Kegg

mcp-kegg

KEGG REST MCP — Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes。

Pipeworx の一部です。AI エージェントを1882以上のライブデータソースにつなぐ MCP ゲートウェイです。これは独立した非公式の統合であり、上流プロバイダーとは提携しておらず、承認も受けておらず、公開もされていません。

ツール

ツール	説明
find	キーワードで KEGG を検索します。KEGG は化合物、医薬品、疾患、代謝経路、遺伝子、酵素を扱う、バイオインフォマティクス分野の信頼できるデータベースです。データベース（compound|drug|disease|pathway|genes|enzyme|glycan|module|ko）を選択し、「glucose」、「aspirin」、「diabetes」などのクエリを渡します。一致した KEGG ID と説明を返します。キーは不要です。
get_entry	KEGG のフラットファイル形式のエントリー全体を ID で取得し、解析済みフィールドと生テキストとして返します。ID は「C00031」（化合物）、「hsa00010」（経路）、「D00009」（医薬品）、「K00844」（KO／オルソログ）、「ec:1.1.1.1」（酵素）のような形式です。解析済みフィールドには ENTRY、NAME、FORMULA、CLASS、PATHWAY、DESCRIPTION、相互参照などが含まれます。まず find を使って ID を見つけてください。キーは不要です。
list_database	KEGG データベース内の全エントリー（ID＋説明）を一覧表示します。KEGG の経路（「pathway」）、医薬品（「drug」）、対応生物種（「organism」）などの列挙に便利です。結果は最大100件で、切り捨てられたかどうかを示すフラグが付きます。キーは不要です。

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します：

{
  "mcpServers": {
    "kegg": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/kegg/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/kegg/mcp の tools/list は、上記の表にあるツールに加えて、共有 Pipeworx メタツール（ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で利用できるツール群）を返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、そのパック独自のツールに加えて、約30個の共有ツールが表示されます。接続時の initialize レスポンスに正確な範囲が記載されており、その日の状況を確認するための正式な情報です。

これは意図的なもので、誤って多重化されたわけではありません。メタツールを使うと、このパックの対象外の質問にも、カタログ全体を横断してルーティングする ask_pipeworx を介して答えられるため、MCP サーバーを追加する必要がありません。現在、メタツールを含めずにパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマがもたらすコンテキストコストがルーティングの利点を上回る場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度だけ接続してください。

または、Pipeworx のフルゲートウェイに接続すると、このパックのツールだけでなく、すべてのパックのツールが直接一覧表示されます：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL も同じゲートウェイと、同じ1882以上のデータソースに接続します。違いは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。どちらからでも ask_pipeworx を使えば、すべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントがない場合：HTTP 経由で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/find \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"database":"compound","query":"glucose"}'

最初の呼び出しにアカウントは不要です。任意のツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/find を実行します。ツールを見つけるには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を実行します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージはローカルの stdio MCP サーバーとしても動作します。Pipeworx アカウントも、ゲートウェイとの往復通信も不要です：

{
  "mcpServers": {
    "kegg": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-kegg"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認します：

npx -y @pipeworx/mcp-kegg

stdin/stdout 経由で MCP を使用し、このパックのツールのみを対象に initialize／tools/list／tools/call に応答します。上記のゲートウェイ接続で追加される共有メタツールはありません。同じソース、同じツールを利用でき、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx と併用する

ツールを直接呼び出す代わりに、自然な英語で質問できます。この方法は、上記のパックエンドポイントとフルゲートウェイの両方で利用できます：

ask_pipeworx({ question: "your question about Kegg data" })

ゲートウェイが適切なツールを選び、引数を自動的に設定します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT