Ena

@pipeworx/ena

European Nucleotide Archive（EMBL-EBI）——生のシーケンシングラン、アセンブリ、アノテーション付き配列の公開記録です。生物、研究、プラットフォーム、採取国、日付で検索でき、各ランの FASTQ/BAM ダウンロード URL とチェックサムを確認できます。

Pipeworx の一部です。AI エージェントを 1879 以上の稼働中のデータソースにつなぐ MCP ゲートウェイです。これは独立した非公式の統合であり、上流プロバイダーとは提携、推奨、公開のいずれもされていません。

ツール

• ena_search(result?, query?, fields?, sortFields?, limit?) — ENA 独自のクエリー構文（tax_eq(2697049)、tax_tree(9606) AND library_strategy="WGS"、country="Kenya"）を使って、任意の ENA 結果タイプを検索します。「この生物／疾患／場所について、どのような公開シーケンシングデータがあるか」に答えます。
• ena_filereport(accession, result?, fields?, limit?) — 研究、ラン、サンプル、実験のアクセッションに関連するすべてのデータファイルを、直接ダウンロード URL、バイトサイズ、MD5 とともに取得します。「リードはどこから入手できるか」に答えます。
• ena_results_types(result?) — スキーマを確認するためのステップです。検索可能なすべての結果タイプと現在のレコード数を取得し、タイプを 1 つ指定すると、そのタイプが受け付けるすべてのフィールドを取得します。クエリーを作成する前に呼び出してください。

認証

キーは不要です。登録も必要ありません。

データソース

• https://www.ebi.ac.uk/ena/portal/api/search — 結果タイプを指定した検索。
• https://www.ebi.ac.uk/ena/portal/api/filereport — アクセッションごとのファイル一覧。
• https://www.ebi.ac.uk/ena/portal/api/results — 結果タイプと現在の件数。
• https://www.ebi.ac.uk/ena/portal/api/returnFields — 結果タイプごとのフィールド。

再発見に時間がかかる注意点（2026-09-17 に確認）

• format=json はデフォルトではありません。 指定しないと TSV が返されます。下流ではエラーとしてではなく、形式が壊れた 1 つの文字列として読み込まれます。
• limit=0 は無制限を意味します。 一般的な慣例とは逆です。read_run では数千万行になります。このパックは 0 を送信しません。
• 数値列は通信上では文字列です（"read_count":"4547927"）。
• fields を指定しない検索では、アクセッション列だけが返されます。 形式上は有効でも役に立たない結果です。このパックは結果タイプごとにデフォルトのフィールドセットを送信します。
• filereport は、アクセッションが一致しなくても HTTP 200 を返し、受け付けられる正規表現を示す {"message": ...} の本文を返します。このメッセージをエラーとして返します。空のリストを返すと、「この研究にはランがない」という意味に受け取られてしまうためです。

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "ena": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/ena/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/ena/mcp の tools/list は、上の表にあるツールに加えて、共通の Pipeworx メタツール（ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で使えるツール一式）も返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、パック固有のツールとあわせて、およそ 30 個の共通ツールが一覧表示されます。接続の initialize レスポンスには正確なスコープが記載されており、その日の状況を確認するうえでの正式な情報源です。

これは意図的な仕様であり、偶然に多重化されているわけではありません。メタツールを使うことで、このパックの対象外の質問にも、カタログ全体を経由する ask_pipeworx で回答できます。MCP サーバーを 2 つ目に追加する必要はありません。現時点では、メタツールなしでパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマに必要なコンテキストがルーティングの利点を上回る場合は、複数のパックエンドポイントではなく、完全なゲートウェイに一度だけ接続してください。

または、完全な Pipeworx ゲートウェイに接続すると、このパックだけではなく、すべてのパックのツールが直接一覧表示されます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL も、同じゲートウェイと同じ 1879 以上のデータソースに接続します。違いは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。どちらからでも ask_pipeworx を使ってすべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントをお持ちでない場合は、HTTP で呼び出せます

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/ena_search \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"result":"read_run","query":"tax_eq(2697049)","limit":3}'

最初の呼び出しではアカウントは不要です。任意のツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/ena_search を実行します。ツールを探すには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を実行します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージは、ローカルの stdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworx アカウントやゲートウェイを経由した通信は不要です。

{
  "mcpServers": {
    "ena": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-ena"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動することを確認できます。

npx -y @pipeworx/mcp-ena

stdin/stdout 経由で MCP をやり取りし、このパックのツールのみに対して initialize／tools/list／tools/call に応答します。上記のゲートウェイ接続で追加される共有メタツールはありません。同じソース、同じツールを使用し、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx の使用

ツールを直接呼び出す代わりに、平易な英語で質問できます。上記のパックエンドポイントと、フルゲートウェイの両方で利用できます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Ena data" })

ゲートウェイが適切なツールを選び、引数を自動的に設定します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT