Gtex

@pipeworx/gtex

GTEx Portal MCP — Genotype-Tissue Expression：ヒトの約54組織にわたる遺伝子発現。キー不要です。

Pipeworx の一部です — AI エージェントを1879以上のライブデータソースにつなぐMCPゲートウェイです。これは独立した非公式の統合であり、上流プロバイダーとは提携、承認、公開のいずれもされていません。

ツール

• gene(gencode_id_or_symbol) — 遺伝子のメタデータ
• median_expression(gene) — 組織全体の発現中央値
• top_expressed_genes(tissue, filter_mt_gene?, num?, datasetId?) — 組織ごとの発現上位遺伝子
• single_tissue_eqtls(gencode_id, tissue?) — 有意な単一組織eQTL
• tissues() — 組織の一覧

データソース

https://gtexportal.org/api/v2/

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します：

{
  "mcpServers": {
    "gtex": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/gtex/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/gtex/mcp の tools/list は、上の表にあるツールに加えて、共有Pipeworxメタツール — ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember／recall、その他ゲートウェイ全体で使えるツール群 — も返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、そのパック独自のツールと合わせて共有ツールがおよそ30個表示されます。接続の initialize 応答には正確な対象範囲が記載されており、その日の状況を確認する確実な情報源となります。

これは意図的なものであり、誤って多重化されているわけではありません。メタツールを使うと、このパックの対象外の質問にも、全カタログを対象にルーティングする ask_pipeworx 経由で回答できます。別のMCP サーバーを追加する必要はありません。現時点では、メタツールなしでパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマによるコンテキスト消費がルーティングの利便性を上回る場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度だけ接続してください。

または、Pipeworxのフルゲートウェイに接続すると、このパックのツールだけでなく、すべてのパックのツールが直接一覧表示されます：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらのURLも、同じゲートウェイと同じ1879以上のデータソースにつながります。違いは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。どちらからでも ask_pipeworx ですべてのツールを利用できます。

MCP クライアントがない場合：HTTP 経由で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/gtex_gene \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"gencode_id_or_symbol":"BRCA1"}'

最初の呼び出しにアカウントは不要です。任意のツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/gtex_gene を実行します。ツールを探すには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を実行します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージは、ローカルのstdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworxアカウントも、ゲートウェイ経由の通信も不要です：

{
  "mcpServers": {
    "gtex": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-gtex"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認します：

npx -y @pipeworx/mcp-gtex

stdin／stdout経由でMCPを通信し、このパックのツールのみを対象に initialize／tools/list／tools/call に応答します。上記のゲートウェイ接続で追加される共有メタツールは含まれません。同じソース、同じツールで、ask_pipeworxによるルーティングはありません。

ask_pipeworx の使用

ツールを直接呼び出す代わりに、自然な英語で質問できます。この方法は、上記のパックエンドポイントとフルゲートウェイのどちらでも使えます：

ask_pipeworx({ question: "your question about Gtex data" })

ゲートウェイが適切なツールを選び、引数を自動的に設定します。

詳細情報

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT