Complex Portal

mcp-complex-portal

EBI Complex Portal MCP。

Pipeworx の一部です。AI エージェントを 1875 以上のライブデータソースに接続する MCP ゲートウェイです。これは独立した非公式の統合であり、上流プロバイダーとは提携関係になく、承認を受けておらず、公開もされていません。

ツール

ツール	説明
search_complexes	EBI Complex Portal を検索します。手動でキュレーションされた安定した高分子タンパク質複合体のデータベースです。タンパク質／複合体名、遺伝子、GO 用語、生物学的プロセス（例：「アポトーシス」、「SCF」、「リボソーム」）で検索できます。一致する複合体のアクセッション（例：CPX-7762）、名前、説明、生物種を返します。API キーは不要です。UniProt／IntAct／STRING を補完します。
get_complex	アクセッション（例：CPX-7762）を指定して、Complex Portal のレコードを 1 件取得します。UniProt 識別子、生物学的役割、化学量論を含む複合体の構成要素（サブユニット）に加え、系統名、機能、種、説明を返します。API キーは不要です。UniProt／IntAct／STRING を補完します。

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "complex-portal": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/complex-portal/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供する内容

https://gateway.pipeworx.io/complex-portal/mcp の tools/list は、上の表に記載されたツールに加えて、共有 Pipeworx メタツールである ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で利用できるツール一式を返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、そのパック固有のツールとともに、共有ツールが約 30 個表示されます。接続の initialize 応答に正確な対象範囲が示されており、当日の情報として最も信頼できます。

これは意図的な設計であり、偶然の多重化ではありません。メタツールを使うと、このパックの対象外の質問にも対応できます。ask_pipeworx 経由でカタログ全体にルーティングできるため、MCP サーバーを 2 台目として追加する必要はありません。現時点では、メタツールなしでパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマによるコンテキスト消費がルーティングの利点を上回る場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度接続してください。

または、Pipeworx のフルゲートウェイに接続すると、このパックのツールだけでなく、すべてのパックのツールが直接一覧表示されます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL も、同じゲートウェイと同じ 1875 以上のデータソースに接続します。異なるのは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。ask_pipeworx を使えば、どちらからでもすべてのツールを利用できます。

MCP クライアントがない場合：HTTP 経由で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_complexes \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"ribosome"}'

最初の呼び出しではアカウントは不要です。任意のツールの詳細を確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_complexes を使用します。ツールを探すには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を使用します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージは、ローカルの stdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworx アカウントもゲートウェイへの往復も不要です。

{
  "mcpServers": {
    "complex-portal": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-complex-portal"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認します。

npx -y @pipeworx/mcp-complex-portal

stdin／stdout 経由で MCP をやり取りし、このパック固有のツールだけについて initialize／tools/list／tools/call に応答します。上記のゲートウェイ接続で追加される共有メタツールは含まれません。同じソース、同じツールで、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx の使用

ツールを直接呼び出す代わりに、自然な英語で質問できます。これは上記のパックエンドポイントとフルゲートウェイのどちらでも利用できます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Complex Portal data" })

ゲートウェイが適切なツールを選択し、引数を自動的に設定します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT