Biostudies

mcp-biostudies

EBI BioStudies MCP。

Pipeworx の一部です。AI エージェントを 1875 以上の稼働中のデータソースに接続する MCP ゲートウェイです。これは独立した非公式の連携であり、上流プロバイダーとは提携、承認、公開のいずれもされていません。

ツール

ツール	説明
search_studies	EBI BioStudies を検索します。生物学的研究の説明を収録した、認証キー不要のデータベースで、EBI アーカイブ（ArrayExpress、PRIDE など）を横断してリンクします。キーワードで研究を検索し、アクセッション、タイトル、著者、種類、公開日、リンク数、ファイル数を取得します。
get_study	アクセッション（例：「S-EPMC6010251」）で指定した、単一の EBI BioStudies 研究のメタデータを取得します。タイトル、フラット化された属性（抄録、公開日、データソースなど）、リンク数、サブセクション数を返します。EBI BioStudies は EBI アーカイブを横断してリンクします。認証キーは不要です。

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "biostudies": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/biostudies/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供する内容

https://gateway.pipeworx.io/biostudies/mcp の tools/list は、上記の表にあるツールに加えて、共通の Pipeworx メタツール（ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で利用できるツール群）も返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、そのパック固有のツールと並んで、共通ツールがおよそ 30 個表示されます。接続の initialize 応答に正確な対象範囲が記載されており、その日の状況を確認する際の正式な情報源となります。

これは意図的な設計であり、偶発的な多重化ではありません。メタツールを使うことで、このパックでは対応できない質問にも、カタログ全体にルーティングする ask_pipeworx を通じて回答できます。そのため、MCP サーバーをもう 1 つ追加する必要はありません。現在、メタツールなしでパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマがルーティングの利点を上回るコンテキストを消費する場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度接続してください。

または、Pipeworx のフルゲートウェイに接続すると、このパックだけでなく、すべてのパックのツールが直接一覧表示されます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL も、同じゲートウェイと同じ 1875 以上のデータソースに接続します。異なるのは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。どちらからでも、ask_pipeworx を通じてすべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントがない場合は、HTTP で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/biostudies_search_studies \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"crispr gene editing"}'

最初の呼び出しにアカウントは必要ありません。任意のツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/biostudies_search_studies を実行します。ツールを探すには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を実行します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージはローカルの stdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworx アカウントも、ゲートウェイへの往復通信も不要です。

{
  "mcpServers": {
    "biostudies": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-biostudies"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動することを確認します。

npx -y @pipeworx/mcp-biostudies

stdin/stdout 経由で MCP を通信し、initialize／tools/list／tools/call に応答します。対象はこのパックのツールのみで、上記のゲートウェイ接続が追加する共通メタツールは含まれません。同じソース、同じツールを使いますが、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx を使用する

ツールを直接呼び出す代わりに、自然な英語で質問できます。これは上記のパックエンドポイントとフルゲートウェイの両方で利用できます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Biostudies data" })

ゲートウェイが適切なツールを選び、引数を自動的に設定します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT