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Gbif

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Gbif について

Gbifは、生物多様性研究者向けのMCPサーバーで、Global Biodiversity Information Facility API v1をラップします。認証不要で無料の、種の分類情報と出現記録の照会を提供します。

主な機能

  1. 01一般名または学名による種の検索
  2. 02分類階層全体の取得
  3. 03位置情報付き出現記録の照会
  4. 04国や座標周辺による記録の絞り込み

活用シーン

  1. 01種の分類情報の確認
  2. 02特定種の観測記録の検索
  3. 03地点周辺で記録された種の調査

MCP 対応

種の検索、分類情報、出現記録照会のツールをMCPクライアントに公開し、位置周辺の検索にも対応します。Pipeworxゲートウェイ経由で接続するほか、ローカルのstdio MCPサーバーとして実行できます。

設定

リモートサーバーはインストール不要です。クライアントを選んで設定をコピーするか、ワンクリックで導入できます。

エンドポイントhttps://gateway.pipeworx.io/gbif/mcp
インストールコマンドをコピー
Claude CodeTerminal
Cursor.cursor/mcp.json
VS Code.vscode/mcp.json
Claude Desktopclaude_desktop_config.json
Windsurf~/.codeium/windsurf/mcp_config.json

コマンドはターミナルで実行し、JSON は各クライアントの MCP 設定に貼り付けて再起動します。認可が必要なサーバーは初回接続時にログインを求めます。

ツール

詳細

mcp-gbif

GBIF MCP — Global Biodiversity Information Facility API v1 をラップします(無料、認証不要)

Pipeworx の一部です — AI エージェントを 1879 以上のライブデータソースに接続する MCP ゲートウェイです。これは独立した非公式の統合であり、上流プロバイダーとは提携、推奨、公開のいずれもされていません。

ツール

ツール説明
search_species一般名または学名で種を検索します。一致した分類群を、階級、分類ステータス、分類階層とともに返します。詳細を取得するには、分類群キーを使って get_species を使用してください。
get_species種の完全な分類(界から亜種まで)を取得します。search_species で取得した分類群キーが必要です。すべての階級と、採用名のステータスを返します。
get_occurrences座標、日付、情報源を含む、種の位置情報付き観察記録を取得します。name(「Danaus plexippus」のような学名。自動的に解決されます)または数値の GBIF backbone key のいずれかを渡します。国コード(例:'US'、'BR'、'AU')で絞り込むと、地理的に結果を限定できます。
occurrences_nearある場所(緯度・経度+半径)の近くで種の出現記録を検索します。「この辺りで見られる種/野生動物は?」「この座標の周辺ではどんな鳥/植物が見られる?」「この地点の近くで の記録はある?」といった質問には、こちらを優先してください。必要に応じて GBIF 分類群キー(search_species で取得)でグループや種を絞り込めます。例:212 = 鳥類、6 = 植物、359 = 哺乳類。種名、日付、地域、情報源を含む位置情報付き記録を返します。

クイックスタート

MCP クライアント(Claude Desktop、Cursor、Windsurf など)に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "gbif": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/gbif/mcp"
    }
  }
}
このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/gbif/mcp の tools/list は、上の表にあるツールに加えて、共有 Pipeworx メタツール(ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember/recall など、ゲートウェイ全体で利用できるツール一式)も返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、そのパック独自のツールとともに、共有ツールが約 30 個表示されます。接続の initialize 応答に正確な範囲が記載されており、その日の時点での正式な情報となります。

これは意図的な設計であり、偶然の多重化ではありません。メタツールを使うことで、このパックが対応していない質問にも、カタログ全体を対象に振り分ける ask_pipeworx を介して回答できます。そのために、別の MCP サーバーを追加する必要はありません。現時点では、メタツールなしでパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマによるコンテキスト消費が、振り分けの利点を上回る場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度だけ接続してください。

または、フル Pipeworx ゲートウェイに接続すると、このパックだけでなく、すべてのパックのツールが直接一覧表示されます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL も、同じゲートウェイと同じ 1879 以上のデータソースに接続します。唯一の違いは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかです。ask_pipeworx を使えば、どちらからでもすべてのツールを利用できます。

MCP クライアントがない場合:HTTP で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_species \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"Homo sapiens"}'

最初の呼び出しにアカウントは不要です。ツールの詳細を確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_species を使用します。ツールを見つけるには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を呼び出します。

スタンドアロン(ゲートウェイアカウント不要)

このパッケージは、ローカルの stdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworx アカウントも、ゲートウェイを経由する通信も不要です。

{
  "mcpServers": {
    "gbif": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-gbif"]
    }
  }
}

または、起動することを確認するために直接実行します。

npx -y @pipeworx/mcp-gbif

stdin/stdout 経由で MCP を使用し、このパック独自のツールのみを対象に initialize/tools/list/tools/call に応答します。上記のゲートウェイ接続で追加される共有メタツールはありません。同じソース、同じツールですが、ask_pipeworx による振り分けはありません。

ask_pipeworx の使用

ツールを直接呼び出す代わりに、平易な英語で質問できます。この方法は、上記のパックエンドポイントとフルゲートウェイのどちらでも利用できます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Gbif data" })

ゲートウェイが適切なツールを選び、引数を自動的に設定します。

詳細

ライセンス

MIT

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MCP は初めてですか?

プロトコルの概要から最初のサーバーの導入まで、よくある疑問にまとめて答えます。

AI アプリケーションが外部のツールやデータソースに統一的な方法で接続するためのオープンなプロトコルです。クライアントはモデルとの対話を担い、MCP サーバーはツール・リソース・プロンプトテンプレートを提供します。標準メッセージでやり取りするため、1 つのサーバーを複数のクライアントで再利用できます。