Interpro

mcp-interpro

InterPro MCP（EBI） — タンパク質ファミリー／ドメイン／機能部位の分類。

Pipeworx の一部です — AI エージェントを1881以上の稼働中のデータソースにつなぐMCPゲートウェイです。これは独立した非公式の連携であり、上流プロバイダーとは提携関係になく、承認も公開もされていません。

ツール

ツール	説明
search_entries	キーワードを使って、InterPro内のタンパク質ファミリー、ドメイン、リピート、機能部位を検索します（エントリ名／アクセッションを対象としたテキスト検索）。InterProはEBIの統合タンパク質シグネチャー分類体系です（Pfam、PROSITE、SMART、CDD、PANTHER、...）。一致したエントリについて、アクセッション（IPRxxxxxx）、名前、種類（family|domain|repeat|site|...）、およびシグネチャーの構成元であるメンバーデータベースを返します。キーは不要です。
get_entry	アクセッション（例：「IPR000001」）を指定して、単一のInterProエントリの詳細を取得します。エントリ名、種類、プレーンテキストの説明、メンバーシグネチャー／タンパク質の件数、および関連するGO用語（分子機能／生物学的プロセス／細胞構成要素）を返します。ファミリー／ドメインの実際の内容を知るには、search_entries または entries_for_protein の後に使用してください。キーは不要です。
entries_for_protein	UniProtアクセッション（例：「P12345」）を指定して、UniProtタンパク質上で見つかったすべてのInterProエントリ（ファミリー、ドメイン、部位）を一覧表示します。一致した各InterProシグネチャーのアクセッション、名前、種類を返します。タンパク質の機能注釈に役立ちます。UniProt／AlphaFoldを補完します。キーは不要です。

クイックスタート

MCPクライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurfなど）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "interpro": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/interpro/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/interpro/mcp の tools/list は、上の表にあるツールに加えて、共有Pipeworxメタツール（ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recallなど、ゲートウェイ全体で使える一連のツール）を返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、そのパック固有のツールとともに、共有ツールがおよそ30個表示されます。接続時の initialize 応答に正確な範囲が記載されており、その日の状況を確認する正式な情報源です。

これは意図的な仕様であり、偶然の多重化ではありません。メタツールを使うと、このパックの対象外の質問にも対応できます。ask_pipeworx がカタログ全体を対象に振り分けるため、MCPサーバーをもう1つ追加する必要はありません。現在、メタツールなしでパックのエンドポイントを接続する方法はありません。追加のスキーマによるコンテキスト消費が振り分けの利点を上回る場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度だけ接続してください。

このパックのツールだけでなく、すべてのパックのツールを直接一覧表示するには、Pipeworxのフルゲートウェイに接続します。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらのURLも、同じゲートウェイと同じ1881以上のデータソースに接続します。違いは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。どちらからでも、ask_pipeworx を通じてすべてのツールを利用できます。

MCPクライアントがない場合：HTTPで呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_entries \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"kinase"}'

最初の呼び出しにはアカウントは不要です。ツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_entries を実行します。ツールを探すには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を実行します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージは、ローカルのstdio MCPサーバーとしても実行できます。Pipeworxアカウントもゲートウェイへのラウンドトリップも不要です。

{
  "mcpServers": {
    "interpro": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-interpro"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認します。

npx -y @pipeworx/mcp-interpro

stdin/stdout経由でMCPをやり取りし、このパック固有のツールのみを対象に initialize／tools/list／tools/call に応答します。上記のゲートウェイ接続で追加される共有メタツールは含まれません。同じソース、同じツールで、ask_pipeworxによる振り分けはありません。

ask_pipeworxを使う

ツールを直接呼び出す代わりに、平易な英語で質問できます。この方法は、上記のパックエンドポイントでもフルゲートウェイでも使えます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Interpro data" })

ゲートウェイが適切なツールを選び、引数を自動的に設定します。

詳細情報

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT