Biosamples

mcp-biosamples

EBI BioSamples MCP。

Pipeworx の一部です。AI エージェントを 1875 以上のライブデータソースに接続する MCP ゲートウェイです。これは独立した非公式の統合であり、上流プロバイダーとは提携、推奨、公開のいずれもされていません。

ツール

ツール	説明
search_samples	EBI BioSamples を検索します。EBI アーカイブ全体で参照される生物学的サンプル（細胞株、組織、生物）のメタデータを対象とします。生物、組織、キーワードでフリーテキスト検索し、一致したサンプルのアクセッション、名前、生物、リリース日を返します。キーは不要です。
get_sample	アクセッションを指定して、EBI BioSamples の単一レコードを取得します。サンプル名、日付、taxId、生物、および特性（生物、組織、性別、細胞型など）をフラット化したマップを返します。キーは不要です。

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "biosamples": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/biosamples/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/biosamples/mcp の tools/list は、上の表にあるツールに加えて、共有 Pipeworx メタツール（ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recall、その他ゲートウェイ全体で利用できるツール一式）も返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、そのパック固有のツールと合わせて、およそ 30 個の共有ツールが一覧表示されます。接続の initialize 応答には正確な範囲が示されており、その日の時点での正式な回答となります。

これは意図的な設計であり、誤って多重化されているわけではありません。メタツールを使えば、このパックが対応していない質問にも、カタログ全体をルーティングする ask_pipeworx 経由で答えられるため、MCP サーバーをもう 1 つ追加する必要がありません。現在、メタツールなしでパックのエンドポイントを接続する方法はありません。追加のスキーマによるコンテキスト消費がルーティングの利点を上回る場合は、複数のパックのエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度接続してください。

または、Pipeworx のフルゲートウェイに接続すると、このパックだけでなく、すべてのパックのツールが直接一覧表示されます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL も、同じゲートウェイと同じ 1875 以上のデータソースに接続します。違いは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。どちらからでも ask_pipeworx を使ってすべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントがない場合：HTTP で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_samples \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"liver"}'

最初の呼び出しにアカウントは不要です。任意のツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_samples を実行します。ツールを探すには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を実行します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージはローカルの stdio MCP サーバーとしても実行できるため、Pipeworx アカウントもゲートウェイへの往復通信も不要です。

{
  "mcpServers": {
    "biosamples": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-biosamples"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認します。

npx -y @pipeworx/mcp-biosamples

stdin/stdout 経由で MCP を使用し、initialize／tools/list／tools/call に対して、このパックのツールのみで応答します。上記のゲートウェイ接続で追加される共有メタツールは含まれません。同じソース、同じツールで、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx を使う

ツールを直接呼び出す代わりに、平易な英語で質問できます。この方法は、上記のパックのエンドポイントでもフルゲートウェイでも利用できます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Biosamples data" })

ゲートウェイが適切なツールを選び、引数を自動的に設定します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT