Allen Brain

@pipeworx/allen-brain

Allen Institute の公開 Brain Atlas RMA API から取得した遺伝子、脳構造オントロジー、および in-situ ハイブリダイゼーション発現実験です。遺伝子が脳のどこで発現するか、また、その発現の注釈に使用される標準的な領域階層を確認できます。

Pipeworx の一部です。AI エージェントを 1872 以上の稼働中のデータソースに接続する MCP ゲートウェイです。これは独立した非公式の統合であり、上流プロバイダーとは提携しておらず、承認も受けておらず、公開もされていません。

ツール

• allen_search_genes(acronym?, name_contains?, entrez_id?, organism?, num_rows?, start_row?) — 遺伝子記号／名前／Entrez ID → Allen 内部の遺伝子 ID と生物種。
• allen_structures(acronym?, name_contains?, structure_id?, graph_id?, num_rows?, start_row?) — 脳領域の名前または略称 → 構造 ID、親構造、および包含関係を示すルートからリーフまでの structure_id_path。
• allen_expression_datasets(gene_acronym, plane_of_section?, product_id?, include_failed?, num_rows?, start_row?) — 遺伝子の ISH 実験（SectionDataSets）：アトラスの製品、切片の方向、切片の厚さ、および Allen の図の基となるデータセット ID。

認証

キー不要です。

データソース

• https://api.brain-map.org/api/v2/data/query.json — RMA クエリエンドポイントです。 ここにある各ツールは、これに対する 1 つの RMA 式です（model::Gene、 model::Structure、model::SectionDataSet）。

注意点

遺伝子の略称は生物種によって大文字と小文字が区別されます。これは書式上の違いではなく、データ上の事実です。 Gabra1 はマウスの遺伝子、GABRA1 はヒトの遺伝子であり、実験が異なる別々のレコードです（執筆時点で SectionDataSet はそれぞれ 14 件と 94 件）。大文字と小文字を区別する完全一致クエリで誤った表記を指定すると、エラーではなく空の配列が返されます。両方の遺伝子ツールは大文字と小文字を区別しない再試行を行い、その旨を示す casing_note を設定するため、結果がゼロでも通知されないことはありません。

SectionDataSet クエリを過剰に絞り込むと、何も返されなくても通知されません。 Mouse-Brain-ISH シリーズがない遺伝子に products[id$eq1] を追加すると、エラーではなく total_rows: 0 と success: true が返されます。ここでの製品と方向のフィルターは任意です。フィルターを適用したクエリの結果が空の場合、このパックはフィルターなしで再実行し、フィルターなしの合計数を報告します。これにより、ゼロは「この遺伝子に発現データがない」ではなく、「フィルターですべて除外された」という意味になります。

criteria の値全体をエンコードしてください。 RMA の条件には [, ]、$、' が含まれます。式全体に対して encodeURIComponent を使えば機能します。ブラウザーでは角括弧をそのまま渡しても機能しますが、シェルや一部の HTTP クライアントでは削除され、API の停止に見える空の結果になります。（このパックの最初のプローブで実際に起きた問題です。）

success: true で msg: [] は、「行がない」場合の通常の形式です。 クエリが拒否された場合は success: false となり、msg にエラーが含まれます。パックはその場合に例外を発生させるため、この 2 つが混同されることはありません。

構造グラフは生物種ごとに異なります。 graph_id 1 は成体マウス、10 はヒト、17 は発生中のマウスです。ヒトの領域はマウスのグラフには含まれません。デフォルトは 1 で、結果が空の場合は検索したグラフが示されます。

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "allen-brain": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/allen-brain/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/allen-brain/mcp の tools/list は、上記の表にあるツールに加えて、共有 Pipeworx メタツール（ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recall、その他のゲートウェイ全体のツールセット）も返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントでは、パック固有のツールに加えて、共有ツールがおよそ 30 個一覧表示されます。接続の initialize レスポンスに正確な範囲が記載されており、その日の状況を確認するうえでの正式な情報源です。

これは意図的な設計であり、偶然に多重化されているわけではありません。メタツールを使うことで、このパックが対象としていない質問にも、カタログ全体を対象にルーティングする ask_pipeworx 経由で回答できます。そのため、MCP サーバーをもう 1 つ追加する必要はありません。現時点では、メタツールなしでパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマにかかるコンテキストコストがルーティングの利点を上回る場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度接続してください。

または、Pipeworx のフルゲートウェイに接続すると、このパックのツールだけでなく、すべてのパックのツールが直接一覧表示されます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL も、同じゲートウェイと同じ 1872 以上のデータソースにアクセスします。異なるのは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。どちらからも ask_pipeworx ですべてのツールを利用できます。

MCP クライアントがない場合：HTTP で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/allen_search_genes \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"acronym":"Gabra1"}'

最初の呼び出しにアカウントは不要です。ツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/allen_search_genes を使用します。ツールを探すには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を呼び出します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージは、ローカルの stdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworx アカウントも、ゲートウェイとの往復通信も不要です。

{
  "mcpServers": {
    "allen-brain": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-allen-brain"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認できます。

npx -y @pipeworx/mcp-allen-brain

stdin/stdout 経由で MCP を使用し、このパックのツールのみを対象に initialize／tools/list／tools/call に応答します。上記のゲートウェイ接続で追加される共有メタツールはありません。同じソース、同じツールで、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx を使う

ツールを直接呼び出す代わりに、平易な英語で質問できます。これは上記のパックエンドポイントでも、フルゲートウェイでも利用できます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Allen Brain data" })

ゲートウェイが適切なツールを選び、引数を自動的に設定します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT