Pdb Mcp Server

PDB MCP Server

タンパク質、核酸、および複合体アセンブリの 3D 構造に関する情報の世界的なリポジトリである Protein Data Bank (PDB) へのアクセスを提供する Model Context Protocol (MCP) サーバーです。

機能

ツール

• search_structures: キーワード、タンパク質名、または PDB ID で PDB データベースからタンパク質構造を検索します
• get_structure_info: 特定の PDB 構造の詳細情報を取得します
• download_structure: 構造座標をさまざまな形式 (PDB、mmCIF、mmTF、XML) でダウンロードします
• search_by_uniprot: UniProt アクセッションに関連する PDB 構造を検索します
• get_structure_quality: 構造の品質指標と検証データを取得します

リソース

• pdb://structure/{pdb_id}: PDB ID の完全な構造情報
• pdb://coordinates/{pdb_id}: PDB 形式の構造座標
• pdb://mmcif/{pdb_id}: mmCIF 形式の構造データ
• pdb://validation/{pdb_id}: 構造の検証データと品質指標
• pdb://ligands/{pdb_id}: リガンドおよび結合部位の情報
• pdb://search/{query}: クエリに一致する構造の検索結果

インストール

npm install
npm run build

使用方法

Claude Desktop での使用

claude_desktop_config.json に追加します:

{
  "mcpServers": {
    "pdb-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/pdb-server/build/index.js"]
    }
  }
}

クエリの例

1. インスリン構造を検索する:

   Use the search_structures tool to find insulin protein structures
   

2. 特定の構造に関する情報を取得する:

   Get detailed information about PDB structure 1ABC using get_structure_info
   

3. 構造座標をダウンロードする:

   Download the PDB file for structure 1ABC using download_structure
   

4. UniProt タンパク質の構造を検索する:

   Find PDB structures for UniProt accession P01308 using search_by_uniprot
   

5. 構造の品質を確認する:

   Get validation metrics for PDB structure 1ABC using get_structure_quality
   

6. リソースに直接アクセスする:

   Show me the resource pdb://structure/1abc
   

API 連携

このサーバーは以下と連携します:

• RCSB PDB REST API (https://data.rcsb.org/): 構造のメタデータと情報用
• RCSB PDB Search API (https://search.rcsb.org/): 高度な検索機能用
• RCSB PDB File Download (https://files.rcsb.org/): 構造ファイルのダウンロード用

構造データ形式

• PDB: オリジナルの Protein Data Bank 形式
• mmCIF: Macromolecular Crystallographic Information File (新しい標準)
• mmTF: Macromolecular Transmission Format (バイナリ、圧縮)
• XML: Extensible Markup Language 形式

品質指標

このサーバーはさまざまな構造品質の指標を提供します:

• 分解能 (X 線結晶構造解析の場合)
• R-work および R-free 値
• Ramachandran プロット統計
• 衝突スコア
• ロタマー外れ値
• モデル検証スコア

補完的なサーバー

この PDB サーバーは以下と相性よく動作します:

• UniProt MCP Server: タンパク質の配列および機能情報用
• AlphaFold MCP Server: 予測されたタンパク質構造用

これらを組み合わせることで、タンパク質の構造と機能データへの包括的なアクセスを提供します。

エラー処理

このサーバーには、以下のための堅牢なエラー処理が含まれています:

• 無効な PDB ID
• ネットワーク接続の問題
• API のレート制限
• 構造ファイルの欠落
• 不正な形式のリクエスト

開発

# Install dependencies
npm install

# Build the server
npm run build

# Run in development mode
npm run dev

帰属

このプロジェクトは Augmented Nature によって開発されています 🌐 ウェブサイト: augmentednature.ai

引用

このプロジェクトを研究や出版物で使用する場合は、次のように引用してください:

author = {Moudather Chelbi},
title = {Protein Data Bank (PDB) MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/PDB-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}