Ebi Ols

@pipeworx/ebi-ols

EBI Ontology Lookup Service (OLS) MCP — GO、EFO、MONDO、CL、ChEBI、HP など、約250の生物医学オントロジーを検索し、たどれます。キーは不要です。

Pipeworx の一部です。AI エージェントを1878以上のライブデータソースに接続する MCP ゲートウェイです。これは独立した非公式の統合であり、上流プロバイダーとは提携しておらず、承認も公開もされていません。

ツール

• list_ontologies(size?, page?) — 読み込み済みのすべてのオントロジーを一覧表示します
• get_ontology(id) — オントロジーのメタデータ（最新リリース、用語数など）を取得します
• search(query, ontology?, type?, exact?, rows?) — 用語を全文検索します
• get_term(ontology, iri|short_form|obo_id) — 用語の詳細を取得します
• term_ancestors(ontology, iri) — 推移的な親項目を取得します
• term_children(ontology, iri) — 直接の子項目を取得します

データソース

https://www.ebi.ac.uk/ols4/api/

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "ebi-ols": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/ebi-ols/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/ebi-ols/mcp の tools/list は、上の表にあるツールに加えて、共有 Pipeworx メタツール（ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で利用できるツール一式）も返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、そのパック固有のツールに加えて、共有ツールが約30個一覧表示されます。接続時の initialize レスポンスに正確な対象範囲が記載されており、その時点での正式な情報となります。

これは意図的な仕様であり、偶発的な多重化ではありません。メタツールを使えば、このパックの対象外の質問にも、カタログ全体を横断して処理する ask_pipeworx を通じて回答できます。MCP サーバーを追加する必要はありません。現時点では、メタツールなしでパックのエンドポイントを利用する方法はありません。追加のスキーマによって消費されるコンテキスト量がルーティングの利点を上回る場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度接続してください。

また、フル Pipeworx ゲートウェイに接続すると、このパックだけでなく、すべてのパックのツールが直接一覧表示されます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL も、同じゲートウェイと同じ1878以上のデータソースに接続します。異なるのは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。どちらからでも ask_pipeworx を使ってすべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントがない場合：HTTP で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/list_ontologies \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"size":20,"page":0}'

最初の呼び出しにアカウントは不要です。任意のツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/list_ontologies を実行します。ツールを探すには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を実行します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージは、ローカルの stdio MCP サーバーとしても動作します。Pipeworx アカウントもゲートウェイへの往復通信も不要です。

{
  "mcpServers": {
    "ebi-ols": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-ebi-ols"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認します。

npx -y @pipeworx/mcp-ebi-ols

stdin/stdout 経由で MCP を通信し、このパックのツールのみを対象に initialize／tools/list／tools/call に応答します。上記のゲートウェイ接続で追加される共有メタツールは含まれません。同じソース、同じツールを利用できますが、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx の使用

ツールを直接呼び出す代わりに、平易な英語で質問できます。この機能は、上記のパックエンドポイントでもフルゲートウェイでも利用できます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Ebi Ols data" })

ゲートウェイが適切なツールを選び、引数を自動的に設定します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT