Bindingdb

@pipeworx/bindingdb

BindingDB によるタンパク質／低分子の結合親和性の実測値です。Ki、Kd、IC50、EC50 の値を nM 単位で示します。各値は公開論文から抽出・整理されており、出典の PubMed ID が付いています。

Pipeworx の一部です。AI エージェントを 1875 以上のライブデータソースに接続する MCP ゲートウェイです。独立した非公式の統合であり、上流プロバイダーとは提携、承認、公開のいずれの関係もありません。

ツール

• bindingdb_ligands_by_uniprot(uniprot, cutoff?, limit?) — BindingDB が UniProt の標的に対して結合を測定したすべてのリガンドを、効力順に並べて返します。「このタンパク質に結合する化合物と、その結合の強さは？」という質問に答えます。
• bindingdb_targets_by_smiles(smiles, similarity?, limit?) — 化合物（または構造的に類似した化合物）が結合を測定されたタンパク質標的と種を返します。化合物と標的の関係やオフターゲットに関する質問に答えます。
• bindingdb_by_pdb(pdb, limit?) — PDB 構造エントリーに関連付けられたリガンドの親和性を返し、解明済みの共結晶構造と公開された効力を結び付けます。

認証

キー不要です。登録もヘッダーも必要ありません。

データソース

• https://bindingdb.org/rest/getLigandsByUniprots — uniprot=（カンマ区切りのアクセッション）、cutoff=（nM 単位の親和性）、response=application/json。
• https://bindingdb.org/rest/getTargetByCompound — smiles=、cutoff=（タニモト類似度 0～1。nM ではありません）。
• https://bindingdb.org/rest/getLigandsByPDBs — pdb=（4 文字の ID を 1 つ）。

知らないと午後を丸ごと費やしかねない点：

• ベースパスは /rwd/bind/rest/ ではなく /rest/ です。 古いドキュメントには前者が記載されていますが、Tomcat から HTML 本文の 404 が返されます。/axis2/services/BDBService/... も機能しません。
• JSON エンベロープのキーはエンドポイント名と一致しません。 3 つのエンドポイントはすべて、getLindsByUniprotsResponse／getLindsByUniprotResponse／getLindsByPDBsResponse の下に応答を返します。「Linds」は誤記ですが、仕様の一部です。化合物エンドポイントでは、さらにすべてのフィールドに bdb. が付きます。
• getLigandsByPDBs は、その PDB ID のデータがない場合、本文に SQL エラーを含む HTTP 500 を返します。 2RH1 と 1ZZ1 ではこの応答になり、3EML では正常に動作します。これはサーバー障害を装ったデータ不在のシグナルです。このパックでは、障害として解釈されないよう、その旨を示します。
• 応答サイズは cutoff によって大きく変わります。 P24941 は cutoff 1 で 387 KB、10 で 1.1 MB、100 で 2.2 MB です。P00533 は 100 で 5 MB です。ここでのデフォルトは 10 です。
• 親和性が "0.000" の場合は、未報告を意味し、無限の効力を意味するわけではありません。 値は文字列として届き、修飾子（<1、>10000、" 348000"）が付く場合があるため、このパックでは affinity_nm と qualifier に分け、ゼロは null にして先頭に順位付けされないようにします。
• getLigandsByUniprots は、指定したアクセッションと完全に一致する標的だけでなく、関連標的の行も返します。各行の query フィールドで、実際に測定対象となった標的を確認できます。

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します：

{
  "mcpServers": {
    "bindingdb": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/bindingdb/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/bindingdb/mcp の tools/list は、上の表にあるツールに加えて、Pipeworx 共通のメタツールである ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で使えるツールも返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、そのパック独自のツールに加えて、共通ツールがおよそ 30 個表示されます。接続の initialize 応答に正確な対象範囲が記載されており、その時点での正式な情報源となります。

これは意図的な設計であり、偶然に複数の接続をまとめているわけではありません。メタツールを使うことで、このパックでは対応できない質問にも、カタログ全体を検索する ask_pipeworx 経由で答えられます。MCP サーバーをもう 1 つ追加する必要はありません。現在、メタツールなしでパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマによって増えるコンテキストの負担がルーティングの利点を上回る場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度だけ接続してください。

または、フル版の Pipeworx ゲートウェイに接続すると、このパックだけでなく、すべてのパックのツールが直接表示されます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL も、同じゲートウェイと同じ 1875 以上のデータソースに接続します。違いは、どのパックのツールが直接表示されるかだけです。どちらからでも、ask_pipeworx ですべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントがありませんか？HTTP 経由で呼び出せます

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/bindingdb_ligands_by_uniprot \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"uniprot":"P24941","cutoff":1,"limit":3}'

最初の呼び出しにアカウントは必要ありません。任意のツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/bindingdb_ligands_by_uniprot を実行します。ツールを探すには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を実行します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージは、ローカルの stdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworx アカウントも、ゲートウェイへの往復通信も必要ありません。

{
  "mcpServers": {
    "bindingdb": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-bindingdb"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認できます。

npx -y @pipeworx/mcp-bindingdb

stdin／stdout 経由で MCP を使用し、このパックのツールだけを対象に initialize／tools/list／tools/call に応答します。上記のゲートウェイ接続で追加される共通メタツールは含まれません。同じソース、同じツールで、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx を使う

ツールを直接呼び出す代わりに、自然な英語で質問できます。上記のパックエンドポイントでも、フルゲートウェイでも利用できます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Bindingdb data" })

ゲートウェイが適切なツールを選び、引数を自動的に設定します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT