Bioregistry

@pipeworx/bioregistry

Bioregistry MCP — 生物医学識別子プレフィックスのメタレジストリ（UniProt、ChEBI、HPO、MONDO、RxNorm などの約 1500 個のプレフィックス）。キー不要です。

Pipeworx の一部です。AI エージェントを 1875 以上のライブデータソースに接続する MCP ゲートウェイです。これは独立した非公式の連携であり、上流プロバイダーとは提携も推奨も受けておらず、同プロバイダーによる公開でもありません。

ツール

• prefix(prefix) — プレフィックスのメタデータ（URL テンプレート、プロバイダー、ライセンス）
• search(query, limit?) — プレフィックスを部分一致で検索
• resolve(curie) — CURIE（例：chebi:24867）をプロバイダーの URL に解決
• prefixes(limit?, offset?) — すべてのプレフィックスをページ分割して取得

データソース

https://bioregistry.io/api/

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "bioregistry": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/bioregistry/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/bioregistry/mcp の tools/list は、上の表に記載されたツールに加えて、共有 Pipeworx メタツールである ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で利用できるツール群を返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、パック固有のツールに加えて、共有ツールがおよそ 30 個表示されます。接続の initialize 応答には正確な範囲が示されており、その日の状況を確認するうえで最も信頼できる情報です。

これは意図的な設計であり、偶然の多重化ではありません。メタツールを使うと、このパックの対象外の質問にも、カタログ全体を横断する ask_pipeworx を介して回答できます。そのために MCP サーバーをもう 1 つ追加する必要はありません。現在、メタツールなしでパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマによるコンテキスト消費がルーティングの利点を上回る場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度接続してください。

または、フル Pipeworx ゲートウェイに接続すると、このパックだけでなく、すべてのパックのツールが直接一覧表示されます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL も同じゲートウェイと同じ 1875 以上のデータソースに接続します。違いは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。どちらからでも、ask_pipeworx を使ってすべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントがない場合：HTTP で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/prefix \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"prefix":"chebi"}'

最初の呼び出しではアカウントは不要です。ツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/prefix を実行します。ツールを探すには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を実行します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージは、ローカルの stdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworx アカウントも、ゲートウェイとの往復通信も不要です。

{
  "mcpServers": {
    "bioregistry": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-bioregistry"]
    }
  }
}

または、起動することを確認するために直接実行します。

npx -y @pipeworx/mcp-bioregistry

stdin／stdout 経由で MCP と通信し、initialize／tools/list／tools/call に応答するのは、このパックのツールだけです。上記のゲートウェイ接続で追加される共有メタツールは含まれません。データソースとツールは同じですが、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx を使う

ツールを直接呼び出す代わりに、自然な英語で質問できます。この方法は、上記のパックエンドポイントとフルゲートウェイの両方で利用できます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Bioregistry data" })

ゲートウェイが適切なツールを選び、引数を自動的に入力します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT