター:
  • job_id (string、必須): バックエンド検索ジョブ ID です。
  • offset (integer、任意): ページネーションの結果オフセットです。0 から始まります。
  • limit (integer、任意): 後続クエリのページサイズ（返される行数）です。
  • sort_field (string、任意): ソートするフィールドです。
  • order (string、任意): ソート順です。"DESC" または "ASC" を指定できます。
  • perc_identity (object、任意): 結果の同一性フィルターです。形式は {"start": <number>, "end": <number>} です。
  • qcov_hsp_perc (object、任意): クエリカバレッジフィルターです。同じ形式です。
  • scov_hsp_perc (object、任意): サブジェクトカバレッジフィルターです。同じ形式です。
  • q_perc_identity (object、任意): クエリ同一性フィルターです。同じ形式です。
  • s_perc_identity (object、任意): サブジェクト同一性フィルターです。同じ形式です。
• 戻り値: job_id、total_hits (integer)、および一致したレコード（patent_id、seq_id、identity、alignment、organism、annotation などのフィールドを含む）の配列である results を含む JSON オブジェクトです。
• API: GET /api/Ls/sequence/job/result
• 使用方法: ジョブのステータスが "success" になった後にのみ呼び出します。ページネーションには offset と limit を使用します。

4. ls_modification_search_submit

• 目的: 翻訳後修飾の条件でフィルタリングした生物学的配列を、必要に応じてクエリ配列と組み合わせて検索するジョブを送信します。
• パラメーター:
  • sequence_type (string、必須): 配列タイプです。"NUCLEOTIDE" または "PROTEIN" を指定できます。
  • database (array of strings、必須): 対象データベースのリストです。例：["ALLPATENT"]、["CLAIMS"]、またはその両方です。
  • modification_location (array of objects、必須): 修飾フィルターのリストです。各オブジェクトでは、location、modification_name、operation、match_type のキーを使用できます。（正確なスキーマの詳細は Marketplace を参照してください。）
  • sequence (string、任意): アラインメントの絞り込みに使用する任意のクエリ配列文字列です。
  • subject_length (object、任意): サブジェクト長フィルターです。形式は {"start": <int>, "end": <int>} です。
  • limit (integer、任意): バックエンドタスクが返す結果の最大数です。
• 戻り値: job_id (string)、status (string)、submitted_at (string) を含む JSON オブジェクトです。
• API: POST /api/Ls/modification/job
• 使用方法: PTM 固有の検索に使用します。同じ送信、ステータス確認、結果取得のワークフローに従ってください。ls_sequence_search_check_status をポーリングしてから、ls_sequence_search_get_results で結果を取得します。

5. ls_antibody_antigen_search

• 目的: オプションのファセットフィルターを使用して、標的抗原に関連する抗体を同期的に検索します。
• パラメーター:
  • target_name（string、必須）: 抗原の標的名（完全一致またはキーワード検索）。
  • filter（object、任意）: ファセットフィルター。サポートされるフィールド: target_name、source、antigen_species、antibody_name。
  • offset（integer、任意）: ページネーションのオフセット。0 から始まります。
  • limit（integer、任意）: 下流クエリのページサイズ。
• 戻り値: total_hits（integer）、results（antibody_name、antigen、source、antibody_type、patent_id、binding_affinity、sequences を含む抗体レコードの配列）を含む JSON オブジェクト。
• API: GET /api/Ls/antibody-antigen/search
• 使用方法: 抗体探索や先行技術調査に使用します。このツールはポーリングを行わずに結果を直接返す同期ツールです。

💡 お困りですか？

こちらをご覧ください: Patsnap Life Science または Patsnap Dev Portal

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Patsnap Skills との統合

このサーバーは、以下の Patsnap Skills（Claude Code エージェント）の生物学的配列および抗体探索レイヤーを支えています。

• target-intelligence: 配列検索を使用して、治療標的に関連する生物学的配列を対象とする特許を検索します。
• pharmaceuticals-exploration: 抗体抗原検索を使用して、抗体ベースの治療薬を探索します。

各 Skill は分析の実行時に、このサーバーから適切なツールを自動的に呼び出します。Patsnap Skills Library から Skills をインストールできます。 また、openclaw を使用する場合:

openclaw skills install SKILL_NAME

ライセンス

Apache License 2.0（../../LICENSE を参照）

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