Crystallography

mcp-crystallography

Crystallography Open Database（COD）MCP。

Pipeworx の一部です。AI エージェントを 1875 以上のライブデータソースに接続する MCP ゲートウェイです。これは独立した非公式の統合であり、上流プロバイダーとは提携、承認、公開のいずれも行っていません。

ツール

ツール	説明
search_structures	結晶構造のオープンリポジトリである Crystallography Open Database（COD）を検索します（無機、有機、有機金属、鉱物）。化合物名（フリーテキスト）、化学式、または鉱物名で検索すると、単位格子パラメーター、空間群、年、CIF 構造ファイルへのリンクを含む、一致する結晶構造を返します。キーは不要です。query、formula、mineral のうち少なくとも 1 つを指定してください。化学式は COD に保存されている Hill 表記に正規化されるため、「NaCl」、「SiO2」、「CaCO3」はすべて使用できます。レスポンスには、一致した文字列がそのまま formula_searched として示されます。
get_structure	数値の COD ID（例：「1009000」）で Crystallography Open Database（COD）内の単一の結晶構造を検索します。化合物名／鉱物名、化学式、空間群、完全な単位格子パラメーター（a、b、c、alpha、beta、gamma、体積）、書誌情報（タイトル、著者、ジャーナル、年、DOI）、CIF 構造ファイルへのリンクを返します。キーは不要です。
get_cif	数値の COD ID で COD 構造の完全な CIF（Crystallographic Information File）を取得します。これは、対称操作と原子サイト（元素、分率 x/y/z 座標、占有率）を含む、実際に機械で読み取り可能な構造データです。メタデータやリンクだけでなく実際の原子構造が必要な場合は、search_structures/get_structure の後に使用します。CIF テキストと解析済みの概要（化学式、空間群、単位格子、原子数）を返します。キーは不要です。

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "crystallography": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/crystallography/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/crystallography/mcp の tools/list は、上の表にあるツールに加えて、共有 Pipeworx メタツール（ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember/recall など、ゲートウェイ全体で利用できるツール一式）も返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、そのパック固有のツールに加えて、共有ツールが約 30 個表示されます。接続の initialize レスポンスには正確な対象範囲が示されており、その日の状況を確認する際の正式な情報源です。

これは意図的な設計であり、偶然の多重化ではありません。メタツールを使うと、このパックで対応していない質問にも、カタログ全体を横断してルーティングする ask_pipeworx を介して回答できるため、MCP サーバーをもう 1 つ追加する必要がありません。現在、これらのメタツールなしでパックのエンドポイントを利用する方法はありません。追加のスキーマによって消費されるコンテキストが、ルーティングの利点を上回る場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度だけ接続してください。

または、Pipeworx のフルゲートウェイに接続すると、このパックのツールだけでなく、すべてのパックのツールが直接一覧表示されます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL も同じゲートウェイと同じ 1875 以上のデータソースに接続します。異なるのは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。どちらを使っても、ask_pipeworx からすべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントがなくても、HTTP 経由で呼び出せます

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_structures \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"quartz"}'

最初の呼び出しにアカウントは不要です。ツールの詳細は GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_structures で確認できます。ツールを探すには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を呼び出します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージは、ローカルの stdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworx アカウントも、ゲートウェイを経由する通信も必要ありません。

{
  "mcpServers": {
    "crystallography": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-crystallography"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認します。

npx -y @pipeworx/mcp-crystallography

stdin/stdout 経由で MCP を使用し、このパックのツールのみを対象に initialize/tools/list/tools/call に応答します。上記のゲートウェイ接続で追加される共有メタツールは含まれません。同じソース、同じツールを利用できますが、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx での使用

ツールを直接呼び出す代わりに、平易な英語で質問できます。 これは、上記のパックエンドポイントだけでなく、フルゲートウェイでも機能します。

ask_pipeworx({ question: "your question about Crystallography data" })

ゲートウェイが適切なツールを選び、引数を自動的に設定します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT