Ensembl

@pipeworx/ensembl

Ensembl REST API MCP — 脊椎動物のゲノム、遺伝子アノテーション、配列、比較ゲノミクス、変異。キー不要です。

Pipeworx の一部です。AI エージェントを1879以上の稼働中のデータソースに接続するMCPゲートウェイです。これは独立した非公式の連携であり、上流のプロバイダーとは提携、承認、公開のいずれもされていません。

ツール

• lookup(id, expand?) — 安定IDによる検索（遺伝子／転写産物／エクソン／翻訳）
• lookup_symbol(species, symbol) — 種内でシンボルから遺伝子を検索
• xrefs(species, symbol) — 遺伝子シンボルの外部相互参照
• sequence(id, type?) — DNA／cDNA／CDS／タンパク質配列
• homology(species, symbol_or_id, target_species?) — 相同関係のマッピング
• variation(species, variant_id) — 名前による変異の検索（例：「rs56116432」）
• vep(species, region, allele) — Variant Effect Predictor（region：「9:22125504-22125504:1」）
• xref_symbol(species, symbol) — シンボル検索（/xrefs/symbol のエイリアス）

データソース

https://rest.ensembl.org

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "ensembl": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/ensembl/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/ensembl/mcp の tools/list は、上の表にあるツールに加えて、Pipeworx 共通のメタツール（ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で使えるツール群）も返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、そのパック独自のツールに加えて、共通ツールが約30個表示されます。接続の initialize レスポンスに正確な対象範囲が示されており、その日の時点での正式な情報です。

これは意図的な設計であり、偶然の多重化ではありません。メタツールを使うと、このパックでは対応できない質問にも、カタログ全体を対象にルーティングする ask_pipeworx 経由で回答できます。MCP サーバーをもう1つ追加する必要はありません。現時点では、メタツールなしでパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加スキーマによるコンテキストのコストがルーティングの利点を上回る場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度接続してください。

また、フル Pipeworx ゲートウェイに接続すると、このパックだけでなく、すべてのパックのツールが一覧表示されます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらのURLも、同じゲートウェイと同じ1879以上のデータソースに接続します。異なるのは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。どちらからでも、ask_pipeworx を使えばすべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントがない場合：HTTP 経由で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/ensembl_lookup \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"id":"ENSG00000157764"}'

最初の呼び出しにはアカウントは不要です。ツールの詳細を確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/ensembl_lookup を使用します。ツールを探すには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を使用します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージはローカルの stdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworx アカウントもゲートウェイへのラウンドトリップも不要です。

{
  "mcpServers": {
    "ensembl": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-ensembl"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認します。

npx -y @pipeworx/mcp-ensembl

stdin/stdout 経由で MCP を使用し、このパックのツールのみを対象に initialize／tools/list／tools/call に応答します。上記のゲートウェイ接続で追加される共通メタツールは含まれません。同じデータソース、同じツールを使用できますが、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx を使用する

ツールを直接呼び出す代わりに、自然な英語で質問できます。この方法は、上記のパックエンドポイントでもフルゲートウェイでも使えます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Ensembl data" })

ゲートウェイが適切なツールを選択し、引数を自動的に設定します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT