Biomodels

@pipeworx/biomodels

BioModels（EMBL-EBI） — 生物システムのキュレーション済みで実行可能な数学モデルを公開するリポジトリです（SBML、CellML、BioPAX など）。経路、疾患、生物種、遺伝子、著者で検索でき、モデルファイルそのものと各モデルの出典論文も確認できます。

Pipeworx の一部です。1875 以上のライブデータソースに AI エージェントを接続する MCP ゲートウェイです。これは独立した非公式の統合であり、上流プロバイダーとは提携、推奨、公開のいずれもされていません。

ツール

• biomodels_search(query, limit?, offset?) — 経路、プロセス、疾患、生物種、遺伝子、著者で公開済みモデルを検索します。キュレーション状況、モデリング手法、相互参照されたオントロジー用語ごとのファセット件数も取得できます。
• biomodels_model(model_id) — 1 件のエントリーの全情報を取得します。SBML ノート、キュレーション状況、モデリング手法（MAMO 用語を含む）、出典論文、貢献者、バージョン履歴を確認できます。
• biomodels_files(model_id) — 添付ファイルをすべて取得します。MIME タイプ、サイズ、MD5/SHA-256、直接ダウンロード URL を含みます。主要な SBML のほか、自動生成された BioPAX、Octave/MATLAB、VCML、SciLab 変換ファイルも含まれます。

認証

キーは不要です。登録手続きもありません。

データソース

• https://www.biomodels.org/search?query=&format=json — ファセット付きモデル検索。
• https://www.biomodels.org/{modelId}?format=json — 1 件のモデルのメタデータ。
• https://www.biomodels.org/model/files/{modelId}?format=json — ファイル一覧。
• https://www.biomodels.org/model/download/{modelId}?filename= — ファイルのバイトデータ。

biostudies とは異なるサービスです

BioStudies は、論文を裏付けるデータ（あらゆるアッセイ、あらゆる形式）を扱う EMBL-EBI の汎用リポジトリです。BioModels は実行可能なモデルに特化しています。どちらも相手側の検索窓口ではなく、BioModels の ID（BIOMD…、MODEL…）は BioStudies のアクセッション（S-…）とは異なります。

再調査に時間がかかるポイント（2026-09-17 に測定）

• 古いドキュメントに記載されたホストはすべてリダイレクト先です。 https://www.ebi.ac.uk/biomodels/… は biomodels.org に 301 応答を返し、さらに www.biomodels.org にリダイレクトします。このパックでは、クエリ文字列が保持されたまま 2 段階のリダイレクトをたどれることに依存せず、最終的なホストを直接呼び出します。
• format=json は必須です — 指定しないと、200 応答で HTML が返されます。
• numResults の下限は 10 で、それより小さい値に制限されません。 2 または 3 を指定すると 10 行が返り、25 を指定すると 25 行が返ります。このパラメーターをそのまま信用する呼び出し元は、10 件の結果を「上位 3 件」として報告してしまいます。このパックではリスト自体を切り詰め、offset によるページングの位置がずれないよう、常に下限以上の件数を要求します。
• offset は行単位で機能します — offset += limit でページングします。
• facetStats は JSON を含む JSON 文字列であり、オブジェクトではありません。
• modellingApproach はオブジェクトです（MAMO 用語を表す {accession, name, resource}）。単なる文字列ではありません。publication.type が "PubMed ID" を示す場合、publication.accession は PubMed ID です。
• モデルの description は SBML の <notes> XHTML ブロブです。通常の文章ではありません。
• 検索の応答時間にはばらつきがあります — 同じクエリでも、1 分以内に 0.6 秒、5.5 秒、25 秒超を測定しました。そのため、デフォルトの 25 秒のフェッチ上限では、稼働中のサービスがダウンしていると報告されます。検索パスでは 45 秒を使用し、ID 指定のエンドポイントは 1 秒未満で応答します。

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "biomodels": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/biomodels/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/biomodels/mcp の tools/list は、上記の表にあるツールに加えて、共有 Pipeworx メタツール（ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で使えるツール群）も返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントでは、そのパック固有のツールに加えて、共有ツールがおよそ30個表示されます。接続の initialize 応答に正確なスコープが記載されており、特定の日における確定情報となります。

これは意図的な設計であり、偶然に多重化されているわけではありません。スコープを限定した接続から、このパックでは対応できない質問にも答えられるのは、メタツールのおかげです。ask_pipeworx がカタログ全体を対象にルーティングするため、MCP サーバーをもう1つ追加する必要はありません。現在、メタツールなしでパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマによるコンテキスト消費がルーティングの利便性に見合わない場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度接続してください。

または、フル Pipeworx ゲートウェイに接続して、このパックだけでなく、すべてのパックのツールを直接一覧表示できます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL も、同じゲートウェイと同じ1875以上のデータソースに接続します。違いは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。どちらからでも、ask_pipeworx を使ってすべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントがない場合：HTTP 経由で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/biomodels_search \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"glycolysis","limit":3}'

最初の呼び出しにアカウントは必要ありません。任意のツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/biomodels_search を使用します。ツールを検索するには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を呼び出します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージは、ローカルの stdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworx アカウントも、ゲートウェイへのラウンドトリップも不要です。

{
  "mcpServers": {
    "biomodels": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-biomodels"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認できます。

npx -y @pipeworx/mcp-biomodels

stdin/stdout 経由で MCP をやり取りし、このパックのツールのみに対して initialize／tools/list／tools/call に応答します。上記のゲートウェイ接続で追加される共有メタツールは含まれません。同じソース、同じツールで、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx の使用

ツールを直接呼び出す代わりに、自然な英語で質問できます。これは上記のパックエンドポイントでも、フルゲートウェイでも利用できます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Biomodels data" })

ゲートウェイが適切なツールを選び、引数を自動的に設定します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT