Bold Systems

@pipeworx/bold-systems

BOLD Systems（Barcode of Life Data System、Centre for Biodiversity Genomics、University of Guelph）のグローバルなDNAバーコード参照ライブラリです。採集地、機関、分類情報を含む標本の証拠資料、COI/rbcL/matKのバーコード配列そのもの、およびBINの種代理クラスターを収録しています。

Pipeworxの一部です。AI エージェントを1875以上の稼働中のデータソースに接続するMCPゲートウェイです。これは独立した非公式の統合であり、上流プロバイダーとは提携しておらず、承認や公開も受けていません。

ツール

• bold_specimens(taxon?, country?, bin?, institution?, query?, limit?, offset?) — 標本レコード： プロセスID、完全な分類情報、BIN、採集日、座標付き採集地、所蔵機関、マーカー、GenBankアクセッション。フィルターはすべてAND条件で適用されます。
• bold_sequences(taxon?, country?, bin?, institution?, marker?, query?, limit?, offset?) — バーコード配列と、プライマー、塩基数、INSDCアクセッション、すぐに貼り付けられるFASTAブロックを返します。
• bold_taxonomy(name, rank?) — BOLD独自のインデックスで名称を照合します。系統、対象より上位の各ランクにおけるレコード数／種数／BIN数、平易な説明、件数付きの別候補を返します。

認証

キーは不要です。

データソース

• https://portal.boldsystems.org/api/terms — 用語インデックス。平易な名称をクエリの3要素に変換します。
• https://portal.boldsystems.org/api/query — 3要素のクエリをquery_idに変換します。
• https://portal.boldsystems.org/api/documents/{query_id} — レコード。nuc配列をインラインで含みます。
• https://portal.boldsystems.org/api/taxonomy/{description,hierarchy} — 系統、件数、説明文。
• Swagger：https://portal.boldsystems.org/api/docs（仕様ファイルはhttps://portal.boldsystems.org/openapi.jsonにあります。/api/配下ではありません。）

注意点

v4 API は廃止されています。 v4.boldsystems.org/index.php/API_Public/{specimen,sequence,combined} は、あらゆるチュートリアルや大半の R パッケージが今も参照していますが、JSON ではなく「BOLD Public Offline」の HTML ページを返すため、単純なクライアントでは廃止を知らせる代わりに解析エラーが発生します。ここで扱うのはすべて v5 ポータル API です。

クエリ言語は scope:field:value のトリプレットで、値からスコープとフィールドの組み合わせを推測することはできません。 Canada は geo:country/ocean、Danaus は tax:genus、BOLD:AAA9566 は bin:uri、Smithsonian Institution は inst:name です。フリーテキストを渡すと、400 {"detail":"Invalid triplet token"} が返されます。このパックは、型付き引数をすべて最初に /api/terms で解決します。これにより、単純な名前が 400 エラーや何も返さない結果ではなく、一致するクエリになります。

/api/counts が報告するのは、各用語の件数の合計であり、積集合のサイズではありません。 tax:species:Danaus plexippus;geo:country/ocean:Canada の場合、2,520,553 件のレコードと表示されますが、実際の一致セットは 7 件です。これは 200 を返しながら、5 桁も誤った数値を含むケースであり、単純な統合ではこの数値をそのまま引用してしまいます。このパックではこれを使用しません。matchingRecords はドキュメントクエリの recordsTotal から取得しており、こちらが実際の件数です。（セミコロンで区切られたトリプレットは、/counts では合計される一方、/documents では AND 条件になります。）

/api/query/preprocessor は、複数単語の文字列に対して ID フィールドとの照合にフォールバックします。 「Danaus plexippus Canada」を渡すと、ids:processid:...;ids:sampleid:...;ids:insdcacs:... が返されます。これは何にも一致せず、エラーも発生しないクエリです。フィルターは個別に解決してください。resolveTriplet はその処理を行います。

BOLD には、シーケンスが決定されていない標本レコードも含まれます。 bold_sequences は nuc フィールドのあるレコードに絞り込み、結果が空の場合は note でその旨を示します。そのため、「この分類群にはバーコードがない」場合と「この分類群にはレコードがない」場合を区別できます。

マーカーフィルターは、上流ではなく返されたページに対して適用されます（BOLD の用語インデックスに COI-5P のエントリがないためです）。マーカーが指定されている場合、このパックは取得件数を 5 倍に増やし、スキャンしたページに実際に含まれていたマーカーを報告します。そのため、結果が空の場合は、指定できたマーカーが示されます。

identifier_email は、パックから外部に送信される前に削除されます。これは個人の連絡先メールアドレスであり、標本データではありません。採集者と識別者の名前は保持されます。これらは博物館標本の公開された帰属情報であり、すべての生物多様性レコードに表示されます。

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "bold-systems": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/bold-systems/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/bold-systems/mcp の tools/list は、上記の表にあるツールに加えて、Pipeworx 共通のメタツール（ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で共通するツール一式）も返します。そのため、表示されるツール数はこの表の数より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、そのパック独自のツールとともに、およそ 30 個の共通ツールが表示されます。接続時の initialize 応答には、正確な範囲が記載されており、その日の時点での確定情報です。

これは意図的な設計であり、偶然に多重化されているわけではありません。メタツールを使うと、このパックが扱わない質問にも、カタログ全体を横断してルーティングする ask_pipeworx を介して回答でき、MCP サーバーをもう 1 つ追加する必要がありません。現時点では、メタツールなしでパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマによるコンテキスト消費がルーティングの利点を上回る場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度だけ接続してください。

また、Pipeworx フルゲートウェイに接続すると、このパックだけでなく、すべてのパックのツールを直接一覧表示できます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL も同じゲートウェイと同じ 1875+ 件のデータソースにつながります。異なるのは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。どちらからでも ask_pipeworx を使って、すべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントがありませんか？ HTTP 経由で呼び出せます

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/bold_specimens \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"taxon":"Danaus plexippus","country":"Canada","limit":3}'

最初の呼び出しにアカウントは不要です。任意のツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/bold_specimens を実行します。ツールを見つけるには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を実行します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージはローカルの stdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworx アカウントもゲートウェイを経由する通信も不要です。

{
  "mcpServers": {
    "bold-systems": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-bold-systems"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認できます。

npx -y @pipeworx/mcp-bold-systems

stdin/stdout 経由で MCP を使用し、initialize／tools/list／tools/call に応答します。対象はこのパックのツールのみで、上記のゲートウェイ接続で追加される共有メタツールは含まれません。同じソース、同じツールで、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx の使用

ツールを直接呼び出す代わりに、平易な英語で質問できます。これは上記のパックエンドポイントだけでなく、ゲートウェイ全体でも利用できます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Bold Systems data" })

ゲートウェイが適切なツールを選択し、引数を自動的に設定します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT