Emdb

mcp-emdb

EMDB（EBI Electron Microscopy Data Bank）MCP — キー不要です。

Pipeworx の一部です。AI エージェントを 1878 以上の稼働中のデータソースに接続する MCP ゲートウェイです。これは独立した非公式の統合であり、上流プロバイダーとは提携しておらず、承認も公開も受けていません。

ツール

ツール	説明
search_maps	EBI Electron Microscopy Data Bank（EMDB）を対象に、自由入力のキーワード（例：「ribosome」、「spike protein」、「apoptosis」）で 3D クライオ電子顕微鏡／電子線トモグラフィーの密度マップを検索します。一致したマップについて、EMDB ID、タイトル、分解能（オングストローム）、構造決定法を返します。キー不要です。原子構造／実験構造を収録する PDB／AlphaFold を補完します。
get_map	EMDB ID（例：「EMD-1080」）を指定して、単一の EMDB エントリーを取得します。タイトル、サンプル、構造決定法、分解能（オングストローム）、公開日を含む簡潔なレコードを返します。EMDB には、タンパク質、複合体、ウイルスの 3D 電子顕微鏡密度マップが収録されています。キー不要です。

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "emdb": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/emdb/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/emdb/mcp の tools/list は、上の表にあるツールに加えて、共有 Pipeworx メタツールである ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で使えるツール一式を返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、そのパック固有のツールに加えて、共有ツールが約 30 個表示されます。接続の initialize 応答には正確な範囲が記載されており、その時点での正式な情報となります。

これは意図的な動作であり、偶然の多重化ではありません。メタツールを使うと、このパックが対応していない質問にも、カタログ全体を横断して処理する ask_pipeworx を介して回答できます。そのために MCP サーバーをもう 1 つ追加する必要はありません。現時点では、これらのメタツールなしでパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマによるコンテキスト消費がルーティングの利便性に見合わない場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度だけ接続してください。

または、フル Pipeworx ゲートウェイに接続すると、このパックのツールだけでなく、すべてのパックのツールが直接一覧表示されます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL も、同じゲートウェイと同じ 1878 以上のデータソースに接続します。異なるのは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。どちらからでも、ask_pipeworx を使ってすべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントがない場合：HTTP で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_maps \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"ribosome"}'

最初の呼び出しにアカウントは不要です。任意のツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_maps を実行します。ツールを探すには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を実行します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージはローカルの stdio MCP サーバーとしても動作します。Pipeworx アカウントも、ゲートウェイへの往復通信も不要です。

{
  "mcpServers": {
    "emdb": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-emdb"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認します。

npx -y @pipeworx/mcp-emdb

stdin／stdout 経由で MCP を使用し、initialize／tools/list／tools/call に応答します。対象はこのパックのツールのみで、上記のゲートウェイ接続で追加される共有メタツールは含まれません。同じソース、同じツールで、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx を使う

ツールを直接呼び出す代わりに、平易な英語で質問できます。これは上記のパックエンドポイントでも、フルゲートウェイでも利用できます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Emdb data" })

ゲートウェイが適切なツールを選び、引数を自動的に設定します。

詳細情報

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT