Expression Atlas

mcp-expression-atlas

EBI Expression Atlas MCP。

Pipeworx の一部です。AI エージェントを 1879 以上のライブデータソースに接続する MCP ゲートウェイです。これは独立した非公式のインテグレーションであり、上流プロバイダーとの提携、承認、公開はありません。

ツール

ツール	説明
search_experiments	EBI Expression Atlas を検索します。種、組織、条件にわたる約 4,500 件のキュレーション済み遺伝子／タンパク質発現実験（ベースラインおよび差次的発現）が対象です。キーワード（説明／実験因子に一致）、種（例：「Homo sapiens」、「Mus musculus」）、および／またはタイプ（「Baseline」または「Differential」）で絞り込めます。アクセッション、説明、種、タイプ、アッセイ数、因子を返します。キーは不要です。UniProt／Ensembl を補完します。
get_experiment	アクセッション（例：「E-MTAB-4045」）を指定して、単一の EBI Expression Atlas 実験のメタデータを取得します。アクセッション、説明、種、タイプ、アッセイ数、実験因子を返します。

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "expression-atlas": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/expression-atlas/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/expression-atlas/mcp の tools/list は、上の表にあるツールに加えて、Pipeworx 共通のメタツールである ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で利用できるツール一式を返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、そのパック固有のツールとともに、共通ツールが約 30 個表示されます。接続の initialize 応答には正確なスコープが記載されており、その日の時点での確定情報となります。

これは意図的なもので、偶然の多重化ではありません。メタツールを使うことで、このパックでは扱えない質問にも、カタログ全体を横断してルーティングする ask_pipeworx を介して回答できます。そのため、MCP サーバーをもう 1 つ追加する必要はありません。現時点では、共通ツールを含めずにパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマがルーティングの利点を上回るコンテキストを消費する場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度だけ接続してください。

または、フル Pipeworx ゲートウェイに接続すると、このパックのものだけでなく、すべてのパックのツールが一覧表示されます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL も、同じゲートウェイと同じ 1879 以上のデータソースに接続します。異なるのは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。どちらからでも、ask_pipeworx を使ってすべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントがない場合：HTTP で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_experiments \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"liver","species":"Homo sapiens","type":"Baseline","limit":25}'

最初の呼び出しにアカウントは不要です。任意のツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_experiments を実行します。ツールを探すには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を実行します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージはローカルの stdio MCP サーバーとしても動作します。Pipeworx アカウントも、ゲートウェイへのラウンドトリップも不要です。

{
  "mcpServers": {
    "expression-atlas": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-expression-atlas"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認します。

npx -y @pipeworx/mcp-expression-atlas

stdin／stdout 経由で MCP を使用し、initialize／tools/list／tools/call に応答します。対象となるのはこのパック固有のツールのみで、上記のゲートウェイ接続で追加される共通メタツールは含まれません。同じデータソース、同じツールで、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx を使う

ツールを直接呼び出す代わりに、自然な英語で質問できます。この方法は、上記のパックエンドポイントでもフルゲートウェイでも使用できます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Expression Atlas data" })

ゲートウェイが適切なツールを選び、引数を自動的に設定します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT