Biorxiv

@pipeworx/biorxiv

bioRxiv／medRxiv プレプリント API MCP。キー不要です。

Pipeworx の一部です。AI エージェントを 1875 以上のライブデータソースに接続する MCP ゲートウェイです。これは独立した非公式の統合であり、上流プロバイダーとは提携しておらず、推奨や公開も受けていません。

ツール

• details(server, doi|date_or_range, cursor?) — DOI または日付／日付範囲でプレプリントのメタデータを取得します
• published(server, date_or_range, cursor?) — その後ジャーナルに掲載された bioRxiv プレプリントを取得します
• publisher(server, prefix, date_or_range, cursor?) — 指定した DOI プレフィックスの出版社から後に出版されたプレプリントを取得します
• summary(server) — 月ごとの投稿数／出版数（全期間）

server：biorxiv または medrxiv。

データソース

https://api.biorxiv.org/

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/biorxiv/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/biorxiv/mcp の tools/list は、上の表にあるツールに加えて、Pipeworx 共通のメタツールである ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で利用できるツールを返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。単一パックのエンドポイントには現在、パック独自のツールと併せて、共通ツールが約 30 個表示されます。接続の initialize 応答に正確な範囲が記載されており、その日の状況を確認するための確実な情報源です。

これは意図的な仕様であり、偶然の多重化ではありません。メタツールを使えば、このパックで扱わない質問にも、カタログ全体を対象にルーティングする ask_pipeworx 経由で回答できます。そのため、MCP サーバーを 2 つ目に追加する必要はありません。現在、メタツールなしでパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマによるコンテキスト消費がルーティングの利便性を上回る場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度だけ接続してください。

また、フル Pipeworx ゲートウェイに接続すると、このパックのツールだけでなく、すべてのパックのツールが直接一覧表示されます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL も、同じゲートウェイと 1875 以上のデータソースに接続します。違いは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。どちらからでも ask_pipeworx を使ってすべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントをお持ちでない場合：HTTP 経由で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/details \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"server":"biorxiv","doi":"10.1101/2024.01.15.575982"}'

最初の呼び出しにアカウントは不要です。ツールの詳細を確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/details を実行します。ツールを探すには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を実行します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージは、ローカルの stdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworx アカウントも、ゲートウェイとの往復通信も不要です。

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-biorxiv"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認します。

npx -y @pipeworx/mcp-biorxiv

stdin／stdout 経由で MCP を使用し、initialize／tools/list／tools/call に応答します。対象はこのパックのツールのみで、上記のゲートウェイ接続で追加される共通メタツールは含まれません。同じデータソース、同じツールで、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx の使用

ツールを直接呼び出す代わりに、自然な英語で質問できます。これは上記のパックエンドポイントでも、フルゲートウェイでも利用できます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Biorxiv data" })

ゲートウェイが適切なツールを選択し、引数を自動的に設定します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT